到1949年初，蒋介石反动统治的覆亡已指日可待。卢汉不得不考虑自己的出路。他曾要求美国支持云南独立，遭到拒绝。1949年2月12日，希望徘徊中的卢汉又制造了“昆明南屏街大血案”，枪决了21人。新华社发表了《警告杀人犯》的评论，奉劝卢汉悬崖勒马。并把卢汉列为战犯。

龙、卢虽为表兄弟，也有一定的矛盾，尤其昆明事变后，蒋以卢汉接替龙云，故意扩大龙、卢矛盾。龙、卢间曾有一段时间比较冷淡。4月初，龙云派安恩溥回滇，规劝卢汉起义。龙请安转告卢：“蒋介石在军事上节节败退，大局已定。但他会退到云南，利用天然地势作垂死挣扎。蒋介石可以逃往台湾，也可以流亡到国外，如果云南作了蒋介石最后的战场，云南父老的苦难是不可设想的。顺其自然发展，云南也会被共产党、八路军解放。但那时大家都成了历史的罪人，等人家来清算我们这笔罪恶帐。怎么办呢？惟一的办法是主动起义，这样就能达到自救和救云南老百姓的目的。领导这次起义的将领，也只有卢汉。”龙云还叮嘱安恩博：“为了搞好起义，使起义具有号召力，起义前可联络四川的邓锡侯，西康的刘文辉。我已通过关系和他们说过这话，……。”

5月，中共派人民解放军第五十军代参谋长张秉昌到昆明，向卢汉转达了中共欢迎他起义的意见。7月，卢汉派代表携带他致中共中央的信，前往北平联系起义事宜。中共中央领导人周恩来、朱德接见了卢汉的代表，表示：（1）欢迎卢汉起义。（2）既往不咎。（3）选择适当时机，不能盲动。卢汉接到中共欢迎他起义的答复后，十分高兴，积极加紧准备。在滇的反动分子立即向国民党中央控告卢汉附和共产党。卢公开说：“我现在怕共产党八分，怕中央（国民党）只二分，听他们去告吧！”卢汉根据中共华南局和云南地下党的要求，与中共滇桂黔边区游击纵队取得了联系，还给边纵送去了一批武器弹药和1万套军服。卢汉还跟川康实力派刘文辉、邓锡侯、潘文华取得了联系，决定共同起义，一致行动。

1948年以后，蒋介石决定把西南作为反共反人民的最后一个基地。国民党的一些高级军、政官员也认为，过去八年抗战，重庆始终能成为大后方，除了地形险要，兵源粮源补充容易外，上下对这些地方情况熟悉，易于控制，国民党领导层都把最后一点希望寄托在西南这个角落里。蒋经国在当时的日记中写道：“云南问题实为国家存亡，革命成败之最后关键。”“卢汉问题为西南根据地之基本问题。”

1949年8月24日，蒋介石飞到重庆，加紧部署西南反共基地。从此日起，蒋分别召见四川省主席王陵基及国民党在西南的主要将领胡宗南、孙震、宋希濂。蒋反复强调：“四川必守”、“最后胜利之来临，必较对日抗战迅速。”蒋向宋、胡等指出：（1）在大陆上必须保有西南地区，将来才能与台湾及沿海岛屿相配合进行反攻。（2）如果在大陆上完全放弃了，则国民政府在国际上将完全丧失其地位。（3）西南地区形势险要，物资丰富，必须努力保持这一地区，成为复兴的根据地。（4）川、滇及西康实力派刘文辉等虽不可靠，但由于利害关系，反共态度是一致的。现在，只要他们不在后面捣乱，应设法团结他们，以安其心。蒋介石既不知己，又不知彼，一厢情愿地做着他美好的西南梦。

29日上午，蒋又召集川、滇、康、黔军政首脑举行军事会议，安排实施他的西南计划。

11月，人民解放军围困成都，蒋介石见四川保不住，欲退至云南作最后挣扎。蒋通过张群与卢汉磋商，将云南省政府和绥靖公署迁往保山，为卢所拒绝。但蒋仍把大批国民党中央机构迁往云南，先后迁入云南的有：陆军总司令部、国防部联勤总司令部、炮兵学校、国民党宪兵司令部、空军第五军区、国防部第二厅等。蒋又密令成立“云南游击司令部”，并调大批嫡系军队向滇省移动。

正当蒋介石抓紧部署西南反共基地的时候，卢汉的起义工作也在抓紧进行。在这个关键时刻，龙云突然在香港发表了“云南起义”的讲话。8月13日，龙云等44人发表了脱离国民党，归向人民的声明后，8月14日又兴高采烈地向记者宣布“云南起义”。香港各报立即以大字标题刊登了“龙云策动云南正式起义”的消息。龙云这样做的目的是担心卢汉为蒋笼络因而发表这个谈话，逼卢汉赶鸭子上架。殊不知给正在准备起义的卢汉带来了不少麻烦。卢汉忧心忡忡地对部属说：“老主席发表谈话倒不费力，可给我们穿夹脚鞋了！”

