环境治理的结构需要从治理战略梳理出治理的总体框架或脉络，需要与战略形成对应性的结构布置。同时，治理结构是治理制度的上位概念，是条理杂乱无章系列制度的脉络，并可从治理结构中抽取治理的主体要素。

长期以来，我国环境治理问题上沿循的是近乎单一的政府管制，之所以说是近乎单一的政府管制，是缘于虽然政府在环境治理过程中已经有所觉醒，知晓社会力量发展作用的强大动力，但由于诸多原因，仍然没能改善政府占绝对支配地位的现状。单中心治理的低效率及失灵已经成为立法者及学界的共识，改变单中心的垂直化治理 （行政管理） 结构走向多中心共治的扁平化 （包含行政主体在内的多元主体参与） 结构势在必行。并且，我国包含诸多省份与城市，不同省份与不同省份的城市之间长期以来形成的行政区域，阻隔了区域之间在环境治理问题上的联合协调，更为关键的是，环境的空间性、地域性特点使得行政区划与环境影响和保护的范围不一致，有鉴于此，环境治理的结构除了应当以治理主体为主线的治理结构 （即组织结构） 布局外，还应考虑以自然资源生态系统，比如，水文单元的流域作为空间单元进行分区治理 （空间结构），从而解禁现实我国目前环境治理中以省域为界限各自为政的桎梏，有效统筹流域内环境资源能源的整体管理，促进各区域协调联动。

就治理的组织结构而言，政府、市场与民众是掌控环境治理的三驾马车，同时也构成了我国环境治理的总体组织结构元素。一方面，需要协调并理顺政府、市场与民众三方的良性互动关系，形塑比例协调的治理结构，避免政府权力配置失当、市场激励与民众参与制度不足的局面形成；同时注重各单元制度的建构或外围环境的培育，比如在完善市场类法律制度的同时，必须同时培育我国的市场经济氛围及厚重的市场经济土壤，在完善民众参与法律制度的同时，必须培育民众崇尚法律、敬畏自然的精神情愫，唯有如此，才能让三驾马车合力发挥环境治理的结构性功能。(www.daowen.com)

就治理的空间结构而言，应当在组织结构形成的基础上，考虑以生态系统为单元进行整体治理，生态系统的确定可以以相对完整、边界清楚的区域为标准，也可以以流域、地下水等自然水文单元为标准。比如，矿区的环境要素比较复杂，涉及矿产资源、土地、地下水和地表水、林木等资源，但该区域的所有环境要素却构成了相对稳定和确定的生态系统，因此，从政府管理的角度，可以构建矿区的统一监管机构，以便打破矿产部门、水利部门、水务部门、国土部门和环保部门之间的行政僵局。再比如，流域的水资源从源头到入海也构成了一个相对完整的生态系统，通过借助市场手段，如排污权交易的时候，就需要从流域整体的环境容量出发，评估计算整个流域可交易的环境容量，为科学进行排污权交易奠定基础。实质上，目前很多大气污染严重的区域形成的联合防治制度也是建立在生态系统整体考量基础之上形成的。^[33]