20世纪60年代，市郊农村大力发展生猪生产，为解决生猪饲料而在河道内推广种植水葫芦。至80年代后期，市郊农村生猪养殖开始逐步减少，水葫芦生长失去控制，在河道内大量繁殖；至90年代末，黄浦江、苏州河上游水域大面积出现水葫芦，并流入苏州河中心城区水域和黄浦江外滩水域，形成视觉污染。

2000—2001年连续两年水葫芦泛滥，阻塞上游航道，并沿着黄浦江、苏州河干流水域而下直至黄浦江外滩水域，大量水葫芦集聚在轮渡站周边水面，导致轮渡船无法靠岸，严重影响城市安全运行。水葫芦、绿萍污染黄浦江、苏州河水域的现象引起市政府领导高度重视。2002年，常务副市长冯国勤召集市农委、市科委、市市容环卫局、市苏办等管理部门，专题讨论水葫芦整治工作。3月，市政府召开“全市水葫芦专项整治工作会议”进行动员，并部署开展集中整治工作。按照“条管江河、块管地域”的水域管理原则，水葫芦整治工作由市农委、市建委负责牵头协调和检查考核，市水务局负责河道闸口和闸内河道整治的组织指导工作，市市容环卫局负责黄浦江、苏州河干流水域全线的整治工作，市科委负责对水葫芦治理的技术攻关，市环保局负责监督检查，市河道办做好具体组织协调工作。市市容环卫局制定黄浦江、苏州河干流水域全线的具体整治方案，并提出“用3到5年时间，基本解决水葫芦危害，实现黄浦江、苏州河等主要水域基本看不到水葫芦、其他河道水域水葫芦明显减少”的工作目标。具体由市水管处负责落实推进。

2003年，生长势头猛、繁殖数量多、持续时间长的绿萍也开始污染黄浦江、苏州河水域。5月，全市启用绿萍监控预警和拦截打捞系统，控制绿萍对黄浦江、苏州河景观水域的污染。设置监控基地，将黄浦江、苏州河主干流划分为控制、作业、缓冲、禁止四大区域分区监控，发布监控信息，为环卫企业及时打捞作业提供准确的数据。全年共发送预警监控信息360余次。2004年上半年以绿萍、下半年以水葫芦为重点，完善整治方案，加强对区县和市属环卫作业公司的协调，创新机制，科学监管，全年共完成黄浦江、苏州河干流打捞绿萍890余吨、水葫芦12.8万余吨，水生植物治理取得阶段性成果。水葫芦、绿萍污染黄浦江、苏州河水域得到有效控制。2005年，逐步落实“条管江河、块管区域”，在黄浦江、苏州河上游推出打捞招投标，积极探索多种控制手段，提高工作实效。整合各方资源，形成管理、作业联动效应，严格控制对“一江一河”景观水域的污染。至年底，3～5年基本控制水葫芦污染的目标已经实现，嘉金大桥下游已基本无水葫芦污染。(www.daowen.com)

“十一五”期间，市市容环卫局和水务部门联合下发《关于做好水葫芦、绿萍等专项整治工作的通知》，督促上游六区进一步加强本区域内绿萍的打捞，减轻绿萍对黄浦江、苏州河干流的影响。2006年通过加强巡查，多方协调，建立长效管理机制。及时启动预警监控、作业服务系统，把水生植物污染控制在黄浦江、苏州河上游地区，黄浦江、苏州河全年共打捞绿萍5100余吨、水葫芦8.5万余吨。2007年受到水文、气候、潮汛、冷空气南下等因素影响，在黄浦江干流区域存有大量水葫芦集聚，黄浦江干流日平均水葫芦囤积量达到14395吨，11月25日达到峰值24293吨。市水管处加大上游拦截力度，在黄浦江干流原有4个固定水葫芦拦截库区的基础上，又增设了3个临时拦截库区，并通过社会租借的方式，增加黄浦江、苏州河打捞作业能力，防止中小河道内的水葫芦流入干流。共计有打捞船、运输船、吊运船52艘投入水葫芦打捞作业。黄浦江、苏州河上游五区加大水葫芦专项治理力度，有效抑制了水葫芦蔓延趋势。2008—2009年，围绕迎世博600天工作目标，按照“条块协调，块管区域，关口前移，源头控制”的原则，加大对水葫芦、绿萍的整治。在整治中，金山、青浦两区共出动船舶30万余艘次、人员60万余人次，共打捞绿萍6.7余万吨、水葫芦14.7余万吨；环境实业共出动船舶2700艘次、人员7800余人次，打捞绿萍3549吨，打捞水葫芦8.4万余吨。

2010年，通过实施《水生植物整治40周工作计划》《市区两级水生植物监控预警工作方案》，全力确保重点区域水面环境卫生质量整洁和黄浦江世博会核心园区水域不受水葫芦、绿萍的侵害，加强拦截打捞。根据黄浦江、苏州河干流的大致流向和规律，结合有利于拦截、打捞、转运、处置等因素，组织干流打捞作业单位在黄浦江的闸港、奉贤自来水厂、江川路环卫垃圾码头、闵行马桥镇、嘉金大桥、米市渡和苏州河的建德花园、闵行华漕等区域，设置13处水生植物拦截作业库区，拦截打捞黄浦江、苏州河上游而来的水葫芦、绿萍。市市容环卫局主动对接市农委、市水务局、市环保局等管理部门，建立联系沟通机制，使水葫芦整治形成合力。市水管处携手联合市河道管理部门共同督促各区县全面落实块管区域的责任，整合专职和兼职保洁力量，做到中小河道内水葫芦就地打捞处置，减轻黄浦江、苏州河干流压力。建立与相邻省市相关职能部门互通整治工作信息机制，协调省际之间拦截打捞，上下游之间形成合力。全市各区根据辖区特点，因地制宜地采取行之有效的措施。青浦区充分发挥三级管理网络作用，防止农田中生长的绿萍流入水域扩散污染；金山区加强巡查，24小时监视浙江地区水葫芦、绿萍流入本区域的动态，并组织力量全力拦截打捞；松江区在黄浦江干流增设简易拦截设施，增加打捞频率，启动支流水闸调水“引绿进港”工程，在本区域内就地打捞处置水葫芦、绿萍，效果显著，圆满完成了世博会重点水域和景观水域市容环境保障任务。