吴梅的戏曲研究与教学始于1913年，这一年在上海写成《顾曲麈谈》；1917年应蔡元培之聘，到北京大学任教；1922年，应东南大学国文系主任陈中凡之聘，重返南京。从此直到1937年抗战爆发为止，他在东南大学、中央大学、金陵大学主讲词曲，把昆曲引进了大学课堂。他开讲《曲选》和《曲律》。上课时，随身携带笛子，边吹边唱，做到了理论与实践相结合。具体教学履历如下：

1905年春至秋主持蠡墅小学。

1905年秋至1909年秋任东吴大学堂教习。

1910年春至1911年任苏州存古学堂检察官。

1912年春至年底在南京第四师范任教。

1913年春至1917年秋在上海民立中学任教。

1917年秋至1922年秋在北京大学任教。(www.daowen.com)

1922年秋至1927年春在南京东南大学任教。

1927年底至1928年春赴广州中山大学任教。

1928年春至秋在上海光华大学任教。

1928年秋至1937年“七七事变”在南京中央大学任教并先后兼上海光华大学及金陵大学课。

他自己早年曾求教于曲家，对昆曲唱法颇具功夫，所以他在教学之余还指导戏曲艺人唱曲演剧，为振兴昆剧作了大量有益的工作。除他的在校弟子外，随他学唱功的既有名教授大作家又有梨园界的大师，如朱自清、田汉、郑振铎、齐燕铭，著名京剧表演艺术大师梅兰芳、俞振飞，20世纪80年代的日本东京大学校长也是吴梅的弟子。梅兰芳演《四声猿》中《雌木兰》剧时，吴梅曾指导之，并不客气地说：“梅唱尾声，终不得法，于昆腔究属门外汉耳。”^[9]目前台湾的昆曲名家，都是吴梅的再传弟子。对韩世昌、穆藕初、俞振飞等后学者给予躬身指导。在沪期间，应聘为啸社（曲社）顾问，该社曾排演过由其创作的《湘真阁》传奇。其学生徐益藩回忆：1936年，东南大学爱好词曲的学生组成“潜社”，先生即率诸弟子为潜社酌酒弦词于淮之上，中绝者再，而先生兴不衰。先生曰：“斯社自始创迄今十年矣！持之以恒，绝而不绝，校中会社，殆无足以颃也。今与诸君约法三章耳：不标榜，必到，必作。”岁余凡八集，集各有词，先生拈调命题，辄先成为诸生倡。众生毕赋开宴，先生顾而乐之，往往以苍颜白发，颓乎其中。他为“曲社”《汇刊》作序曰：“卓荦群英，婆娑一老，吾几自忘迟莫矣！”盖纪实也。^[10]吴梅为人肝胆照人，学识精博，著作等身，诗、文、词、曲俱工。他爱生如子，循循善诱，学生如沐春风，无不感奋。每当春秋佳日，他带领学生游览南京名胜古迹，并强调学以致用，注重实践。师生触景生情，有感而发，即兴填词作曲，吴先生精批细改，学习效果颇佳。有时，同学们到大石桥吴师家中学唱昆曲，笛声悠扬，南音盈耳，师生同乐，其情融融。吴先生还倡导建立“潜社”，取“潜心学术”之意。唐圭璋与同学王季思、段熙仲、张世禄等都入社创作，刻印过《潜社词刊》和《潜社曲刊》。

吴梅对培养词曲研究人才更是功不可没。现在，在国内外教授和研究戏曲的教授、学者大都是吴氏第一代或第二代传人。吴梅在各大学任教，培养了众多的学生，其中在北京大学和东南大学的时间最长，因而所收的学生最多。1917年秋至1922年秋在北京大学任教，收有学生俞平伯、顾随、任中敏、钱南扬等；1922年秋至1927年春在南京东南大学任教，收有学生卢前、王玉章、张世禄、王季思、赵万里、唐圭璋等。吴梅先生培养出来的学生，对于老师的学业各有继承，出现过一大批一流学者。在20世纪后半叶尚能继续从事学术研究或教学工作的，就有王玉章、任讷、唐圭璋、王焕镳、钱绍箕、王起、汪经昌、赵万里、常任侠、游寿、潘承弼、陆维钊、胡士莹等；其中约一半没有再从事曲学研究，但都在各自的领域里取得了重大成就。