“云南起义”的消息在国民党内造成了很大的震动。代总统李宗仁和行政院长阎锡山在广州召开紧急会议，提出要武力改组云南省政府。李宗仁还下令桂系部队入滇镇慑。西南行政长官张群则主张政治解决。张认为：“如果从广西、贵州或四川向云南进兵，贵州最近亦需一星期以上始能到达，其余两路，路途均远，交通困难，反迫卢汉与共党及龙云在滇力量合流，共同抵抗。即使政府军能占领昆明，卢汉引兵西移，滇局仍难戡定。因此运用政治方法应付滇局，较为妥当。”蒋介石苦于再也抽不出相当的兵力来解决卢汉，只好采用软硬兼施、恩威并用的政策。一面进行政治解决，一面调残缺不全的八十九军和东拼西凑组成的第八军，由在淮海战役中整个兵团被歼，只身逃出包围的李弥任军长，一齐向昆明方向推逼卢汉就范。8月24日，蒋介石从台湾飞到重庆，急令卢汉到渝会商。为使卢汉赴会，蒋介石又遣侍从主任俞济时和蒋经国到昆明敦促。卢汉派省府委员杨文清和秘书长朱景暄代为谒蒋请示，蒋坚持卢必须亲自赴渝。卢汉几个彻夜苦思焦虑，香烟头堆满了烟灰缸。他召集部属密商，意见不一。卢汉如果不去重庆，很可能要打一场。硬打不是很有把握。如果马上宣布起义，人民解放军还远在湘、鄂，不能立刻得到支援。如果去重庆，很可能自投罗网。到9月3、4日，昆明形势十分紧张，“中央军”二十六军军部及所属部队已进入紧急状态，从9月3日起，官兵一律禁止外出，炮口正对着五华山卢汉的办公处，炮衣业已卸去，炮弹一箱箱地搬了出来，战事大有一触即发的可能。市民们开始抢购柴米蔬菜，怕一旦枪响买不到东西。

卢汉迫于形势，不得已决定于9月5日前往重庆。他表示：“舍身救乡，为了三迤父老兄弟，虽粉身碎骨，万死不辞。”行前，卢汉作了最坏的设想，“我这次去重庆，吉凶难卜，万一被扣，你们就打电要求，要求不准，就插起红旗，通电起义，不要管我。”“我走后，军事由龙泽汇负责，政务由安恩溥负责，凡重大事情，你们多多商量处理。”末了，还约定每天通电一次，电尾用卢汉名字，即是安全；若用永衡（卢汉字）则是被扣。卢走后，滇军对昆明市实行宵禁，官兵禁止外出，高级军政人员，集中五华山省府办公。

卢汉到重庆后，阎锡山主张扣留，岂料蒋介石隆重接待，劝卢汉不要辞职，并答应云南全权交卢汉处理。在经济上还拨给卢汉一笔款子，军事上同意卢汉将18个保安团扩编成两个军，番号为七十四、九十三并答应供给武器。当卢汉表示接受蒋介石的意见后，蒋立即交给卢汉一张要在云南捕人的黑名单及封闭参议会，撤消安恩溥职务等10个条件。临走，蒋又对卢汉说：“国家的命运如何，就只看四川、云南、贵州三省了。云南又是这三省的中心。希望你们回去之后，好好努力，我去广州的时候，再顺道来看你。”

9月8日卢汉安全回到昆明。卢汉的专机刚降落，紧接着降落了另一架专机。特务头子毛人凤、徐远举带着大批特务也到达昆明。特务们要在云南大捕、大杀，进行所谓“整肃”。卢汉为了保存实力、与蒋周旋、打破蒋介石以西南为最后基地的阴谋，被迫参与了“整肃”。卢汉心情沉重地对龙泽汇说：“毛人凤不日来昆明，马上就要进行整肃内部，实行大逮捕了。民主人士抓到没啥，抓到真正的共产党就难办了。那几个可能是共产党的如杨青田、唐用九、马曜等，我们要设法通知他们躲一下。”卢汉还面嘱昆明市长兼警察局长曾怀恕，对所有被捕人员要“优待照顾”。在大逮捕开始前，卢汉下令逮捕了二十多名平日反对他的省参议员。先来个打草惊蛇，有意放走一批重要成员。在未搜捕云南大学等高等院校时，先通知校方作好准备。在开始逮捕前，卢汉又将非常熟悉云南情况的军统大特务邱开基扣押起来。(www.daowen.com)

9月19日，国民党特务开始在云南实行大逮捕，先后捕了四百多人。国民党称这次大逮捕为“九九整肃”。

国民党特务妄图借刀杀人，把卢汉推到人民的对立面，堵塞卢汉起义的道路，竟然要判处二百多人死刑。9月25日前后，毛人凤第一次正式把一份判处一百多人死刑的名册亲白拿去请卢汉批核；卢汉以慎重为名，不予执行；后来减为八十多人，卢汉仍不同意；最后减为四十多人，卢汉以公开枪决，总得有充足理由，不可草率从事为由，还是不同意。一直拖到10月上旬，毛人凤因为台湾方面多次急电催他回去，实在不能在昆明等下去，一个也未杀成，只好气急败坏地走了。

