一方面，城乡基本医疗保险制度分立会影响制度运行效率，如行政管理成本增加、部门利益争议、医保政策复杂化等。由于目前湖北省大部分地区的城镇职工基本医疗保险和城镇居民基本医疗保险由人力资源和社会保障部门负责经办管理，而新型农村合作医疗由卫生行政部门负责经办管，因此这种两个部门分管会使行政管理成本增加、医保政策复杂化，有时还会产生部门利益争议等。如果将城乡医疗保险进行整合，则可以有效节省制度运行的行政管理经费，基本医疗保险政策得到统一化，使制度运行效率得到进一步提升。如荆门市掇刀区在实行城乡归并统一后，财政年核拨办公经费减少30%，信息系统开发费用节省近100万元，年减少网络维护费用约50万元。

另一方面，城乡基本医疗保险基金分割不利于保持基金运行的稳健性和可持续性。医疗保险基金的安全、平稳运营要求必须有足够大的“风险池”，即参保人口要足够多，以保证医疗保险基金具备较强的风险抵御能力。据统计，2014年湖北省城镇职工基本医疗保险的参保人数为933.30万人，城镇居民基本医疗保险的参保人数为1034.74万人，新型农村合作医疗的参合人数为3883.11万人。2014年湖北省城镇职工基本医疗保险基金收入为220.16亿元，基金支出为217.35亿元，基金使用率为98.72%，累计结余192.62亿元；湖北省城镇居民基本医疗保险基金收入为40.79亿元，基金支出为34.07亿元，基金使用率为83.53%，累计结余60.58亿元；湖北省新型农村合作医疗筹资总额为160.24亿元，基金支出总额为155.90亿元，基金使用率为97.29%。因此，为了保障医疗保险基金的稳定运行，提高医疗保险基金的抗风险能力，有必要将城乡基本医疗保险进行整合，以扩大参保人数和基金规模。(www.daowen.com)