改革开放以前，市郊农民习惯使用马桶，粪便处理采用自设小粪缸储存后还自留地或农田作最终处置，市爱卫会组织各区县、乡镇政府试行“小型集中，加盖加棚，专人倒洗马桶”等方法，集中管理粪便。20世纪80年代初，粪便集中管理办法不适应农村生产方式，农民又开始设置露天小粪缸。90年代初，全国爱卫会下发《全国爱卫工作十年规划及八五计划纲要》，提出“农村卫生厕所普及率按不同经济水平地区，到2000年分别达到35％～80％，积极开展农村粪便无害化处理”的工作要求，为全面贯彻落实全国爱卫会提出的工作目标，全市启动农村粪便管理和农户粪缸新建、改建工作。上海市郊农户新建住房，配套建造三格化粪池，农户使用卫生厕所远低于全国爱卫会提出的目标。

1994年11月，上海市农村粪管改厕办公室（下简称“市粪改办”）成立。1995年，市政府将25万户农户粪缸改造列为实事项目。市环卫局、市爱卫会、市农委、市建委、市财政局联合下达《上海市1994—1995年农村粪管改厕工作计划》。同年，市环卫局编写《农村改厕宣传提纲》，拍摄《农村改厕、造福农家》录像，编撰《农村改厕动态》专刊，开展宣传教育。市粪改办建立统计网络，制作上海市农村家庭卫生厕所登记表、上海市农村家庭卫生厕所月报表，实施“一户一表”档案制度。制定《上海市农村粪管改厕工作考核标准》，每年组织2次对各区县年度计划任务实施现场的考核检查（1995—1999年共进行10余次）。市技术指导组开展“浅土渗透机理适应条件”“农村低浓度有机废水净化装置科普实用生物”“粪便污水生物脱氮实用技术的应用研究”“上海市卫生户厕几种适宜类型设计研究”等课题研究。同年10月，市环卫局、市财政局联合下发《关于下达上海市1994—1995年农村改厕项目奖励的通知》，确定项目奖励数额按农户建造1只三格化粪池需700元计算，市财政给予5％的专项奖励，区县财政给予10％的专项奖励，考虑各区县经济发展情况和农民生活水平存在的差异，在下达5％的专项奖励经费时按4％～6％的幅度适当拉开档次；按市粪改办考核后实际完成计划数结算年度专项奖励。市财政局建立专款专用监督机制，组织开展计划任务审核、现场核准和考核验收等。同年，市环卫局开展农村改厕实事工程立功竞赛活动，推进实事项目的实施。

1996年，市政府继续把30万户农户粪缸改造列为实事项目。同年1月，市环卫局、市爱卫会、市农委、市建委、市财政局联合下达《上海市农村粪管改厕工作“九五”规划》，提出“到2000年，上海郊区卫生厕所普及率达到90％”的总目标。其间，市粪改办下发文件分配落实各区县的计划任务，并建立计划任务管理目标责任制，与相关区县签订《年度工作责任书》，将考核成绩列入对相关区县年度工作考核内容之一，促进计划任务和总体目标的完成。同年，完成《上海市农村家用化粪池系列施工图》设计和《农村改厕科普知识和实用手册》编写，下发各乡镇和行政村，规范建设施工质量标准和开展正确使用管理家庭卫生厕所的宣传教育。同年8月，市粪改办在奉贤县青村镇召开“上海市农村改厕质量、水冲率现场交流会”。市环卫局领导要求在保证改厕任务完成前提下提高水冲率，使老百姓用厕方便。同年，市爱卫办、市农委、市文明办发挥创建优势，明确“改厕任务未完成或完成后露天小粪缸不取缔的，不能被评为卫生、文明村镇”，并实施“一票否决”制度。

1997年，市政府再次将改造35万户农户粪缸列为实事项目。同年1月，市粪改办下发《一九九七年市郊农村粪管改厕工作计划》，落实各区县承担的市政府实事项目。其间，还下发《关于开展上海市农村家庭卫生厕所建设状况普查工作通知》，进一步加强和规范基础管理工作。同年4月，各区县全面完成普查工作，表现出色的集体和个人得到市粪改办的表彰。同年5月，市政协副主席陈正兴做出批示：“市环卫局积极抓粪改工作很有成绩，为改善农村环境，保护水体起了积极作用，当前正在抓规范建档资料，很好。建议以此为基础，研究抓好改厕后的各项管理工作，诸如定期观察化粪池负载状况、化粪池完好程度、化粪池出渣和维修措施落实情况，以及化粪池实际净化效果，防止产生‘有了化粪池，农村粪改永远解决了’的一劳永逸思想。”市粪改办落实市领导提出的工作要求，在金山区张堰镇召开农村改厕普查工作总结会，要求区县、乡镇、行政村三级把关，做到月报表、登记表与普查表“三表”相符，确保无统计遗漏和重复现象，以及统计数据电脑化管理。同年，在云峰剧场召开的上海市创建国家卫生城市工作表彰动员大会上，市委副书记、市长徐匡迪，市委副书记陈至立，副市长夏克强、左焕琛向农村改厕优胜区（县）和先进集体（个人）颁发了奖状。

1998年，改造18万户农户粪缸继续列为市政府实事项目。年初，市环卫局向各区县下达年度计划任务。同年3月，召开1997年度环境卫生暨环卫实事立功竞赛表彰大会。奉贤县和浦东新区获“1997年度上海市农村粪管改厕工作优胜区”称号，青浦县、闵行区、松江县获“1997年度上海市农村粪管改厕工作先进县、区”称号，外冈镇等30个乡（镇）、村获“1997年度上海市农村粪管改厕工作先进集体”称号，黄毓涛等40名同志获“1997年度上海市农村粪管改厕工作先进个人”称号，有力地推动了年度计划任务的全面完成。(www.daowen.com)

1999年，农村粪改进入分批验收阶段。同年5月，市环卫局下发《关于开展农村粪管改厕工作综合验收的通知》，要求各区县组织自查，全区域达到改厕覆盖率90％以上、水冲率60％以上、三格化粪池完好率95％和粪缸取缔率90％以上等综合验收指标后，行文申请市级综合验收。同年12月，奉贤县农村改厕工作首获市级综合验收通过。2000年，松江、嘉定、闵行、金山、青浦、宝山、浦东等7个区和南汇县农村改厕工作先后获市级综合验收通过。同年10月，市粪改办对浦东新区、闵行区、松江区、嘉定区和奉贤县计83个镇249个村1万户农户问卷调查。12月召开农村粪管改厕工作总结暨长效管理研讨会。至年底，市郊农村累计建造家庭卫生厕所123.4万户，占农村总户数的92％，通过国家级现场验收，获“全国农村粪管改厕先进地区”称号。崇明县农村改厕工作2001年获市级综合验收通过。

2001—2005年，市市容环卫局下发《上海市农村改厕管理实施意见》，把建立农村粪管改厕常态长效管理制度纳入对郊区市容环卫管理年度工作目标考核内容之一；下发《加强管理，巩固和提高农村改厕成果（上海市农村粪管改厕“十五”工作计划）》等，进一步细化管理目标，巩固农村粪管改厕所取得的成果，使得农村粪管改厕工作进入规范化、常态化管理阶段。市郊农户卫生厕所普及率达96.5％。

至2008年，市郊农村累计改造农户卫生厕所129.74万余只，其中建造三格化粪池109.45万余只、双瓮式卫生厕所4.75万余只、纳管处置10.38万余户，市郊农户卫生厕所普及率达96.5％。