万历十八年（1590年）葡萄牙商船经过台湾海峡，见台湾山川秀丽，便把它称为“福尔摩萨”（Formosa），这是西方人知道台湾的开始。天启四年（1624年）荷兰殖民者侵入台湾。不久在那里建立了一个驻点——赤嵌城。由于晚明民变蜂起，避难迁往台湾的人日渐增多。

明末侨寓日本的走私贸易商人首领李旦死后，众推郑芝龙为首。郑芝龙率百余艘商船往返于长崎、马尼拉、澳门间，从事长途贸易，并拥有自己的武装力量，成为当时中国东南沿海的海上霸主。由于他会讲葡萄牙语，充任西方商人的代理人，在西方史籍中被称为尼古拉 · 一官（Nicolas Iquan）。崇祯元年（1628年）郑芝龙接受福建巡抚熊文灿招抚，当然这种“招抚”实际上是熊文灿向朝廷邀功的幌子，有名无实。郑芝龙鉴于福建大旱，向熊文灿建议，迁移饥民去台湾垦荒，渐渐在台湾形成了一些移民城镇。

郑成功（1624—1662年），福建南安人，是郑芝龙在日本平户与日本女子所生，幼名福松，七岁时随父回归故乡福建。南明唐王赐姓朱，更名成功，授予总统使、招讨大将军，时人尊称为“国姓爷”。顺治三年（1646年）因阻止父亲郑芝龙降清无效，于十二月起兵抗清。顺治十六年（1659年）为了牵制清军向云南桂王政权的进攻，联合舟山的张煌言，举兵北伐，一直打到南京城下。兵败后退回福建沿海，为持久抗清，顺治十八年郑成功派其子郑经留守厦门，自己率军数万，经澎湖，在台湾禾港寮登陆，围攻荷兰总督所在地赤嵌城，击溃从巴达维亚派出的援军，并郑重宣布：“土地为我国所故有，当还我。”并于次年（康熙元年）二月一日迫使荷兰总督揆一投降。郑成功收复台湾后，设置承天府，下辖天兴、万年两县，组织政府，制定法律，课耕积谷，招徕移民，收容抗清人士，又派兵守金门、厦门，形成犄角之势。郑成功死后，其子郑经继续坚持抗清斗争。

清政府下令“迁界”、“禁海”，从山东到广东沿海居民一律后撤三十至五十里，界外的房屋、城堡全部拆除，形成沿海无人地带，严禁人民擅自进入禁区，不许商民船只下海，违者处死。此后政府又派靖南王耿继茂、总督李率泰前往台湾招降，郑经提出要像琉球、朝鲜那样，清朝不派军队登岸，不剃发，不易衣冠，不受清朝制约，相对独立，结果招降不成。南明桂王政权被消灭后，郑经仍用永历年号，已由支持南明转化为地方割据。

康熙十三年（1674年）三藩之乱爆发，响应吴三桂叛乱的耿精忠割据福建，向郑经求援，答应以漳、泉两府为酬，郑经派军队渡海而来，与耿氏集团合攻广东。后耿精忠违约，郑经请割漳、泉两府不得，用兵攻取。耿精忠兵败后，与清军合攻郑氏集团，郑经退守台湾。康熙二十年（1681年）郑经死，郑氏集团内讧。清朝抓住时机，发兵出征台湾。康熙二十二年郑经次子郑克投降。清朝统一台湾后，在此设台湾府，由福建管辖，台湾府下设台湾、凤山、诸罗三县，设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员。

16世纪下半叶，沙皇俄国越过乌拉尔山向西伯利亚扩张，17世纪中叶，进入黑龙江流域。1632年俄国人第一次听说阿穆尔河（黑龙江）的存在。黑龙江满语为萨哈连乌拉，达斡尔语为卡拉穆尔，意即黑河。俄国人最初在黑龙江两岸碰到的是达斡尔人，从他们那里知道了这个称呼，因而把黑龙江称为阿穆尔河。

首先入侵黑龙江流域的是由俄国雅库次克行政长官派出的波雅科夫一行，他们越过外兴安岭，到达黑龙江口。波雅科夫回去后向莫斯科报告，只要三百人的武装就足以征服这个地区。

第二个入侵的是哈巴罗夫。这个西伯利亚富商向雅库次克行政长官提出，愿意自费招募一百五十名武装哥萨克，承担窥探黑龙江的使命，并使当地居民向沙皇缴纳贡赋。

清朝军队与当地人民多次抗击俄国入侵者：顺治九年（1652年）乌札拉村之战，顺治十二年呼玛尔之战，顺治十五年松花江之战，其中以康熙二十四年（1685年）、二十五年两次雅克萨之战的规模最大。雅克萨是俄国入侵者在黑龙江边建筑的堡垒，经过清军的两次打击，迫使俄国同意谈判。

清方谈判代表为领侍卫内大臣索额图、都统一等公佟国纲，清圣祖在他们行前指示：尼布楚、雅克萨、黑龙江上下，及通此江之一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于俄罗斯；与之划定疆界，准其通使贸易；否则，尔等即还，不便更与彼议和。清朝代表与俄国代表在尼布楚河与黑龙江汇合处的尼布楚城进行。康熙二十八年七月二十四日（1689年9月7日）签订了尼布楚条约，确定了中俄两国东段边界的走向：西南沿额尔古纳河、石勒喀河、格尔必齐河为界，北面以外兴安岭为界，东面乌第河以南、外兴安岭以北为待议地区。

