实践中，共同犯罪案件部分被告人认罪认罚为其他不认罪同案犯的辩护带来了困难。在一些共同犯罪案件中，检察机关于审前与部分被告人达成认罪认罚协议，使其当庭认罪，使得其他试图对全案进行无罪辩护的辩护人难以开展辩护工作，分化了辩护阵营，法院在某种程度上简化了对认罪认罚被告人的相关事实的审查，从而影响到对全案的判断。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》中法院应当采纳检察机关量刑建议的规定，以及《认罪认罚从宽指导意见》中注重“量刑平衡”“防止因量刑失当严重偏离一般的司法认知”的要求，法院很难作出全案不构成犯罪的判断和处理。此外，以广州市为例，部分检察院推行认罪认罚案件分流制度，视认罪与不认罪的区别，将同一案件下的同案犯分案起诉，认罪案件进入速裁程序后形成的既判力将影响到其他不认罪案件的结果。^[49]

笔者认为，认罪认罚从宽制度作为合作式诉讼制度，在造福达成诉讼合意的控辩双方的同时，还应当注意不减损不认罪的共同犯罪被告人的诉讼权利，以实现程序正义，不使该制度异化为检察机关规避法定诉讼义务、加剧控辩不平衡的工具。因此，我们认同实务界以“人”为对象而非以“案”为对象的做法：对于共同犯罪案件的认罪认罚，应当对“人”区别量刑，法院全面审查案件，保障案件中认罪与不认罪的当事人均能得到应有的对待，而不应当人为将“案”切割分流，先行起诉速裁，部分同案犯的认罪认罚不能影响和剥夺其他同案犯的诉讼权利。(www.daowen.com)

认罪认罚从宽制度作为一种借鉴辩诉交易、具有超前性的制度，是一种寻求具有更高的司法效率、更现代化的合意诉讼的可贵尝试，但其仍然需要打磨棱角，细化规则，以适应我国职权主义模式下的刑事诉讼制度，并在其中找到其独有的位置，不走样，不变形，让控辩双方平等地享有该制度的红利。