执法主体层级分工不科学。上述多层级的行政执法机构的权力配置，就现实的执法情况而言，地市级以上的机构本应履行的职能是宏观上的整体指导和政策引导以及必要的各种技术或执法联动力量支持，真正面向具体市场主体的执法行为主要存在于县区级乃至乡镇级，即必须依靠低层级的执法力量。与较高层级的政府相比，县级以下的基层政府环境执法部门具有天然的某些优势，即相对稳定的治理环境，就一个较小区域范围内的环境治理空间而言，其经济发展水平、人类活动方式和自然环境变化一般相差不大，同时，从心理认同角度来看，作为区域内公众利益最直接的保护者，公众更愿意听从和接受本地直接领导机构的决定和安排。

但是，在现有的职权配置中，大量的审批权乃至处罚权却牢牢控制在省级以上的机构手中，这种层级的设置使得不了解情况的人员无法很好地把关，执法变成了报告中的执法、文字执法，而事实上了解情况和实际进行着执法调查情况的下级工作人员，由于缺少决定权和执法的责任控制而相应失去执法的积极主动性，变成被动完成配合任务。最终，相当一部分执法失去了科学性、及时性和现实性，执法落实的可能性也大大降低、流于形式，更增加了腐败和各类交易的机会。

执法机构设置和人员配置不完善。我国现行环境管理机构体系包括国家、省、市、县、乡五级组成。国家环境保护部包括办公厅 （宣传教育司）、规划与财务司、政策法规司、行政体制与人事司、科技标准司、污染控制司、自然生态保护司、核安全与辐射环境管理司、环境影响评价管理司、环境监察局、国际合作司等众多职能机构，并拥有相应的高素质人才和可依靠的专家队伍。各省、市、自治区环境保护厅以及地、市级环境保护行政主管部门在职能机构的设置上基本能与国家级的相关机构对应配备，但工作人员的数量和专业能力水平却大大降低，同时对地市一级而言，部分高科技和新型环保职能机构开始出现无力支撑的问题，典型的如核安全与辐射环境治理，许多地区事实上没有建成良好运行的机构和队伍。而县级环境保护行政主管部门存在的问题就更多了，由于公务员编制人员数量极其有限，分工很细、专业要求高的职能机构多数存在不同的问题。最基层、事实上本应承担着最重任务的专门的乡、镇级环保机构基本缺位，普遍存在的现象是由1～2名工作人员身兼数职 （环保、安全、卫生等多职能集于一身），与县区级行政主管部门进行工作对应，工作内容也主要在于开会通知传达，其执法工作基本无力进行，必须依靠县区的支持。

环境执法队伍人员有限、素质不高、总体执法能力不足，环境执法人员的素质与环境治理外部条件存在较大差距，缺乏一定数量的既懂法律又懂科学技术、同时又拥有较高思想素养的环境执法人员，从而，环境行政执法的正常功能无法实现。工作人员少，执法工作任务繁重，专业能力差，执法工作水平欠缺，成为制约基层环保部门正常行使环境行政执法能力的两大主体方面的基本因素。多数执法人员一方面没有接受过专门的法律教育，对法律规范的理解和运用存在重大缺陷；另一方面更缺乏关于环境污染和治理的技术性或相关专业经验。因此，环境执法过程中，时常出现证据认定和收集合法性、科学性不够，调查处理程序不规范，违法事实与处罚依据不能很好匹配和对应的结果，极易导致被处罚对象和社会公众对执法效果的不服和较差评价。(www.daowen.com)

此外，环境保护类级科目在我国政府预算收支科目中仍然没有获得一定的位置，环保执法投入缺乏强有力的财政支持，在一定意义上不能与经济社会发展水平相适应。同时，受到现阶段政绩观、地方人事、财政实际运行状况等具体因素的限制，有限的地方环境执法经费更存在无法到位的情况。最终，许多基层环保机构的执法职能建设和执法经费支持远远达不到基本的现实需求。

部分基层环境执法主体不适格，缺乏法律依据保障。随着法治社会建设的推进，市场主体法治意识渐趋升高，对执法不当的法律对抗机制日益普遍。但环境执法主体在这一方面也依然处于落后的状况，现有的机构和人员设置法律行政地位缺乏依据、力量配备比例失调、实际执法主体不适格现象广泛存在，致使许多执法行为的力量大打折扣，环境执法部门的权威性遭到损害。就我国当前区县级乃至市级的执法大队人员而言，多数仍属于事业编制人员，即没有公务员编制的行政执法资格，而我国法律又明确要求执法人员必须拥有相应的执法资格。于是，许多执法工作人员在执法过程中，一方面遭遇现实的被处罚对象的合法对抗，另一方面自身又惮于未来职业风险的不确定性，执法的严格性必然下降，环境执法陷入两难境地。

环保执法主体多元化，职责混乱，执法联动机制运转失灵。我国当前环境污染问题主要存在大气污染、水污染、土污染等典型现象，尽管相关法律都规定应当进行管制和处罚，但对治理或执法主体的权力授予不明确，责任模糊，实际当中造成执法部门执法困难，或争相执法、或互相推诿等现象，并且执法效果无法评价。以城市大气污染治理为例，汽车尾气排放实际上已经成为重要的大气污染原因，但是环境保护部门一方面无人力无财力去面对如此庞大的执法对象，另一方面更重要的是必须依靠公安交警部门对车辆管理的配合，但交警部门同样也缺乏完整的执法权，因为对车辆生产本身不合格和部分特殊问题交警部门同样无法执法。而大气污染中的建筑粉尘治理，似乎应是环保部门负责，但事实上较多的权力交给了住建部门，而住建部门的目标在于搞好城市建设，与环保部门并不一致。其他诸如水污染治理中，水利河务部门和环保部门权责混乱；市场准入许可中，产业规划、政府发展计划部门同样与环保部门纠缠不清。最终，所谓的环保执法联动机制，若无党政领导班子的统一领导和协调，事实上效果较差，反而成为随机性的权力副产品。