沙皇政府对条约是满意的，因为它不仅划定了俄国的东西伯利亚新疆界，同时还取得了与中国通商的权利。俄国首席代表柯罗文回国后被封为大贵族，受到沙皇接见与嘉奖，以后还被提升为总理外交事务大臣、海军大将。对于清朝政府而言，条约的签订使北方东段边界获得了一百多年的和平，在边界线上刻石立碑，每年五月、六月由齐齐哈尔、墨尔根、瑷珲派出边防军，分三路前往格尔必齐、额尔古纳、墨里勒克、楚尔海图等地进行巡查。清朝的瑷珲将军（黑龙江将军）、宁古塔将军（吉林将军）负责管辖黑龙江两岸直至库页岛的广大地区。(www.daowen.com)

明末，蒙古分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西厄鲁特蒙古三大部。清初，漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古全归顺清朝。

漠西厄鲁特蒙古，元朝时称卫拉特蒙古，明朝时称瓦剌蒙古，据有阿尔泰山以西、天山以北，直至巴尔喀什湖东岸。它分为四部：和硕特部（乌鲁木齐附近）、准噶尔部（伊犁附近）、杜尔伯特部（额尔齐斯河流域）、土尔扈特部（塔尔巴哈台附近）。清初，准噶尔部渐强，准噶尔汗噶尔丹（曾在西藏做喇嘛）于康熙十六年（1677年）统一了四部，之后又越过天山，统一了回部，天山南北全归噶尔丹控制。他为了进一步控制漠北喀尔喀蒙古，发动了战争，在占领漠北后又进兵漠南。康熙二十九年（1690年）噶尔丹在俄国支持下率兵两万余，以追喀尔喀为名攻入漠南蒙古乌珠穆沁一带，又乘势渡过西拉木伦河，兵锋抵达乌兰布通（赤峰附近）。

这一动向引起清圣祖的密切关注，为了维护国家统一，他在康熙二十九年、三十五年、三十六年三次率军亲征，取得乌兰布通、昭莫多战役的大胜。俄国看到形势逆转，拒绝了噶尔丹提出的建立军事同盟的建议。走投无路的噶尔丹在清军围困下，于康熙三十六年（1697年）三月服毒自杀。

噶尔丹死后，其侄策妄阿拉布坦继承准噶尔汗，与清朝对抗，一度控制了西藏、青海、喀尔喀。经过雍正时期的连年征战，继之以乾隆初年的征战，准噶尔在西藏、青海、喀尔喀的势力已陆续肃清。乾隆二十年（1755年）清朝军队攻占了准噶尔部的根据地伊犁，两年后，准噶尔部的叛乱终于平定。清朝随即在新疆天山北路派驻伊犁将军、乌鲁木齐都统、塔尔巴哈台参赞大臣，又在外蒙古、唐努乌梁海设乌里雅苏台副将军、科布多参赞大臣。

新疆天山南路信仰回教的维吾尔族居住区，当时称为回部，清朝平定准噶尔部后，原来被准部俘虏的大小和卓木返归回部，举兵反清。乾隆二十三年（1758年）清朝军队进入回部，于乾隆二十五年统一了天山南路的回部，随即在喀什噶尔设置参赞大臣，统属于伊犁将军。

顺治九年（1652年）达赖五世到北京朝见清世祖，被封为西天大善自在佛领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛。康熙二十一年（1682年）达赖五世逝世，领主第巴桑结大权独揽，支持准噶尔汗噶尔丹向喀尔喀进攻，阻挠清军进攻噶尔丹。

平定准噶尔部后，桑结阴谋败露，遭到清廷斥责。桑结不得不拥立达赖六世。藏王拉藏汗反对桑结擅权，桑结杀拉藏汗不成，又想驱逐拉藏汗。康熙四十四年（1705年）拉藏汗杀桑结。康熙五十六年准噶尔汗策妄阿拉布坦派军队入侵西藏，拉藏汗向清廷告急，清朝派安西将军率兵援救，全军覆没。康熙五十九年（1720年）清军击败准噶尔军队，清廷敕封达赖七世，并护送入藏，任命康济鼐为藏王，共同治理西藏。

雍正四年（1726年）清廷议定在西藏设置驻扎大臣，直接监督西藏政务。次年，大学士僧格、副都统马拉以首任驻藏大臣身份奉命赴藏，加强中央对西藏的治理。

乾隆十五年（1750年）驻藏大臣副统傅清、左都御史拉布敦被杀，清廷命四川总督策楞、提督岳钟琪率兵平叛。随后改革西藏政治与宗教制度，提高驻藏大臣地位，确定达赖喇嘛为宗教首领兼政治首领，受命于中央，废除藏王制度，实行驻藏大臣、达赖、班禅“互参制”，达赖管理康（喀木）、卫（前藏）两地，班禅管理藏（后藏）、阿里两地。乾隆五十七年（1792年）清军击退英国指使的廓尔喀侵略军，驻藏大臣的权力进一步加强。此后实行金瓶掣签制，解决大农奴主操纵达赖、班禅的转世问题，要在驻藏大臣监督下当众抽签认定。

清朝把统一的多民族国家发展到一个新阶段，奠定了汉唐盛世都难以比拟的疆域，功不可没。