现行企业环境信用评价的指标体系基于污染防治、生态保护、环境管理、社会监督四个方面。其中污染防治有4类指标，权重为29%；生态保护有3类指标，权重为5%；环境管理有类10指标，权重为55%；社会监督有4类指标，权重为12%。具体指标内容不再详述，参见环境保护部的相关法律文件。各个实行企业环保信用评价的省份和城市的环保信用评价指标基本参照了环保部的指标体系，有的稍有变化。通过分析，把现有指标体系的问题归纳如下：

第一，指标体系的设置尚无规则的逻辑性。有的是基于被评价企业方的评价指标，有的是基于管理机关或评价机关的评价指标，有的则是基于社会第三方的评价指标。

第二，评价指标过于浅层次或不科学。从全国评价的结果看，被评为优良以上的企业比重很大，而被评为不合格或差的企业比重较低，这与我国严重的环境污染及破坏的整体现状是不相符合的。同时也说明了评价指标设置的科学性问题。

第三，评价指标定性与定量结合不足。现有的评价指标更多地关注对企业环境不良行为的定性评价，而借助其他辅助工具，如运用数学模型进行定量评价则较少运用。(www.daowen.com)

第四，评价指标间存在关联交叉问题。很多指标都是相互影响、相互联系的，如何处理好指标的选择和指标的权重都关乎评价的合理性和科学性。

因此，如何完善现行的评价指标体系，是关乎评价公正性和评价结果运用的关键问题。也有学者认为不同行业的环境评价有不同的侧重点，如何更好地设定各种指标，解决各行业指标设计共性与个性的矛盾是评价指标设定中的难题。而各地区对于不同行业指标设计的不同，还会导致区域间企业对比困难，无法形成统一的评价标准，甚至阻碍整个环保信用评价体系的整体运行。有的学者也提出应当践行 “源头严防、过程严管、后果严惩” 的基本要求，从三个环节推进环保信用评价：一是从源头环节，对企业环评、“三同时” 验收、申请排污许可等工作予以评价；二是对企业在生产过程中践行环境管理各项要求、达标排放、降低环境污染事故概率等环境守法行为进行评价；三是对企业发生污染事故后，能否及时处理处置、避免损失扩大等行为进行评价。这些评价的内容有些是法律法规要求的，有些是企业为减少经济损失而主动推进的，但是所有行为及其绩效都应纳入评价范围，以期对企业环境行为作出全面评价。