船舶生活垃圾清除实行收费制度。1978年，收取船舶扫舱垃圾清除费。1982年，收取船舶生活垃圾清除费。市港务局下属的港清公司负责外轮生活垃圾收费工作，市环卫局下属水管处（水上服务中心）负责国轮生活垃圾收费工作。1989年，经市物价局批准，水域船舶生活垃圾清运费进行调整。1990年，市环卫局制定《单位占用水域岸线委托保洁每月收费标准》，作业单位按规定收费。1998年，市环卫局、市物价局联合下发《关于规范环境卫生服务收费的通知》，规定水域船舶生产废弃物清运费、水域船舶粪便污水收集清运费、水域船舶生活废弃物清运费等收费为环卫服务项目，实行政府指导价。2003年，市港务局行政体制改革后港清公司不再承担外轮生活垃圾收运和收费。

2004年，环卫作业市场化改革后，市物价局、市市容环卫局联合下发《关于本市单位生活垃圾处理收费有关事项的通知》，取消1998年10月30日市环卫局、市物价局《关于规范环境卫生服务收费的通知》中的垃圾（自运）码头运输管理处置费、垃圾（自运）滩地管理处置费等项收费，并明确收费标准、收费依据和执收主体，收费统一使用“上海市市容环卫船舶固体废弃物处理专用定额发票”，由执收主体到同级税务部门购买，代收部门到市容环卫主管部门登记领取。实行专户管理，所收费用专门用于支付生活垃圾收集、运输和处理以及征收单位的基本征收管理，市水管处参与监管。(www.daowen.com)

2006年，市市容环卫局下发《关于本市船舶生活垃圾处理收费管理的实施意见》，明确“水管处负责本市船舶生活垃圾处理费的征收和管理，下设收费中心负责具体征收工作”和“船舶生活垃圾处理费为经营服务性收费项目”。市水管处成立收费管理中心，船舶生活垃圾处理费的收费工作开始纳入规范化管理。全市船舶生活垃圾处理费的收费工作实行授权委托模式。委托征收单位有水域发展公司、万承公司、奉贤区市容局、环生公司等4家单位；并按照市管水域、区管水域、奉贤区水域等三个相对独立的区域实行不同的收费方法，其中，市管水域收费由收费中心直接与水域公司、万承公司、环生公司等3家单位签订征收委托书，签发船舶生活垃圾收费票据，各单位按照各自业务量（区域）对所辖范围内进出上海港的船舶进行生活垃圾收费，并定期与收费中心核账、结算，所有资金全额纳入收费中心账户，由市水管处以政府采购服务的形式全额拨付。收费采取上门收费、代理收费、打包收费等三种形式。水域公司实行上门收费、代理收费、打包收费；万承公司、环生公司实行上门收费。区管水域收费范围为浦东、松江、嘉定、青浦、宝山、金山、闵行、崇明等8个区，实行由水域公司委托各区县水务部门在船舶通过水闸时代为征收船舶生活垃圾处理费，收费标准为10～60元/艘次。奉贤区水域由区环卫部门委托区水务部门对进出该区范围内水闸的船舶进行收费，收费纳入市水管处收费中心统筹范围。至2010年，进入收费中心专用账户资金总额为9997万元。