1980年，上海市区粪便日清除量9047吨，其中近50％来自居民使用的旧式马桶。粪便倒入倒粪站，进入储粪池，这部分粪便俗称“黄粪”，不经分离，由粪船直接运送到农村，经大粪坑贮存一段时间后，用作农作物肥料。还有部分是抽水马桶和公共厕所的粪便，这部分粪便经管道直接排入化粪池，经分离沉淀，有机固体物厌氧发酵分解后，上清液溢出化粪池，流入雨污水管道，粪渣滞留在池内，这部分粪便俗称“黑粪”。“黑粪”由各区环卫部门按一定时间间隔，用真空吸粪车定期收集清除，然后驳运至市区苏州河沿岸的粪码头，卸入粪船，由环卫水上专业运输船舶运往江、浙一带的农村和上海郊区，作为农肥使用。1980年，上海市区有旧式马桶73万只，公共厕所713座，倒粪站3445座，化粪池26754座，粪码头48座。

随着市区倒粪站建设配置发展，市区粪便清除运输基本实现机械化，水上运输船舶也基本实现拖带。粪便清除运输在汽车驳、码头卸、船舶运等环节过程中，粪污水的滴漏，尤其是粪码头囤积的粪便，臭气弥漫，环境脏乱，周边居民意见很大，装卸过程中，粪污水滴漏也污染了河水。20世纪90年代初，上海开始规划苏州河水环境治理工程，沿岸的环卫垃圾、粪便码头逐步撤除。2001年，苏州河长寿路桥以东地区包括黄浦、静安、闸北等区的7座粪码头首批拆除。随着上海合流污水工程的建设进程，苏州河及流经的支流彭越浦河、俞泾浦河上的6座粪码头也相继拆除。粪便运输方式也逐渐从水运向陆运转变。(www.daowen.com)

2008年10月27日，历经半个世纪的虹口区东汉阳路粪码头停止使用。同年11月15日，长宁区万航渡路粪码头也完成了历史使命，撤出苏州河岸线。2009年，军工路2号粪码头拆除。至2010年，承接市区粪便转运的码头有2座：一座是会馆街环卫综合码头，粪船停泊岸线约60米；一座是龙水路环卫综合码头，粪船停泊岸线约50米。