从对日本历史文化影响的角度看，林罗山的功绩突出表现在学术文化和教育领域，兴办文教，弘扬以朱子学为中心的中国学术文化。林罗山的特殊地位及在学界、教育界的巨大影响力客观上也为朱子学在日本的发展起了重大作用，从这个意义上看，林罗山在日本近世学术史上有着无法撼动的地位。

林罗山不但是幕府时代初期最杰出的哲学家，也是日本近世史学泰斗，他对日本史学的最大贡献是编撰了日本通史《本朝通鉴》，这是林罗山奉幕府之命编撰的官修日本通史。着手撰写这部著作时，林罗山已是62岁高龄的老人。他将这事当作一大学术使命，执笔不辍，6年后，完成从远古神话开国创世纪传说到宇多天皇，共计59代王朝的历史，洋洋40卷。因为宇多天皇之后很多史料阙如，林罗山就此暂行搁笔，欲待资料进一步充实再接着写。完成的40卷题名《本朝编年录》进献给幕府将军。

明历三年（1657），一场席卷江户城的大火灾将林罗山的府邸和上万卷藏书烧为灰烬，完成不久的《本朝编年录》也不能幸免。这位以读书为生、以著述为命的硕学遭此打击一病不起，不久去世，享年75岁。长期协助林罗山文字工作的嗣子林鹅峰继承父业，在收拾父亲遗稿残篇的基础上重新出发，依林罗山写作风格，于宽文十年（1670）完篇，叙述从远古神话传说时代到幕府设立之初的编年体日本历史，全书310册，计11971页，可谓皇皇巨著，这就是后来由幕府赐名的大型官修通史——《本朝通鉴》。(www.daowen.com)

林罗山是那种百科全书式的大学者，绝顶聪明，又肯下最笨的苦功夫，学术生涯长达一个甲子，又有幕府提供最优越的治学生活待遇，纵观整个日本文化史，能与之匹敌的可谓绝无仅有，因此他能创造别人难以企及的文化奇迹。辞世后，幕府组织最强大的编辑阵容搜寻他的遗作编辑出版，计有著作147部，另有文集75卷，汉诗集75卷。内容可谓包罗万象，除了上述文、史、哲领域的研究成就之外，他对本民族的传统文化也有很深研究并取得一系列成果，著有《神道传授》《本朝神社考》等宗教学论著；他还对中国本草药学倾注心血，著有《多识篇》等汉医理论；在兵学方面，造诣很深，在正式出仕幕府时，就受命为当时第二代将军德川秀忠讲兵法，日本江户时代武士道鼻祖山鹿素行就是他的直系弟子，在兵学上也有著述传世，所著《孙子谚解》《三略谚解》《六韬谚解》在江户时代是武士的必读书目。他也是江户时代初期顶尖的汉诗文作家，尤其在汉诗方面自成一家。京都大学著名汉学家仓石武四郎称他是“江户幕府时代日本学术的启蒙期学者”。

与其师藤原惺窝相比，林罗山的儒学虽然也来自禅宗寺院，但因为他早早离开建仁寺回家自学，所以受到佛教的影响较为淡薄。师从藤原惺窝后，他继承了老师开创的儒佛分离的工作，在激烈批判佛教的同时，全面发展以朱子学为中心的儒学，将原本属于佛教附属的朱子学改造成符合新政权下幕藩体制要求的政治哲学。从此朱子学成了占据幕府意识形态统治地位的官学和显学，成为德川幕府实现统治的理论基础，并贯穿整个江户时代的始终。