钱谦益藏书题跋与赏鉴家和掠贩家题跋不同，重在阐发其学术思想。如《题顾与治偶存稿》云：

诗之为物，陶冶性情，标举兴会，锵然如朱弦玉磬，凄然如焦桐孤竹，惟其所触，而诗出焉。今之为诗者，以剽贼排比为能事，如贫儿之数宝，如买菜之求益，是岂复有诗也哉！与治寄托高深，风义绵邈，襥被絮酒，吊亡友于陈根绝哭之后，胸中声气，伊郁蜿蜒，泄为声诗，刘梦得所谓孤桐朗玉，自有天律，吾于与治见之。王辅嗣论《易》曰：“召云者龙，命律者吕。隆墀永叹，远壑必盈。”吾取以为论诗之法，且以论与治之诗。^[47]

钱谦益明确地把情感作为文学的本质特征，“有诗无诗”的分水岭是诗是否有真性情，只有反映身世，吐露志向，宣泄情感的诗才叫“有诗”。在《书瞿有仲诗卷》中，钱谦益再次表明：“余常谓论诗者，不当趣论其诗之妍媸巧拙，而先论其有诗无诗。所谓有诗者，惟其志意偪塞，才力愤盈，如风之怒于土囊，如水之壅于息壤，傍魄结轖，不能自喻，然后作而为诗。凡天地之内，恢诡谲怪，身世之间，交互纬繣，千容万状，皆用以资为诗，夫然后谓之有诗，夫然后可以叶其宫商，辨其声病，而指陈其高下得失。如其不然，其中枵然无所以而极其捋撦采撷之力，以自命为诗。剪采不可以为花也，刻楮不可以为叶也。其或矫厉气矜，寄托感愤，不疾而呻，不哀而悲，皆象物也，皆余气也，则终谓之无诗而已矣。”^[48]钱谦益世运、灵心、性情、学问一体的诗学理论为清代诗学确立了更加宽阔的视野。

钱氏史学贡献最大，治史者莫能废之。（王世贞、沈德符、钱牧斋、全祖望）“四人于史学各有千秋，而以牧斋用力最勤，心境最苦，成就最大”^[49]。牧斋一生以国史自任，“网罗编摩，罔敢失坠”。但修史并非易事，“修史之难，莫先乎征举典故，网罗放失”，钱谦益《跋东都事略》云：

《宋史》既成，卷帙繁重。百年以来，有志删修者三家，昆山归熙甫、临川汤若士、祥符王损仲也。......天启中，损仲起废籍，为寺丞，过余村舍，移日分夜，必商《宋史》。是时李九如少卿藏《宋宰辅编年录》及王秘阁称《东都事略》三百卷，损仲怂恿予传写，并约购求李焘《续通鉴长编》，以蒇此役。余于内阁钞李焘《长编》只卷初五大本，余不可得。余既退废，不敢轻言载笔。损仲遂援据《事略》诸编，信笔成书。今闻损仲草稿与临川《宋史》旧本，并在苕上潘昭度家。而予老倦研削，亦遂无意于访求矣。今年初夏，见述古堂《东都事略》宋刻，即李九如家钞本之祖也。为之抚卷忾叹久之。

当余与损仲商榷史事，横襟相推，唯九如在旁知状。损仲扬眉抵掌，时扪腹自笑，挥斥柯维麒《新编》，陈俗腐谰，徒乱人意。今吴中谀闻小生，耳食《长编》，偶见书肆撮略残本，及一二零断小说，便放笔删定《宋史》，此不足承损仲余气。而馆阁大老，拱手荐撙为宝书。^[50]

欲修史，必先“庀其史事”，即详尽地搜集史料，一作事略，二作长编。钱氏作《皇明开国功臣事略》、《国初群雄事略》即是这一理论的具体实践。钱谦益史学思想强调史料的真实性与客观性，即“先证据后发明”。基于此，他对一些史实进行广泛的考证，如《跋朱长文琴史》云：

朱长文《琴史》载董庭兰事云：薛易简称庭兰不事王侯，散发林壑者六十载。貌古心远，意闲体和，抚弦韵声，可以感鬼神。天宝中，给事中房琯，好古君子也。庭兰闻义而来，不远千里。琯为给事中，庭兰已出门下，后为相，岂能遽弃。(www.daowen.com)

唐史谓其为房琯所昵，数通赇谢。杜子美论救管，亦云：“庭兰游管门下有日，贫病之老，依倚为非。管之爱惜人情，一至于玷污。”针对上述之说，钱谦益考证：

易简在天宝中以琴待诏翰林，与管同时，其言必信。由易简之言观之，则庭兰固高人也。赇谢之事，出于谮管者之口。唐史固出于流传，而子美亦未为笃论也。以次律之贤，抱诬简牍，而庭兰一老，亦悠悠千载。伯原诗史，一旦洗而出之，可谓大快。次律贬广汉，庭兰诣之，次律无愠色。唐人诗云：“惟有开元房太尉，始终留得董庭兰。”庭兰果通赇谢，依倚为非者，肯以朽耄从房公于蜀汉贬谪之日乎？书此以订唐史之误。^[51]

“史家之取征者有三：国史也，家史也，野史也。于斯三者，考核真伪，凿凿如金石，然后可以据事迹、定褒贬”^[52]。

钱谦益佛缘深厚，题跋中不乏对佛法的感悟与皈依，如《题闻照法师所藏画册》云：

古之善画者，以山河城郭、宫室人民，为吾画笥，以风云雪月、烟雨晦明，为吾粉本。不知此世界中，山河大地、水陆空行，一切唯识中之相分也。画家之心，玲珑穿漏，布山水于行间，吐云物于笔底，一切皆唯识中之见分，从觉海澄圆，妙明明妙中，流现侧出者也。华严五地菩萨登地之后，乃能妙解世间画笔琴书，种种伎艺，至于尘里转轮，豪端见刹，而画家之能事毕矣。^[53]

一即一切，一切即一，性相交参。在佛学思想的传承上，钱谦益与倡导“法界圆融”的华严一系更为接近。针对明末丛林浮泛空虚之风，钱谦益主张躬行实践，“今日谈禅者，皆宗赵大洲，只贵眼明，不贵践履之说。终日谈玄说妙，考其立身制行，辞受进退之际，无一毫相应者，乃反贬剥周程。岂知彼在塔中安坐，而我乃遥说相轮耶”^[54]？钱谦益笺注与刊刻佛典正是自觉践履这一学术主张。

钱谦益浸淫欧阳修《集古录》二十余年^[55]，追慕董逌《广川画跋》，推崇晁公武《郡斋读书志》、陈振孙《直录书录解题》，试图恢复与发展叙录体提要目录的优良传统，其目录学思想直接影响了钱曾《读书敏求记》的完成。钱谦益古籍整理与校勘之功，在于提升所藏之书的学术价值，矫正有清一代学术方向。