明朝建立后，实行严厉的“海禁”政策，除了政府与海外国家保持朝贡贸易关系外，其他民间海上私人贸易一概禁止。洪武时期一再下令：“禁濒海民不得私出海”;“禁濒海民私通海外诸国”；“申禁人民无得擅出海与外国互市”。明成祖时稍有松动，但依然视“海禁”为祖训。从永乐到嘉靖年间，海禁时紧时松，总的趋势是以禁为主。随着商品经济的发展，海外贸易的需求日益增长，与海禁政策形成了强烈的矛盾。嘉靖二年（1523年）发生的“争贡”事件，使这种矛盾尖锐化。所谓争贡事件，是嘉靖二年日本大内氏贡使与细川氏贡使为了争夺朝贡贸易特权，在宁波港发生械斗。明朝政府以此为借口，关闭市舶司，中止日本与明朝的朝贡贸易。正常的官方贸易断绝，民间走私贸易便取而代之。当时走私贸易的对象以日本为主，向日本人提供棉布、生丝、丝织物、陶瓷器、铁锅、水银、药材、书籍之类商品，海禁愈严，价格愈贵，获得愈厚，铤而走险者愈多。嘉靖以前冒禁下海走私贸易的大都是沿海小民与商人，他们为谋生计，秘密与外商在海上交易。嘉靖以后走私规模扩大，一方面在闽浙大姓势家操纵下，私枭船主与土豪相结合，挟制官府，包庇窝藏，公然大张旗鼓地走私；另一方面海盗与沿海贫民结舶走私，与上层走私集团遥相呼应。那些大姓势家不但窝藏私货，掩护走私，而且坐索贿赂，要挟私商。私枭船主不堪受其勒索，起而报复，海上走私贸易逐渐与沿海寇乱混而为一。

海上武装走私与海盗劫掠在东南沿海声势大盛，浙江、福建、广东沿海大批无业游民、渔民为经济利益所驱使，纷纷加入走私贸易队伍，成为社会治安一大问题。嘉靖二十六年（1547年）浙江巡抚兼福建军务提督朱纨来此查禁，革渡船，严保甲，搜捕奸民，他认为：去外国盗易，去中国盗难，去中国濒海之盗易，去中国衣冠之盗难，乱源在于闽浙大姓通倭。所谓“衣冠之盗”就是沿海的大姓势家，他们一方面向走私商人筹借造船经商的资本，另一方面又提供自己的旗号供走私商船张挂，以逃避官府稽查。他捕办通倭富豪奸商，触犯了闽浙大姓，遭到朝廷中闽浙籍官僚攻击。朱纨不久便罢官回家，悲愤自杀。朱纨为官清正，死得有点冤，但他不明时势一味以禁绝为能事，正如徐光启在《海防迂说》中所指出的那样，朱纨“冤则冤矣，海上实情实事果未得其要领，当时处置果未尽合事宜也”。朱纨的失败，使东南海上走私贸易更趋猖獗。嘉靖二十八年明朝政府首次把王直集团骚扰沿海地区称为“倭人入寇”，起因于一时不明真相的地方官“仓皇申闻”。嘉靖三十一 年明朝政府又在此设巡视大臣，推行严厉的海禁政策，走私集团则采取武装对抗的态度，终于形成了所谓“倭患”。

以往某些史著对“倭寇”一词望文生义，以为是日本海盗的同义词，其实是一种误解，至少是过于表面化、简单化的解释。1994年版《日本史大事典》中说:在朝鲜半岛、中国大陆沿岸与内陆、南洋方面的海域行动的包括日本人在内的海盗集团，中国人和朝鲜人把它们称为“倭寇”，它本身带有“日本侵寇”或“日本盗贼”的意味，但是由于时代和地域的不同，倭寇的含义是多样的，作为连续的历史事象的倭寇是不存在的。该书还指出，因为依托于勘合船的日、明间的交通中途断绝，中国大陆沿岸发生了大倭寇，最激烈的是所谓“嘉靖大倭寇”。这时期的倭寇，日本人参加的数量很少，大部分是中国的走私贸易者以及追随他们的各色人等。

