20世纪50年代末，上海城市工业迅速发展，人口持续增长，排入江河的工业废水和生活污水大量增加，黄浦江水体受到污染；郊区建立了许多市属工厂和县属工厂，乡镇工业也开始发展，郊区农村河道的水质开始逐步恶化；农村畜禽生产迅速发展，大量畜禽粪未能充分利用，任意流进河浜，严重污染河道水质。

1992年，为依法加强全市水域环境卫生管理，市环卫局下发《关于颁布〈上海市水域环境卫生市、区、县分级管理办法〉的通知》，明确市、区、县分工职责，提出“县环卫管理部门（包括金山石化地区）的职责是负责本县城镇水域内的船舶、码头、沿岸单位的垃圾、粪便清运处理及公共水域漂浮垃圾的清捞工作”。

1998年，市委、市政府全面开展以苏州河整治为重点带动全市中小河道污染综合整治工作，解决全市人民十分关心、制约上海社会经济发展的水环境问题。同年，市环保局、市水利局、市环卫局等相关管理部门和区县政府联合成立“上海市中小河道环境综合整治领导小组”，副市长韩正任领导小组组长，领导小组下设“上海市河道污染综合整治办公室”，负责牵头开展以集中整治为主要形式的样板河道创建活动。同年，根据中心城区“两级政府，三级管理”和郊区“三级政府，三级管理”的原则，市环卫局下发《本市水域环境卫生市区分级管理办法》，要求建立水域环境卫生管理分工负责制度。依据这一规定，全市23621条中小河道分别按区县、乡镇、行政村三类区域由相关保洁单位进行日常保洁作业和管理工作。1999年，市环卫局批准在市水管处内设机构中成立区（县）水域管理站，负责全市中小河道的水域环境卫生日常管理工作。至2000年，全市建成样板河道134.6千米，有河道专职保洁人员5200余人，负责总长度1万余千米3万余条（段）中小河道日常保洁作业。

2002年，市市容环卫局组织开展“六项”达标活动，其中包含巩固中小河道整治成果，并推动新一轮中小河道污染整治工作。市水管处以“达标河道，达标界河”创建活动为抓手，通过完善标准，拓展范围，狠抓巩固，加强检查，落实保洁等工作措施，至年底，全面完成53.6千米市容环境卫生样板河道，224条市容环境卫生达标河道，10条市容环境卫生达标界河的创建任务。2003年，在全市开展市容环境卫生“达标区、规范区、示范区”创建活动中，市水管处全面落实“三区”创建工作要求，深化中小河道创建工作内涵，将落实责任区制度、整治水生植物与达标创建工作有机结合；将创建城乡接合部达标界河和达标镇区列入创建任务，并引入“事先公示、群众参与”新机制。至年底，全市完成341条达标河道、37条达标界河、19个达标镇区的创建任务。中心城区中小河道市容环境卫生达标率92％；郊区新城内中小河道市容环境卫生达标率88.8％，中心镇内中小河道市容环境卫生达标率56.8％。2004年，市水管处制作市市容环卫达标河道历年分布电子地图，为日常管理工作提供技术支撑。围绕加强保洁、严格监管、社会监督、落实责任区制度等四个环节开展中小河道整治工作，至年底，全市创建达标河道658条（段）、达标界河15条（段）、达标街镇27个。同年，为进一步加强中小河道的日常保洁工作，解决部分“4050”下岗待业人员就业问题，由水务局牵头，市市容环卫局等部门参加，在全市范围内组建非正规就业劳动组织性质的河道保洁服务社，主要承担打捞230条（段）区（县）级河道和近千条（段）乡镇级河道的水面漂浮垃圾和清除两岸暴露垃圾。至年底，浦东、宝山、闵行、嘉定、金山、青浦、松江、南汇、奉贤、崇明等10个区县分别根据本地区经济社会发展和地域特点等情况，招聘下岗待业和农村富余劳动力等人员万余人，组建了210家河道保洁服务社，范围覆盖外环线以外区域。2005年，浦东张家浜、高桥港、普陀朝阳环浜、嘉定环城河、松江通波塘等建成“水清、岸洁、景美”的达标河道。全市累计完成达标河道2687条（段）、达标界河49条（段）；内环线内河道市容环境卫生达标率100％，中心城区镇级以上河道达标率97％，全市镇级以上河道达标率86％。(www.daowen.com)

2006年，市市容环卫局通过“市容环境达标区、规范区、示范区”和“上海市整洁村”创建活动两个工作平台，全面推进城市化地区“三区”创建范围内99条（段）河道和郊区“上海市整洁村”创建范围内600个行政村内村沟宅河的整治工作，全年完成50条（段）中小河道市容环境整治任务。2007年，全市开展“万河整治、万人保洁”行动，组织开展以“治脏”为重点的新年“清洁周”活动；通过开展水域省际通道整治，梳理出连接外省市水路省际五大通道沿线污染点117处，协调、督促有关各区落实整治措施，有效改善了省际通道水域环境面貌；同时全力推进村级河道整治，全市有6900余条村级河道得到有效整治。2008—2009年，市水管处根据迎世博600天行动方案，认真调研排摸，编制“重点水域”任务分纲要；成立“重点水域”整治指挥部及办公室，协调各方落实工作职责；开展50条主要河道和88条主要道路、高速公路、国道、铁路、轨道、公交枢纽等主要区域的水域市容环境卫生综合整治。通过落实保洁队伍、设置拦截设施等有效措施，全市1036条段中小河道全部完成整治任务。

2010年，市绿化市容局提出“城乡统筹，加强指导”的工作要求，市水管处协调各区县在完成上海世博会举办期间市容环境保障工作的同时，切实加强中小河道的日常管理工作，重点抓好保洁责任落实、沿岸环境维护、开展综合管理、健全监管机制、加强基础管理等五大任务。通过完善标准，深化水域市容环境卫生责任区分类管理；创新管理，引入作业管理第三方评价机制，推行项目化管理，提升市场监管效能；统筹城乡，巩固和延伸亲水观景示范区域创建，改善市民群众生活、休憩和工作环境，嘉定、青浦、长宁等10个区共计建成64处亲水观景示范区域。加强巡视督查，全年检查中小河道3908条段，发现固定污染点131处，污染率3.35％，与2009年同期数据相比，污染率下降6.9％，全市中小河道水域环境卫生面貌得到有效提升。