孵化机构具体是指受基金会或分基金会委托的负责企业日常管理和服务的机构，主要为大学科技园或者类似机构。孵化机构作为上海市大学生创业政府引导制度的又一重要主体，它在大学生创业服务中处于具体的指导和管理地位，通过选择具有成功潜质的企业入驻孵化园区，为入驻企业提供设施，并对企业加以指导，通过搭建各类公共服务平台，扶持创业企业发展壮大。因其能够接触到大学生创业的方方面面，了解到大学生创业的种种现实需求，这一天然的便利条件，使其能够为大学生创业者提供切实的帮扶服务。同时也由于它能深入到创业者和创业企业内部，可以同时协助基金会进行必要的管理工作，避免少数名为创业，实为借创业之名而窃取公益资金的行为，更好地促进公益基金的合理使用，帮助大学生创业者成功创业的同时更好地发挥公益基金的价值。

在最初的2005年的管理办法中，没有明确出现孵化机构的名称，但是孵化机构客观存在。2013年颁行的《上海市大学生科技创业基金股权资助实施细则（试行）》中明确了孵化机构的存在，突出了孵化机构在股权资助方式下的权利与义务。

孵化机构的主要权利有以下两项：其一是受托持股权，孵化结构受基金会委托向创业企业出资并持有的创业企业股权；其二是受托管理权，孵化机构可以向创业企业委派董事，并按规定管理创业项目。(www.daowen.com)

孵化机构主要负担以下义务：其一是孵化服务提供义务，根据基金会相关规定并结合实际情况，向创业企业提供各类孵化服务；其二是报告义务，孵化机构需要及时掌握创业企业的财务状况及其他重大事项，并按规定向基金会及时报告；其三是督促义务，需要督促创业企业及时上报信息；其四是配合义务，配合分基金会实施股权资助及退出工作。