倭寇对中国沿海的骚扰始于元中叶以后。后来，明永乐十七年（1419年）总兵刘江在望海埚（辽宁盖县西南）打击的倭寇，嘉靖时期东南沿海的倭寇，成分发生了很大的变化。参加平倭的兵部侍郎胡宗宪在《筹海图编》中说:“今之海寇，动计数万，皆托言倭奴，而其实出于日本者不下数千，其余则皆中国之赤子无赖者入而附之耳。”南京湖广道御史屠仲律说，当时所称“倭夷”，夷人仅占十分之一，大都是明朝的编户齐民。清初史家谈迁在《国榷》中说：“动以倭寇为名，其实真倭无几。”因此，明朝对于倭寇一词的使用并不严格，把与日本通商的走私贸易商人如王直集团等也称为倭寇，而真正的日本海盗反而要用“真倭”一词，以示区别。

从嘉靖时期的倭患看来，倭寇的首领大都是中国人。嘉靖初期有闽人李光头，歙人许栋，其党徒有王直、徐惟学、叶宗满等人；嘉靖中期的倭寇以王直为首，徐海次之；嘉靖后期的倭寇以闽粤的张琏为代表。作为“倭寇王”的王直，是徽州海商出身，经营海上走私贸易，嘉靖三十一年（1552年）吞并了另一股海盗后，横行海上，成为海上走私集团的领袖，由于要求通商遭到拒绝，便抢掠浙东沿海。嘉靖三十二年遭官军围剿，无法在沿海容身，逃往日本萨摩之松浦津，以五岛列岛为根据地，还在平户建造了邸宅，拥有一支庞大的船队，自称五峰船主，又称净海王。他不时从日本前往浙闽沿海，以宁波、泉州港外的双屿、浯屿为据点，进行大规模走私贸易和海盗活动。在王直的队伍中确有一批真倭，他们是受王直集团雇佣的，如《倭志》所说，王直“以财物役属勇悍倭奴自卫”;《明史 · 日本志》也说，王直等人“以内地不得逞，悉逸海岛为主谋。倭听指挥，诱之入寇”。因此之故，王守稼在《嘉靖时期的倭患》中说：“大量史料证明，历史的真实情况似乎与以往流行的说法相反，嘉靖时的‘真倭’，反而倒是受中国海盗指挥，处于从属、辅助的 地位。”

那么为什么长期以来把倭患说成是日本海盗的入侵呢？原因是复杂的。其一，倭寇中确有一部分真正的日本人，即所谓“真倭”,正如《明史 · 日本志》所说:“大抵真倭十之三，从倭者十之七。”其二，王直等人有意制造混乱，以假乱真，保护自己。曾参与胡宗宪平倭的茅坤指出，海寇每船约二百人，首领大都福建及浙江温州、台州、宁波人，也有徽州人，“所谓倭而椎髻者特十数人”,“此可见诸寇特挟倭以为号而已，而其实皆中州之人”。王直等人每攻掠一地，必放出风声，诡称为“岛夷”所为，以致明朝官方不明真相，误以为日本海盗入侵。其三，明朝平倭将领为了冒报战功，虚张声势。在作战失利时谎称倭寇进犯，夸大敌情；稍有斩获，便把一般海盗冒充真倭上报。因为官方规定：擒斩“真倭贼首”一名可升三级或赏银一百五十两，擒斩“真倭从贼”一名可升一级或赏银五十两。无怪乎当时人要说:“尝闻吾军斩首百余，其间止有一二为真贼者”;“官兵利于斩倭而得重赏，明知中国人而称倭夷，以讹传讹，皆曰倭夷，而不知实中国人也”。(www.daowen.com)

由于倭患严重，明朝政府倾全力平定。嘉靖三十三年（1554年）任命南京兵部尚书张经总督江南、江北、浙江、山东、福建、湖广诸军前往征讨，在嘉兴大镇王江泾一役取得大胜后，遭督察军务的严嵩亲信赵文华与浙江巡抚胡宗宪诬陷，被逮捕入狱。继任总督胡宗宪设计诱杀了王直、徐海、陈东，但闽浙沿海倭患依然如故。在平倭战争中取得决定性胜利的是戚继光、俞大猷。戚继光（1528—1587年），字元敬，号南塘，山东登州（今蓬莱）人，出身将门世家，世袭登州卫指挥佥事。嘉靖三十四年调浙江都司充参将，分管宁、绍、台三府，后改台、金、严三府，招募金华、义乌剽悍壮丁，练成一军，教习击刺法，更新火器兵械，戚家军因此名闻天下。与倭寇作战连连告捷，平定浙东倭患后，又进援福建，与总兵俞大猷平定福建倭患，又与俞大猷平定广东倭患。平倭战争终于在嘉靖四十三年（1564年）宣告结束。

