苏州河水体受到污染可追溯到20世纪20年代。由于上海工业和人口的迅速发展，苏州河污染状况渐趋严重，至70年代末，苏州河上海段全线遭受污染，市区河段终年黑臭、鱼虾绝迹，两岸环境脏乱。80年代末，以建设合流污水治理一期工程为抓手，苏州河综合治理工程正式实施。

1995年，市环卫局组织力量配合苏州河环境综合整治工作，对苏州河及支港污染现状进行调查，找出船舶污染、两岸垃圾堆场、粪便码头污染、底泥污染等六大污染源，制订整治计划，召开由市规划、水利、市政、环保、港监、水上公安和各区环卫局等管理部门参加的专题协调会，明确职责分工，提出整治工作要求。先后6次对苏州河东港口至北新泾、陆家嘴浜江大道、彭越浦、龙华港的联合整治活动，全年共计出动800余人次；调派车、船30辆（艘）次；整治污染点22处；清除淤泥杂物50多吨、沿岸生活垃圾30多吨、建筑垃圾200多吨、煤渣100多吨；打捞水面漂浮物300多立方米，使苏州河及部分支港水面环境卫生面貌得到了有效改观。1996年，加大对苏州河及其支港污染源整治工作力度，市水管处每月组织两次对环卫码头垃圾下河现象的检查，同时，先后组织对苏州河东港口至北新泾、陆家嘴滨江大道、彭越浦、龙华港进行联合整治10余次，出动100余人次，出动车船50余辆（艘）次，清除淤泥杂物80余吨、沿岸生活垃圾30余吨、建筑垃圾300余吨、煤渣200余吨，打捞水面漂浮物400余立方米。

1997—2000年，市水管处发动苏州河两岸6个区、17个街道（镇）开展“四无”（无乱倒乱堆垃圾、无违章搭建、无乱设摊、无拾荒乱堆废品）创建达标活动，数次组织环境整治统一行动日活动，行动日中参与整治人数达1000余人次，沿岸路段基本达到“四无”创建标准，苏州河两岸环境面貌明显得到改观，为净化环境迎“八运会”做出了贡献。以组织开展实事工程立功竞赛为抓手，全力推进苏州河水面环境整治工作。市水管处制定《关于苏州河环境综合整治实事立功竞赛水管处分赛区创建规划》，重点整治长寿路桥至铁路桥水域，综合整治效果明显。组织苏州河沿岸的北站、天目西、长寿、长风、周家桥等5个街道，开展苏州河两域（水域、陆域）市容环境卫生共管共建工作。

2002年，市市容环卫局下发《关于加强垃圾装卸码头市容环卫管理的通知》，要求切实加强码头管理，减轻垃圾码头对水域的污染。市水管处建立码头管理方、垃圾装载方、水域保洁方三方协调机制，明确各方职责，要求严格执行各项管理制度及作业规范，建立工作例会制度和联合考核机制。并对环卫作业码头采取轮流定点跟班和日间、夜晚不定时突击检查等方式加强监控，制定相关考核办法对环卫码头进行考核，并将考核结果纳入市容环境质量监督综合评价体系。鼓励开展小改小革项目，对环卫垃圾码头进行改造，在卢湾区召开现场会进行推广。全年开展检查726次，发现垃圾下河现象127起，与同期相比下降36.82％。(www.daowen.com)

2003—2005年，市环卫局健全环卫码头整治联席会议机制、三级检查和竞赛评比机制，加大垃圾装卸设备改造力度，发挥先进典型的引领示范作用，控制垃圾下河污染管理机制初步形成，环卫码头垃圾下河污染水域现象明显减少。市水管处建立苏州河水面市容环境卫生质量评估系统，包括监控系统、数据汇总系统、评价系统、报告系统等4个子系统。在苏州河东港口至凯旋路垃圾码头段设立16个监控采样点，每日8：30～11：30对水面市容环境卫生质量进行监控采样，运用计算机对照片及文字数据进行汇总分析，根据当日采样段照片总体分值对苏州河水面质量做出评价。健全黄浦江、苏州河水面质量评价体系，通过市市容环卫局政府网站公布质量指数，加强专业评价。全年黄浦江、苏州河景观水域水面环境质量优良率稳定在95％以上。

2006—2007年，苏州河环境综合整治三期工程启动。苏州河沿岸环卫码头全部拆除，垃圾下河现象得到根治，苏州河沿岸市容环境和水面环境实现了“整洁、卫生”的整治目标。