满兵入关以后，正规军队有八旗兵和绿营兵两种，称为额设制兵。八旗兵是满洲在关外原有的军队，它源于八旗制度。八旗制度是满洲早期的兵民合一的社会组织形式，建于努尔哈赤时期。其户口编制大致是这样的：每三百人编为一牛录（满语“大箭”，汉语译为佐领），五牛录编为一甲喇（满语“队”，汉语译为参领），五甲喇编为一固山，每个固山各有黄、白、红、蓝颜色作旗帜，因此汉语把固山译为旗。原先人少，只分四固山（旗），以后人口增多，又增加四固山，在原来旗帜周围镶一道边，即镶黄、镶白、镶红、镶蓝，合起来称为八固山，即八旗，约六万人，“出则为兵，入则为民”，“无事耕猎，有事征调”。每旗由一个满洲贵族管理，称为固山额真，译成汉语就是旗主，以后改称固山昂邦，意即都统。满洲入关时，满洲、蒙古、汉军各有八旗，实际已有二十四旗，习惯上仍称为八旗。编入八旗的人称为旗人或旗下人。顺治以后，八旗中的镶黄、正黄、正白三旗成为上三旗，因为皇帝原是这三旗的旗主，所以这三旗后来号称“天子自将”，皇帝的警卫也由这三旗的子弟担任。其他五旗成为下五旗，不担任皇帝的警卫，只管贵族王公的事。

八旗兵入关时，人数不到十万，战斗力很强，统一全国，所向披靡。入关后，八旗有京营（禁旅）与驻防之分，京营任卫戍京师之责，以满蒙八旗为限；驻防负地方镇抚之责，与汉人分城而居，开始时仅驻于东北、直隶、山东、山西，后推广至各省。在军事重地设置将军、都统等职。将军位高权重，可监视总督、巡抚，分驻江宁、杭州、广州、荆州、成都、西安、宁夏、绥远。八旗兵大部分集中在北京城内外，约有十二万人，在各省驻防的约有十万人，合计二十二万多人。承平日久，享乐腐化，八旗子弟们游手好闲，不习武艺。顺治七年（1650年）以后，八旗满洲兵、蒙古兵战斗力下降，新旧汉军成为主力，顺治十四年清世祖公开承认“今八旗人民怠于武事，遂至军旅隳敝，不及曩时”。到了康熙十二年（1673年）三藩之乱时，八旗兵已毫无战斗力，只得仰赖绿营兵。

绿营兵是入关后改编或新招的汉军，因军旗绿色，又称绿旗兵。在北京的称巡捕营，隶属于步军统领，列汛分营，约一万人，各省有六十余万人，一省多者六七万，少者万余。有各省总督统辖的督标，巡抚统辖的抚标，提督统辖的提标，总兵统辖的镇标，将军统辖的军标等，标下设协，协下设营，营下设汛。三藩之乱时，清朝统治者先后动员了绿营兵四十万，每遇战事都是绿营兵在前，八旗兵在后。清中叶以后，绿营兵也不堪战斗，不得不依靠各地的乡勇、团练。

清初，中央政府机构仿照明朝制度，设置内阁、六部、都察院。内阁由中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁的殿阁大学士组成，殿阁大学士满汉各二员，协办大学士满汉各一员，它是最高行政机构，其职能主要是对各级衙门的奏章草拟处理意见供皇帝裁决，即所谓“票拟”。雍正初年军机处成立后，内阁成为虚设机构，有名无实。吏、户、礼、兵、刑、工六部各设尚书满汉各一员，左右侍郎满汉各一员，意在满汉官互相牵制，其职权比明朝大为削弱，无权决定大政方针，只限于办理具体事务。都察院设左都御史满汉各一员，左副都御史满汉各二员，右都御史、右副都御史由外省总督、巡抚兼任。其职权也较明朝逊色，已无封驳诏令、巡按各省之权，仅限于稽查官府、纠察有司而已。大理寺设卿，满汉各一员，少卿满汉各一员，复审刑部重大疑案，与刑部、都察院合称三法司。此外还有理藩院（掌蒙古、西藏、新疆等地民族事务）、通政使司（掌内外奏章提送）、国子监（太学）、钦天监（掌天文历法），以及管理皇室事务的太常寺、光禄寺、鸿胪寺、詹事务、宗人府等。以上机构大抵与明朝相仿，所不同的是废除了明朝宦官的二十四衙门，设立内务府，由王公贵族为总管大臣来管理宫廷事务，由上三旗的包衣（家奴）承担宫内各项差役。

但是有关军国大事的决策权，由凌驾于内阁之上的议政王大臣会议操纵。议政王大臣会议，也称国议，全由统率八旗的满洲王公贵族组成，他们掌握兵权，经过他们研究决定的事，称议政王大臣决议，对皇帝也有约束力，内阁只是一个执行议政大臣决议的办事机构而已。这种体制很容易滋生议政王大臣擅权跋扈的倾向。

