近世以前，日本文化中心在关西，京都是各种学问思想交流碰撞的活跃地带。在京都数年求学，本居师从名医兼朱子学家堀景山。景山出身名门，原是广岛藩医，曾祖父堀杏庵是与林罗山齐名的藤原惺窝门下四大高徒之一。景山年轻时在京都游学，与朱子学古文辞派泰斗荻生徂徕私交密切，同时对日本古代经典造诣颇深，曾资助国学先驱契冲出版过专著。在景山门下，本居学医之外，攻读《六经》《左传》《史记》等中国经典，钻研艰深的古文辞学，掌握了通过训诂考据等语言学功夫研究古典的治学方法，为登上日本国学研究的顶点奠定扎实基础。

今天在中国炙手可热的所谓“国学”一词，实则源自十七八世纪的日本，本意是指研究日本固有文化或思想的学问，相对于汉唐以来在日本居于主流地位的儒学，所以后世又称为“日本学”或“皇朝学”。在本居宣长之前，国学研究尚未成大气候，江户时代前期，经过契冲、荷田春满、贺茂真渊等学者的努力已初具基础。在京都学习期间，本居得以接触契冲等人的古典研究著作，呼吸到这一股新兴学问的空气，启蒙意义不啻醍醐灌顶。

1758年，28岁的本居回故乡开业行医，主治内科和小儿科，人们亲切称他“舜庵先生”或“铃屋大人”。“铃屋”是本居家号，也是他半行医半治学的场所，他白天在这里为患者看病或出诊，晚上在铃屋读书写作，这是他为自己确立的安身立命之所。故居“铃屋”里的书房里展示着主人生前研读过的部分藏书，现存的藏书有十二箱几百册，尽是和汉经典，比如日本典籍有《月湖抄本源氏物语》《古今类句》《万叶集类句》《万叶集类解》《宇津保物语》《荣华物语》《枕草子》等上百卷。汉籍名著仅见于本居亲笔写的《藏书目》计有：《左传》《史记》《康熙字典》《唐诗选》《白氏长庆集》《明七子》等，上百种之多，可见在汉学方面研究涉猎之广。这些书都是本居后人捐献的原物，300多年前的藏书能保存如此整洁完好，令人叹服。据说本居爱书如命，不轻易外借，即便借出没几天就催着还，但有好书总要推荐给别人读。到后来行医之外他同时尝试在家办学，讲解《源氏物语》《伊势物语》等日本古典著作。刚开始只有九人，生源都是左邻右舍童稚耆老之类的闲杂人等，不无捧场的成分。慢慢地声名在外，竟然也有来自名古屋、京都的弟子，后来连纪州藩（今和歌山县）藩主徳川治宝、石见浜田藩（今日本岛根县）藩主松平康定、京都朝廷的公卿贵族都纷纷慕名邀请他开讲，国学家声名鹊起，门生近500名，遍布列岛40多个藩国，到本居50来岁时，他执掌的国学派和荻生徂徕的萱园学派成为江户学术的两座高峰，这是后话。

1762年，发生了一件对本居治学生涯来说意义非凡的事。这年五月中旬，无意中得知江户硕学贺茂真渊来伊势神宫游览，本居如获至宝，一路追寻打听，终于在松阪城下的旅馆“三上屋”寻访到老学者，两人在旅馆昏黄的灯下彻夜长谈，不知东方之既白。本居师事真渊，终其一生面见只有一次，被后世誉为“一夜师生”，但这一夜长谈对本居影响深远，此后师徒间的交流都以通信方式进行。真渊长期从事日本古典研究，走的是荻生徂徕古文辞派治学的路子，即运用精湛的语言学功力诠释、考辨、挖掘古代经典还以原貌，取得一系列成果，尤其在《万叶集》《古事纪》《伊势物语》研究上卓有建树。受其指导点拨，本居在日本古典研究上不断获得突破。本居最大成就是《古事纪》的研究，积30多年之功力，完成专著《古事纪传》皇皇44卷（连同附录目录索引共48卷），在古代经典的研究上一骑绝尘。本居的古典研究涉猎很广，除了《古事纪》研究，还留下了《源氏物语玉小栉》《石头私淑言》《玉胜间》等丰富的著述，是个专而博的大学者。

在研究日本古典的过程中，本居确立为艺术而艺术的文学观。其中影响最大的是发现了潜藏在古代文本里“物哀”的美学。所谓“物哀”，在日本典籍中并无相应汉字，在万叶假名里作“安波礼”（aware），对应平假名“あはれ”，意义相当于汉字的“哀”。据角川书店《古语辞典》的释义，“所谓‘あはれ’，就是无论喜也罢悲也罢，在受到深切的情感刺激时所发出的声音，相当于语气助词‘啊’”。这个感叹词古今沿用，比如佐藤春夫的抒情诗《秋刀鱼之歌》里劈头就用あはれ起兴抒怀，被誉为古典活用的范例：

あはれ、秋かぜよ╲情あらば、伝へてよ＼男ありて、今日の夕餉に＼ひとりさんまを食ひて思ひにふける

（啊，秋风哟＼你若有情，代为传达＼有个男人，晚餐孤零零一人吃着秋刀鱼＼沉溺在无尽情思之中）(www.daowen.com)

1758年，本居在《安波礼辩》，首提“物哀”这一美学概念，用来描述日本古代文学经典的某种特质。他将这一发现覆盖到《源氏物语》、歌道等研究领域。所谓“物哀”概念，他做如是阐释：所谓物，就是指谈论某事物、讲述事物、观看某事物、欣赏某事物、忌讳某事物等，所涉及的范围对象很广泛。人无论对何事，遇到应该感动的事物而感动，并能理解感动之心，就是“知物哀”，而遇到应该感动的事情却麻木不仁，那就是“不知物哀”，是无心无肺之人。他引用《源氏物语》中的“移情”手法来加以说明：

《桐壶卷》有云：“虫声唧唧催人泪下；听着风声虫声更令人愁肠百转。”

《柏木卷》有云：“看到你，像庭院中的小树那样一无所知的样子，我更加哀伤”这都是面向不同时节的景物而引起的物哀，而随着人当时心情的不同，对同一事物的感受也不同。

本居领悟到日本古代文学作品中所体现出的“物哀”，或许相当于我国古代诗论中的“感物说”，但本居认为“物哀”才是日本所独有，是与生俱来的“真情”，与凡事都要以善恶观念为标尺的中国文学迥然有别。

本居宣长发现的这一理论，对日本文艺美学影响深远。川端康成说：“平安时代文学的风雅和物哀，是日本美的源流。”日本人这一审美意识，在文艺上涵盖古今的文学、美术、音乐、曲艺，乃至现代艺术领域中的电影和动漫。“物哀”已成深渗民族精神层面的潜意识了。