高淳历史沿革可大概分为先秦时期、秦至宋、元至清末、民国至今四个时期。

先秦时期——夏代，约公元前1800年左右，县地本属越国。后为商势力范围。西周时，封周章于吴地，国号吴。今县域属吴。景王四年（前541），吴筑固城为濑渚邑，在今县城中部偏南。五年迁邑陵平山，称陵平。春秋时期，公元前538年，楚伐吴，占固城，《太平寰宇记》载：“楚平王都于固城。”今县地属楚。公元前506年，吴王命伍子胥伐楚，烧固城，火烧行宫，城被毁。经千年岁月沧桑，今固城遗址尚存。战国初年，越灭吴，地遂入越。公元前333年，楚败越，尽取吴故地，改陵平为平陵邑。高淳地域再属楚。

秦至宋——公元前221年，秦统一中国，以平陵置溧阳县，隶会稽郡。高淳地遂属溧阳县，直至800年后，隋分溧阳建溧水县止。西汉，初以韩信为楚王，后封同姓王于吴，故地历为荆国、吴国、江都国，均领溧阳县，高淳先后为各王国之领地。武帝元狩二年（前121），废江都国，又改鄣郡为丹阳郡，领县十七，溧阳其一。高淳县地隶于丹阳郡溧阳县至隋初。自东汉光武年起，至隋初割溧阳置溧水县止，固城为溧阳县治560多年（溧阳县治迁今旧县村）。三国吴析溧阳东南境置永安县，西晋改为永世，属义兴郡，高淳地在溧阳西南境，当属丹阳郡溧阳县不改，南朝因之。隋开皇九年（589）平陈，废丹阳郡，置蒋州，溧阳隶蒋州；十一年（591），溧阳西北境及丹阳县故地置溧水县，属蒋州，高淳地遂属溧水。隋、唐时溧水隶属关系变更频繁，高淳地域亦随而改隶润州、蒋州、宣州、江宁郡及昇州。至唐末，杨行密据昇州，遂入杨吴版图。南唐，溧水隶于江宁府。北宋改府为昇州，后又升为江宁府；南宋建炎年改名建康府，均属溧水县。元时改府为路，溧水县属建康路；元贞元年（1295），升溧水为州，高淳地域属建康路溧水州；建康路后改称集庆路，溧水州隶属不变。(www.daowen.com)

元至清末——明太祖朱元璋改应天府，溧水隶于应天府，为畿县。《嘉靖高淳县志》载：“高淳本溧水乡镇……弘治辛亥（1491），应天府丞冀绮以地远民难牵制，奏请割西南七乡，即镇为县。”高淳自此建置为县，属应天府。县名的由来，同书记载：高淳为“本县古镇地……本府欲置为县，拟名淳化奏奉，钦定高淳”。县因高淳古镇而得名。高淳镇即今淳溪镇，自建县始，县治即设于此镇，历时500年不改。清，改明应天府为江宁府，高淳属之。太平天国定都天京期间，高淳县属天京省江宁郡。清同治三年（1864）陷天京，高淳复属江宁府。

民国至今——民国元年（1912），废府，高淳县隶属江苏省。1914年，于省、县两级间设道，高淳属江苏省金陵道。1927年废道，县隶于江苏省。1934年，江苏省实行行政区督察制，高淳县属溧阳行政督察区。1935年9月改属第十行政督察区（驻江宁）。1937年12月7日，侵华日军陷高淳县城，建立伪政权；民国高淳县政府撤至第五区青桂塘，受江南行署第一区行政督察专员公署管辖。1943年9月底，日军占领高淳全境。1944年1月，随新四军挺进敌后建立抗日根据地，高淳县抗日民主政府成立，属苏南行政公署领导。6月，高淳、溧水两县民主政权合并成立溧高县抗日民主政府，先后属苏南第三、第一行政区领导。1945年8月28日新四军攻克高淳县城，成立高淳县抗日民主政府，与溧高县抗日民主政府并存。9月底，新四军北撤，两县抗日民主政府随军撤离。民国高淳县政府10月2日进驻县城，属第一区行政督察专员公署管辖。1949年5月2日，高淳县全境解放，成立高淳县人民政府，由苏南行政公署镇江地区专员公署领导。1953年1月，撤销苏南行政区，成立江苏省，高淳县属江苏省镇江专区；1958年改为常州专区，高淳属之；1959年又改为镇江专区，高淳县属镇江专区。1983年3月1日，实行市管县体制，高淳县由镇江专区划归南京市管辖。2005年3月，撤销定埠镇，区划调整后，高淳县辖8个镇：淳溪镇、阳江镇、砖墙镇、古柏镇、漆桥镇、固城镇、东坝镇、桠溪镇。2013年2月20日，国务院批准撤销高淳县，设立南京市高淳区，下设8个镇。