20世纪70年代，内河船舶粪便的收集由水清站专门负责。1970年开始收集内河船舶生活垃圾。1975年以后开始收集船舶粪污水和扫舱垃圾。环卫管理部门制定发布《水上清除工作质量标准》《扩大清除国轮废弃物（垃圾）的实施办法》等工作规范，逐步扩大收集范围。船舶油污水收集和处理则由海事部门监管。1982年，环卫系统轮船全部开始收集处理油污水。

1984年起，由市水管处承担对停泊在上海港区内船舶废弃物收集业务，通过组织有船单位与水上环卫作业部门签订《委托清除垃圾粪便合同》，组织水域环卫清除部门开展优质服务竞赛，提高作业服务水平。1990年，收集范围扩大到吴淞口外和浦东大治河、川杨河、白莲泾等区域。1993年起，黄浦江上陆续建成南浦大桥、杨浦大桥，万吨级船舶因受大桥通航高度限制，不再驶入黄浦江停泊，水服中心承担的船舶废弃物收集业务开始向外延伸至长江南岸水域（从浏河口锚地到鸭乌沙减载锚地）和进入黄浦江各支港第一座闸桥到黄浦江河口部分（包括黄浦江东岸水域），以及黄浦江、苏州河泵船码头上所产生的垃圾、粪便。

1994—2000年，船舶废弃物收集服务调整作业结构，水服中心根据市环卫局环卫专业走市场的相关规定，组建船舶油污水收集和应急抢险专业队伍，积极参与市场竞争和抢险保障服务，1996年曾应董家渡港监紧急救援通知，派出6艘作业船，装上吸油毡，赶赴现场，解决一艘油轮被严重撞裂造成污油泄露的险情，确保黄浦江水域未发生大面积污染。水域环卫作业服务质量和水平有了进一步提升。市水管处完成下属作业单位划转后，重点加强和规范行业管理和市属景观水域的环卫监察和执法工作。

2002年，市市容环卫局下发《关于开展船舶废弃物自行处置申报工作的通知》，市水管处制定《上海市船舶废弃物处置申报须知》等实施细则，明确规范管理的具体要求，并组织实施工作。2003年，市港务局实施政企分离改革后，原先市港务局属下负责收集外籍船舶废弃物的港清公司划归复兴船务公司管理，不再承担停泊在上海港外港区外轮生活垃圾收集业务，其相关业务由水服中心接替。市水管处根据管理要求加快建立健全船舶废弃物收集服务系统，在全市设立4个申报站，开展船舶废弃物收集申报工作，恢复苏州河内船舶废弃物收集，规范黄浦江船舶废弃物收集服务，基本消除船舶废弃物下河污染水体的现象。市市容环卫局公布《上海市市容环境卫生水域作业服务质量规范（试行）》《上海市市容环境卫生水域作业操作规范（试行）》，进一步规范水域市容环境卫生作业服务，要求作业船舶等大型收集工具着色规范、作业单位标志明显；收集、清除船舶（码头）废弃物作业时须有防止废弃物污染水域措施，无二次污染等。作业操作规范中还明确船舶开航前准备工作和登船作业流程，以及船舶运输装卸作业流程等要求。这为水域市容环境卫生长效管理机制建立和完善奠定了基础。(www.daowen.com)

2004—2005年，市水管处重点加强游轮、客轮所产生的废弃物收集处置的管理工作，提高服务质量。改革上海港船舶废弃物、生活污水监管形式，实施凭证制度管理。水服中心在上海海事局、市港口管理局和市市容环卫局等部门的支持下，作为唯一具备专业收集船舶废弃物作业资质的企业，全面承接对进入上海港400吨以上船舶废弃物实施收集服务。

2006—2007年，水域市容环卫保洁作业市场逐步开放，具备资质条件的上海万承船舶服务有限公司、上海环生船舶服务有限公司、上海盛博工贸有限公司、上海雨雪船务有限公司等4家民营公司在取得市市容环卫局行政许可后，开始进入船舶废弃物收集服务领域。水域公司通过树立“100－1＝0”的诚信服务理念，开展全员诚信服务承诺签名活动，规范作业流程（上船服务做到全覆盖、不遗漏、无盲点；主动亮证表明身份；用语谦虚礼貌；垃圾收集做到“三清”即发票、凭证及垃圾记录簿填写翔实、准确、完整），确保观光游览船舶生活污水收集“2小时内到达，1小时内完成收集”的特殊服务承诺，树立了良好的企业形象。2007年共参加大小溢油应急抢险38次，布设围油栏2340次，收集油污水27090吨。在上海海事局的支持下，水域公司开拓崇明、长兴、横沙三岛防污、清污业务；组建金山项目部，开展洋山深水港业务，实现了洋山—金山连为一轴的发展目标。2008年，根据市政府要求，水域公司开始收集处置大小洋山港区内外船舶废弃物，以保障临港新城附近水域环境卫生达到良好水平。同年水域公司负责对黄浦江水域从事散装油类及液体化工品装卸作业量300吨以上的船舶采取布设围油栏和监视措施，确保黄浦江水域无污染。

至2010年，船舶废弃物收集范围扩大到崇明长兴岛、横沙岛周边长江水域。全市有3家具备资质的企业在上海港内外港区内从事船舶废弃物收集处置，除水域公司（国企）外，另有2家民营企业参与。水域公司在完成世博会周边景观水域作业保障的同时，受市交港局委托管理使用为洋山深水港区配套建造的“洋山环保1号”轮进行作业服务，以及外高桥炼油厂、外高桥污水厂的围油栏布设与监护业务；应上海市地方海事局开展内河船舶污染物接收工作的要求，在虬江、泗港口试点启动船舶污染物接收服务工作，为上海港防治内河船舶污染水域工作全面推进奠定了良好基础。市水管处加大对3000吨以上船舶、游览船、客运船、餐饮船舶生活废弃物处置的规范检查。在世博会举办期间，市水管处对在黄浦江杨浦大桥至卢浦大桥水域从事游览业务的9家公司、34艘游览船舶建立一船一档管理信息资料，组织开展市容环境卫生责任区自律管理活动，建立专项管理制度，强化管理，严格规范船舶废弃物收集行为，确保世博会相关水域环境达到一流水准。