明朝初年，沿袭元制，由中书省总领全国政务。朱元璋总结历代的教训和自己起家的经验，认识到要重建强大而统一的国家，必须高度集权于上而适度分权于下。

洪武九年（1376年），太祖着手整顿地方官制，废除地方在统治机构方面，权力过分集中的行中书省，改设承宣布政使司、提刑按察使司和都指挥使司，合称“三司”。相应设置了布政使、按察使、都指挥使分管省级地区的民政、司法和军队。三司长官不相统率，直接对中央负责。全国除京师（南京）和边疆少数民族地区外，分浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西12个布政使司。洪武十五年（1382年），增设云南布政使司，共13个布政使司。13个承宣布政使司（类似今天的省政府），总管本省行政、民政、钱谷等事。省下设府（知府）、县（知县）两级和部分直隶州（知州），主管地方兵刑钱谷，为“亲民之官”。在边远和少数民族地区，由都指挥使司和宣慰使司、宣抚司、招讨司、蛮夷长官司、军民州、土州、土县等，统辖军民之政。

洪武十三年（1380年），明朝对中央统治机构进行调整，废除了沿袭1 600多年的丞相制度，撤除了横亘于皇帝和百司之间的中书省，废丞相不设，皇帝直接君临百司，主断大小事宜，将国家和政府首脑合而为一，从体制上保证了君主在中央集权政治中的绝对权威。吏、户、礼、兵、刑、工六部的地位提高，六部尚书和左右侍郎直接听命于皇帝。同时设立庞大的秘书机构来协助皇帝处理政务，明朝的秘书机构体制有很大的变化，史称“内阁制”。其后历永乐、洪熙、宣德，逐渐形成内阁制度。内阁参赞机务，但首辅无丞相之名，一切决策取决于皇帝批红。

值得注意的是，中书省废除以后，皇帝以一人之力直接处理全国政务，很快就出现了力不从心的劳累状态。《明太祖实录》卷133记载，朱元璋深感：“人主以一身统御天下，不可无辅臣。”于是，于洪武十三年（1380年）九月设春、夏、秋、冬四辅官协赞政事，洪武十五年（1382年）取消四辅官，仿宋制设华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸学士，“皆侍左右，备顾问”。朱元璋任用翰林院的学士检讨、修撰、侍读等文学侍从官员来协助做一些文案工作。具体职责是：①帮助皇帝阅看各级报来的章奏和执行封驳的工作；②根据皇帝的意图或明确意见草拟处理意见；③随时听候皇帝差遣，处理其他辅助性工作。他们虽在皇帝身边，具有近身特点，但是并不能参与重大政务的研究，更不能独自处理什么问题。仅仅由于他们经常在宫廷殿阁（通称皇宫）之内工作，以与皇帝的工作节奏和生活节奏合拍，遂被称为内阁学士或大学士，简称“内阁”。被调来工作，俗称“入阁”。洪武十三年（1380年）之前，由于中书省是仅次于皇上的最高权力机关，丞相是负责人，翰林院的文学侍从们即使“入阁”，充其量不过是作为中书省的补充，偶尔或不太经常地、名不正言不顺地充当皇帝的兼职秘书而已。

内阁不是一个正式的国家机构，不能独立地对帝国的各个法定的机构发布指令，而只能为皇帝提供顾问、咨询和草拟对各种章奏的处理意见，因而，从名分上说，是皇帝的机要秘书机构。但后来的发展使得内阁逐渐凌驾于六部之上，成为有实无名的宰辅机关。内阁大学士也逐渐有了首辅、次辅和群辅之分。不仅可以召集高层次决策会议，在草拟各种章奏的过程中直接参与机务，甚至能与皇帝分庭抗礼，封驳皇帝的诏旨。“虽陛下圣意有所予夺，亦必须由内阁议而后行”。^①因而，出现了许多权臣，如徐有贞、严嵩、张居正等。《四库全书总目》有论：“至嘉靖间始委政内阁，而居首揆者责任尤专，凡一时政治得失者视其人为轻重”。内阁职掌的变化也引发了后人对内阁定位上的分歧，有以为是皇帝的机要秘书部当时内阁及其大学士只能使用翰林院兼手驳诸司文章事某官的名义，“职卑位微”“帝方自操威柄，学士鲜所参决。”^①(www.daowen.com)

中央统治机构中调整的另一特色是：充实和完善监察系统制度。设立都察院，为最高监察机关，过问民情，监察百官。受命出巡视察地方的巡察御史，权力颇重，小事立断，大事奏裁。设六科言官给事中（一般为正七品），各事规谏、驳正和稽核文印百司之事，品位虽低，但有资格参与中央的高级会议，直接对皇帝负责，是十分有影响的中央官员。另外，明朝在宫禁里设东、西厂，秘密监督百官的行踪，成为皇帝和司礼太监的直接耳目。

明朝的官制建设一改秦汉的三公九卿、郡县制的块块化管理模式，也不同于隋唐以来条块结合的管理模式，从中央到地方各级官僚机构的设置基本上反映出条条化的面貌。

由于整套行政结构的划分越来越细密，在集权化思想下形成的条条化格局，过去一个部门负责的公务，需要三四个或更多互不相属的独立机构来处理，相互的协调和牵制更为明显和大量增加，公文的往返和会议增多。公牍文种达30种以上，互不相属机构往来的文种，则有12种之多。各种协调工作的会议也趋于经常化和规范化。地方各省的大事，没有元首式的长官主断，由三司会议商决。