《有学集》钱谦益生前已定稿。邹镃《有学集序》云：
（牧斋）易箦时，乃以手订《有学集》授遵王。余子漪为及门，故得见而知之。[137]
清康熙三年（1664），钱谦益卒后，邹镃初刻，五十卷，半页十行，行二十字，白口，左右双边；清康熙二十四年（1685），邹镃弟子重刊，即金匮山房刻本，五十一卷，加入题跋杂文一卷，仍遵半页十行，行二十字，左右双边，改白口为黑口。相关二刻，姜殿扬《有学集》跋云：
《有学集》五十卷本，康熙甲辰第一刻也。邹跋云：“出牧翁手编遗稿，盖皆入清前后所作，集中行文仍奉明朔，有弘光纪元而无顺治年号，内明外清，显触时忌，观此知此老临文不屈降志，可哀其不死也。实以遗山、太朴自负，欲完有明一代史稿耳。”绛云一炬，悒悒逃禅，卒与吴梅村草间苟活，同一饮恨。后世因文见志，略迹原心，未尝不深惜之，此邹氏当日所以不顾一切，为之毅然刊行也。板成远祸，始渐刊落。后二十年，流绮子弟复有金匮山房五十一卷定本之刻，弘光、大明字面，抹削殆尽。墓志标题，凡初刻大书明代封阶者，咸冠明字，清故碑志旧题故某官者，悉易皇清字，尽失牧翁原本之真。他若四十七卷题纪伯紫诗，引用放翁家祭必告语，暗寓恢复中原之旨。初板已剜者，复本转复补完，明顺暗犯，或者当时以满人不谙汉文，校者故作狡狯欤？此其两刻得失大概也。[138]
《有学集》有日本明治十六年（1883），拥书城刻木活字本；清宣统二年（1910），邃汉斋薛凤昌以邹本与钱曾笺注本两相对勘校订，加按语，并附钱谦益再传弟子何焯所编《有学集补遗》二卷，铅字本；1919年，上海商务印书馆影印金匮山房本，并附姜殿扬校勘记一卷，入《四部丛刊》集部；1985年，钱仲联据《四部丛刊》本与钱曾笺注本，点校出版。
诸本得失，潘景郑《绛云楼题跋》云：
弱冠从事搜孴，得《有学集》初刻五十卷及二刻金匮山房重刻五十一卷本，较其异同，甚多出入。又得黄梨洲评本，勘正讹夺。初刻本诗多三题，文多七首；二刻本则增益诗二十一题，文多九十首。涵芬楼影印入《四部丛刊》，初据金匮山房本传布。《丛刊》再版时，征得吾家所藏初刊本，别录金匮山房本校补附行。证余所得两集外，传世抄本，有《牧斋有学集补遗》一书，较金匮本复有增益。余别藏抄本《牧斋外集》丁祖荫校正误字甚精二十五卷，则又在三本之外矣。[139]
《投笔集》一卷前有小楷题识：“此集刻本所无”，文中有“乙亥七月初一作”，乙亥考为明崇祯八年（1635）。这段文字证实徐绪典所言为实：《投笔集》原在《有学集》原稿中，初刻之际，邹镃恐文网渐密，遂予剔除。
现存抄本：(www.daowen.com)
牧斋有学集五十卷集外诗一卷 （清）钱谦益撰
清抄本 九行二十四字 无格 国家图书馆藏
牧斋有学集十三卷 （清）钱谦益撰
牧斋有学集十二卷 （清）钱谦益撰
钱曾笺注 清张深抄本 南京图书馆藏
牧斋有学集五十卷 （清）钱谦益撰
清冯武抄本 存二十一卷（卷一至七、十五至十九、三十至三十八） 南京图书馆藏
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