清世祖福临入关时年仅六岁，由郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮辅政。多尔衮运筹帷幄，统一全国，功高权重，被尊称为“皇父摄政王”，决定大政方针，议政王大臣会议听其摆布。郑天挺《多尔衮称皇父之由来》认为，“皇父”非伦常之通称，满洲旧俗之亲贵爵禄，无其他不可告人之隐晦原因。顺治七年（1650年）多尔衮病逝，世祖亲政，皇权有所提高，议政王大臣会议的权力也有所扩大。顺治十八年（1661年）二十四岁的清世祖去世，民间传说，世祖痛悼董贵妃之死，前往五台山清凉寺出家，其子清圣祖五次去五台山寻访。这些毕竟是传说，不足凭信。清世祖对于多尔衮的独裁摄政十分恼怒，临死前留下遗诏，由四名元老重臣来辅佐清圣祖玄烨，国家大权操纵在辅政的索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四名议政王大臣手中。鳌拜与遏必隆联手对付苏克萨哈，而索尼采取折中态度。康熙六年（1667年），索尼病死，鳌拜与苏克萨哈极端对立，发展到后来，鳌拜诬告苏克萨哈“怨望不欲归政”，以二十四条大罪迫使皇帝下令处死了苏克萨哈。鳌拜终于大权独揽，擅作威福，党比营私，根本不把皇帝放在眼里。(www.daowen.com)

康熙八年（1669年），十八岁的清圣祖初露雄才大略，果断地逮捕了鳌拜，以三十条罪状判处他死刑，鉴于他的武功减为终身禁锢，把鳌拜的党羽一网打尽。清圣祖在剪除鳌拜时依靠了内大臣索额图，索额图及其党羽因而得势，于是又出现了索额图擅权的局面，以后又出现了明珠擅权的局面。这使清圣祖深感有必要采取措施削弱议政王大臣的权力，加强皇权，于是他在康熙十六年（1677年）设立南书房，选择才品兼优的汉人官僚作为词臣，替皇帝起草谕旨、批答奏章，议政王大臣会议的权力受到削弱。据朱金甫的研究，南书房的职责主要是在皇帝退朝之后陪侍皇帝讲读经史、论古谈今，或从事文字翰墨方面的研讨，对康熙时期南书房的政治作用及其历史地位不宜估计过高。

清世宗即位，继续削弱议政王大臣会议的权力。首先，为了确保“天无二日，民无二主”，使旗人只知有皇帝不知有旗主，削弱八旗旗主的权力，并对他们进行监督。康熙末年清圣祖派诸皇子管理八旗事务，清世宗继承这一做法，明令管理旗务的亲王、郡王为都统，把八旗的军政大权控制在皇帝手中。其次，为了打击议政王大臣恃权跋扈的气焰，清世宗在宫内建立军机房。军机房是南书房的进一步发展，选择亲信满汉大臣参与机务，处理军机大事。以后又把军机房扩大为军机处，直接听从皇帝指挥，总揽全国军政大权，成为最高决策机构。军机处由军机大臣和军机章京若干人组成。军机大臣由皇帝在满汉大学士、尚书、侍郎中挑选；军机章京从内阁和各衙门中考选。开始时，军机大臣负责起草诏令，后来改为专由军机章京承办。军机处拟好的诏令，不经过内阁直接发往各地，称为“廷寄”，直接交中央各部院的称为“交片”。地方奏折也不再经过内阁直接送军机处，由军机处议复。军机处的设立，标志皇权的进一步强化。钱穆《国史大纲》说：军机处并无特出之首长，亦无权向各部及各省直接发布命令。军机处不过是清皇室的御用机关，不得目之为政府中之最高枢机。清世宗死，子弘历继位，即清高宗（乾隆帝），再无辅政大臣的擅权僭越的威胁。乾隆五十六年（1791年）清高宗为了彻底消除八旗旗主干政之权，下令取消了议政王大臣会议。

地方行政机构基本上也沿袭明制，设省、道、府（州）、县四级。全国分十八个省和五个特别行政区，十八省是直隶、河南、山东、山西、陕西、甘肃、四川、贵州、云南、广西、广东、福建、江西、浙江、江苏、安徽、湖南、湖北；五个称为藩部的特别行政区是内蒙古、青海蒙古、喀尔喀蒙古、西藏、新疆。省的最高行政长官是总督或巡抚，总督、巡抚在明朝是中央临时派往地方的差遣官，清朝成为常驻各省的最高军政长官。总督一般统辖两个以上省的军政和民政，也有单辖一省的（如直隶、四川）；而巡抚一般只统辖一省。总督、巡抚并无上下统属关系，直接向皇帝负责，有着权力制衡作用。总督、巡抚均为独任，辅佐人员有参与机要的幕友，及承办具体事务的六房书吏。各省都设承宣布政使司（藩司），管一省钱粮；提刑按察使司（臬司），管刑名按察。

道的长官是道员，府的长官是知府，县的长官是知县。道下设直隶厅、州，与府平级，府下设的厅、州，与县平级。京师所在地顺天府、盛京所在地奉天府，与省平级。

盛京是清朝的发祥地，定都北京后，盛京作为留都设内大臣一员、副都统二员，统辖东北地区。顺治三年（1646年）改盛京总管为盛京昂邦章京，康熙元年（1662年）又改为镇守辽东等处将军。在此期间，又增设宁古塔昂邦章京，统辖吉林、黑龙江地区，后改为宁古塔将军。