钱谦益一生拳拳服膺的诗人是杜甫，尝言“自唐以降，诗家之途辙，总萃于杜氏，大历后以诗名家者，靡不由杜而出。……以佛乘比之，杜则果位也，诸家则分身也”^[140]。明崇祯七年（1634），钱谦益应卢德水（曾编著《杜诗胥钞》）之请，漫录若干则，续有所得，取次书之，成《读杜小笺三卷》、《读杜二笺二卷附录注杜诗略例》。至清顺治十二年（1655），朱鹤龄坐馆钱家，将多年所辑《注杜诗稿》请正钱谦益，钱谦益阅后大为激赏，发凡起例、笺释训诂甚合其意，遂将自己已注稿本转付朱鹤龄，望其综理补注。

朱鹤龄坐馆期间，钱谦益朝夕质疑，寸笺指授。清顺治十四年（1657），朱鹤龄撤馆回乡。至清康熙元年（1662），朱鹤龄再馆钱家，告成书之喜，钱谦益疾笔成序，《吴江朱氏杜诗辑注序》云：

长孺隐括诠次，都为一集。书成，谓余宜为序。......长孺闻之，放笔而叹，蓬蓬然如有所得也。其刊定是编也，齐心祓身，端思勉择，订一字如数契齿，援一义如征丹书。宁质无夸，宁拘无偭，宁食鸡跖，无啖龙脯，宁守兔园之册，无学邯郸之步。斤斤焉取裁于《骚》之逸，《选》之善，罔敢越轶。近代攻杜者，觅解未慗，又从而教责之，章比字栉，俨然师资。长孺蹙额曰：“不知群儿愚，那用故谤伤。’鹤龄虽固陋，忍使百世而下，谓有明末学，尚有师心放胆、犯蚍蜉撼树之诮，如斯人者乎！”然则长孺之用心，良亦苦矣。^[141]

钱谦益见到朱鹤龄书稿后，大失所望，因非其本来面目，故索回原稿，增益补葺，终未成。钱谦益卒后，钱曾接续成书。清康熙六年（1667），季振宜主持付刻，改钱谦益《草堂诗笺》为《钱牧斋先生笺注杜工部集》，二十卷，半页十一行，行二十字，白口，四周双边，刻印精好。季振宜《钱蒙叟杜工部集笺注序》云：(www.daowen.com)

丙午冬，予渡江访虞山剑门诸胜，得识遵王。遵王，钱牧斋先生老孙子也，入其门庭，见几阁壁架间，缥缃粲然，茶碗酒盏，无非墨香。知其为人，读书而外，顾无足好者。一日，指杜诗数帙，泣谓予曰：“此我牧翁笺注杜诗也。年四五十即随笔记录，极年八十书始成，得疾著床，我朝夕守之，中少间，辄转喉作声曰：‘杜诗某章某句，尚有疑义。’口占析之以属我，我执笔登焉。成书而后，又千百条。临属续目张，老泪犹湿，我抚而拭之曰：而之志有未终焉者乎？而在而乎，而亡我乎，我力之不足，而或有人焉足谋之，而何恨而。’然后瞑目受含。牧翁阅世者于今三年，门生故旧，无有过而问其书者，予读其书，部居州次，都非人间所读本。而笔阵纵横，甲乙牵连，目眯志荒，不可辨别。遵王衮衮诵之，若数一二盖牧斋先生投老，晨夕蘗几，与闻后堂管弦，老门生则冯子定远、陆子敕先，而其家族子孙，虽冠带得得，其与之共读书者，则惟遵王一人。以是牧斋先生所读书。遵王实能读之。遵王弃日留夜，必探其窟穴，擒之而出，以补《笺注》之所未具，装合辐辏，眉目井然，譬彼船钉秤星，移换不得，而后牧斋先生之书成，而后杜诗之精神愈出。^[142]

清宣统二年（1910），上海国学扶轮社神州国光社据季本铅印；清宣统三年（1911），上海时中书局据季本石印；1915年，上海广益书局重出铅印本。