行政相对人按照要求向行政机关报送备案材料，行政机关应当进行存档。可见，行政备案同样是行政机关的义务。行政机关违反备案义务，同样应当承担相应的法律后果。正如德国的毛雷尔教授所指出的，“由于事实行为不产生法律后果，从法律的角度来看不如法律行为那样重要。但是，事实行为在法律上并非毫无意义，它必须符合现行法律，如果违法可能引起清除请求权和损害赔偿请求权”。[39]

行政机关违反备案义务具体而言包括以下几种情况：其一，材料齐全、符合法定形式的行政备案材料不予备案或者拖延处理的；其二，对材料不齐全或者不符合法定形式的行政备案报送予以接受的；其三，不在办公场所公示依法应当公示的材料的；其四，不按规定一次性告知备案报送人必须补正的全部内容的；其五，明知备案报送人隐瞒有关情况或者提供虚假材料而予以接受或者事后不及时进行处理的。(www.daowen.com)

德国和我国台湾地区学者均认为“行政事实行为同样应当服从法律的规制，如违法则应为相对人提供相应的救济手段”。[40]毛雷尔认为，事实行为违法仍然可能产生如下后果：行政机关有义务去除违法事实行为造成的现实，并且在可能的和可预期的范围之内恢复合法的状态。因违法事实行为而遭受损害的公民享有相应的清除请求权和补偿请求权。而行政法院的法律保护不限于行政行为和其他法律行为，事实行为也在其中。[41]我国台湾地区行政诉讼法制也借鉴德国制度，对于行政事实行为不服可以提起行政诉讼。[42]我国新修订的《行政诉讼法》第2条明确规定：“公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。”此处“行政行为”既包括行政法律行为，也包括行政事实行为。只要事实行为造成公民合法权益侵害，就具有可诉性。[43]因此，对于行政机关在行政备案中违反程序义务构成违法的情形，行政相对人可以申请行政复议或者提起行政诉讼。正如有学者指出的，“与其对行政事实行为概念进行规范界定，并对事实行为和法律行为进行理论上的区分，还不如具体关注事实行为对相对人到底会产生什么样的影响以及相应的救济途径。”[44]