然而真正解决倭患的关键，是明朝政府逐步放弃了海禁政策。从某一角度看，嘉靖时期的倭患，从侧面反映了海禁与反海禁的斗争。当时影响最大的王直集团，因“求通互市，官司弗许”，才从事海上走私、劫掠沿海，成为倭寇的代表；以后他又向政府表示如果允许通商，可以杀贼自效。主持平倭的胡宗宪、赵文华也认识到“以海禁太严，生理日促，转而从盗”;“滨海细民，本藉采捕为生，后缘海禁过严，以致资生无策，相煽以盗”。随着平倭战争的胜利，开放海禁便成为最高当局的唯一选择。嘉靖四十五年（1566年）明世宗去世，成为一个契机，先后继位的明穆宗、明神宗及其辅政大臣都主张实 行比较开放灵活的政策。由于海禁的开放，刺激了海上贸易的发展，私人海上贸易进入了一个新阶段，呈现出一片繁荣景象，所谓“倭患”也就烟消云散。

鉴于这种背景，我们不得不钦佩万历时福建长乐人谢杰在《虔台倭纂》中对倭寇的分析之高明：第一，成为中国大患的倭寇，其实多是中国人——“倭夷之蠢蠢者，自昔鄙之曰奴，其为中国患，皆潮人、漳人、宁绍人主之也”；第二，由于政府实行严厉的海禁政策，海商转而为海寇——“寇与商同是人，市通则寇转为商，市禁则商转为寇”；第三，政府推行政策的偏颇是导致倭患愈演愈烈的根本原因——“由海商之事观之，若病于海禁之过严”。

最突出的例子是福建漳州府的月港。由于海道交通方便，月港早在海禁时期已成为走私贸易的中心，许多人都从那里私自出洋前往吕宋（今菲律宾）诸岛进行贸易，月港因走私贸易而繁荣，号称“小苏杭”。嘉靖四十五年（1566年）政府终于承认既成事实，把月港升格为海澄县的县治，次年（即隆庆元年）正式开放海禁，准许人民航海前往东洋、西洋贸易，由海防同知向商船征收引税及关税，使私人海上贸易合法化。全汉昇《略论新航路发现后的海上丝绸之路》指出：所谓东洋是以菲律宾群岛为中心的海洋，往返东洋的人多到菲律宾吕宋岛或其中的马尼拉港，他们运到马尼拉的货物以生丝和丝绸为主。当时在中国一担值一百两银子的湖丝（浙江湖州的生丝）运到马尼拉，至少可以卖到二百两银子。除了西班牙人，有时日本商人也到马尼拉采购湖丝，致使湖丝价格猛涨，每担高达五百两银子。由于国内和吕宋售价的悬殊，把生丝和丝绸运到那里卖的中国商人常常得到巨额利润。中国商人到马尼拉后在市东北部集中居住，形成一个贸易市场，西班牙商人称为生丝市场。马尼拉的生丝市场，小部分在当地销售或向日本输出，绝大部分都由大帆船——“丝船”运往美洲，于是形成了一条与往昔不同的海上丝绸之路。

当时政府规定，凡华船下海通番，在出口前应先“请引”，缴纳名为引税的特许金，此外又征收三种具有关税性质的水饷、陆饷、加增饷。水饷相当于船钞，按船的大小征收；陆饷是货物进口税；加增饷是一种特加税，专向从菲律宾返回的船舶征收。据全汉昇《明季中国与菲律宾间的贸易》，漳州府海澄县每年的外贸税收迅猛增长：隆庆年间（1567—1572年）银三千两，万历初（1573年）银六千两，万历四年（1576年）银一万两，万历十一年银二万两，万历二十二年银二万九千两。万历二十二年的税收几乎等于二十年前的十倍。这是处理海外贸易成功的一例，与海禁时期相比，其利弊得失不言 而喻。中菲贸易的发展，双方各蒙其利。中国的手工业品及农产品在菲扩展销路的结果，使国内的工农业能够转变为“外向型”——为国外市场而生产，商人能够为对外贸易而服务，无形中增加了不少就业机会，从而有助于国内相对过剩人口的生计问题的解决。