《1799年所得税法》和“帕姆塞尔案”的判决使慈善组织获得了免税的资格，英国的国内税务署作为保障英国国家税收的部门，理应可以对获得减免税收资格的慈善组织进行问责。

慈善组织在登记之后，需要向英国税务及海关总署（HMRC）申请承认。要得到税收优惠，必须满足HMRC设定的一些条件。例如，慈善组织必须符合“管理条件”，参与慈善组织财务的人员必须是“合适和恰当的人”。

针对慈善组织的税收优惠：慈善组织免缴大部分直接税种。在所得税（公司税）方面，慈善组织来自于补贴、捐赠以及类似收入都不需要缴税。只要被用于慈善目标，“首要目标商业活动”获取的收入是免税的（但不一定免征增值税），投资收入和资本收益免税。慈善组织的投资收益（包括租金）也是免税的。来自企业或个人的捐款都可以免税，这也包括国外的捐赠。会员的认捐如果在本质上是捐赠，也是免税的。如果捐赠使捐赠者获取经济利益，这种行为将被视为是商业活动，也应该缴税。在增值税减免方面，四类情况可以免征增值税：对慈善组织购买的某些商品和服务；某些特殊慈善组织购买的特殊商品；某些服务如福利服务；某些特殊慈善组织销售的某些特殊商品。如果慈善组织在一年中提供物品和服务的价值超过7.7万英镑，要按照标准增值税税率的20%缴纳，有些服务按照标准增值税税率的5%缴纳。捐赠（包括国外捐赠）不需要缴纳增值税。(www.daowen.com)

既然税收和慈善组织关系如此紧密，税务署有必要对慈善组织展开问责。《1986年财政法》规定国内税务署如果发现某个慈善组织从事非公益活动或将信托财产的投资收益用于私益目的时可以将案件提交法院。税务署还有权力查阅慈善委员会的登记记录。2005年税务署、海关与消费税署合并，成立了最高税务和关税署，由这个新成立的机构继续履行传统上由国内税务署履行的监管职能。另外，英国费用评级机构有权决定慈善组织对税收的豁免资格；公司登记署负责对公司性质的慈善信托受托人进行登记。