11月，李宗仁出国路过昆明，卢汉利用李、蒋之间的矛盾，向李宗仁报告说：“九九整肃在押人员中，有的是社会贤达，有的是一般职工和青年学生，无辜被捕。请予从宽处理，才好安定人心。”卢还暗中请社会名流向李上书。经李批示：“交卢主任从宽处理”后，即全部释放。蒋介石和国民党特务借刀杀人的阴谋完全破产了。

“九九整肃”后，蒋介石为了坚定卢汉的信念决定返台时顺访昆明。为确保安全，蒋经国先一日到昆，预作布置。蒋经国欺骗卢汉：“总裁有事，恐怕不来了。”9月22日蒋的专机到达昆明上空，蒋经国才驱车要卢汉到机场接蒋。蒋经国告诉卢汉这个消息后，就与他寸步不离。卢汉想打电话派部队保护机场安全，蒋经国说，用不着了，最安全的方法，就是除你、我之外，再没人知道这个消息。足见蒋氏父子已成惊弓之鸟，惊恐万状。11时30分，蒋介石的专机降落，蒋介石站在机舱门口向东、西两侧张望，当他看到按事先规定“左手拿报纸”的大批便衣特务已经布置在机场周围时，才走下飞机。“一到机场，即与卢汉同到卢家午餐，这是卢汉事先所预料不到的。”蒋介石在卢宅停留4个小时，会见了云南的军政负责人后，直飞广州。龙云给卢汉打来电报，要卢扣蒋。但卢没有机会下手。蒋经国在日记中说，蒋介石此次昆明之行“固无异于深入虎穴也”。蒋经国在昆明时，同向军统特务布置了暗杀卢汉的任务。

1949年11月间，人民解放军先后解放了桂林、贵阳、重庆等中心城市，国民党土崩瓦解。但蒋介石仍要把云南作为最后挣扎的基地。蒋介石一方面加强对卢汉等云南实力派的监视，甚至在卢汉公馆对面架设望远镜，派特务整日监视卢汉的一举一动，另一方面，蒋军向昆明急进。11月末，李弥第八军第三师接近昆明。李弥赴昆明请求卢汉同意该师接管巫家坝机场，被卢汉坚决拒绝。

卢汉也将自己控制的九十三军集结昆明，控制城内外战略要点，令七十四军由滇西向楚雄、禄丰等要地推进，与昆明呼应。12月1日，卢汉下令昆明警备司令部负责治安。次日，该司令部在昆明市区实行戒严，晚10时至次日晨6时断绝市内外交通，禁止行人往来，并设立检查站，实行航空站旅客审查，借以了解、控制进入云南的国民党军政及特务人员的行踪。

12月3日，卢汉派财政厅长林毓堂和周体仁两人到香港、广州与中共华南分局联系。12月7日，张群奉蒋介石之命飞昆明与卢汉面商，要把国民党的国防部等重要军事机构迁来昆明，胡宗南的残部也同时向昆明移动。卢汉以抗日时期，人民负担过重，元气未复，民心浮动及供应和驻地困难等理由，表示拒绝。12月8日，张群飞成都向蒋介石复命。12月9日，当卢汉确知国民党军主力已被我解放军围困在成都地区，即将被歼、无力南顾时，经与云南地下党取得联系后，便当机立断，决定当天在昆明起义。下午，张群等原班人马又回到，便被卢汉软禁；卢又设计将“中央军”二十六军军长余程万、第八军军长李弥、军统云南站站长沈醉等人全部扣押。

晚10时，卢汉下达命令：“现在我宣布，云南起义了！各单位按照原订计划开始行动！”接着向全国发出了起义通电。通电谴责国民党蒋介石集团“背叛革命，排斥异己，为巩固其一党独裁统治，不惜穷兵黩武，残民以逞，破坏政协，挑起内战，以美帝为后台，阴谋消灭澎湃发展的人民革命势力”。第二天，中共中央毛泽东主席、朱德总司令发来贺电：“通电敬悉，极为欣慰。昆明起义，有助于西南解放事业之迅速推进，为全国人民所欢迎”。

云南起义后，经过英勇的昆明保卫战；起义部队和解放军一起，歼灭了蒋军第八、二十六军，最后消灭了国民党反动派在云南的军事力量。1950年2月20日，陈赓、宋任穷率第二野战军第四兵团进入昆明。蒋介石在云南建立最后基地的梦想彻底破灭了。

以龙云、卢汉为首的云南实力派经历了“拥蒋反共”、“防蒋联共抗日”到“反蒋起义”的曲折过程，终于走上了正确道路，这种历史轨迹为大多数地方实力派所共有，也是中国现代史的一个特点。地方实力派与蒋介石中央政权的合分与蒋家王朝的兴衰紧相关联。