1.科研人员自身角色定位及对科研经费的性质认识存有误区

就高校而言，2002年国家颁布了《关于国家科研计划实施课题制管理规定》，确立了以课题制管理为核心的科研管理模式。课题组为科研基本单位，实行课题责任人负责制。多年来，国家一直把高校称为科研课题依托单位，尽管国家规定课题依托单位要对所依托课题的一切经费开支行使监督权，但由于第一责任人不是学校，而是课题负责人，学校理解自己是“委托代管人”，监管动力不足。此外，科研不仅为学校带来一定的经济利益，科研经费总量、科研成果等指标也是衡量学校学术水平，体现“排名”和“社会影响力”的重要因素，因此在主客观上学校都不愿对科研经费实行严格的监管政策。与此同时，科研人员也认为项目资金是自己千方百计争取来的，对于如何开销应当享有自主权，而不愿听从财务管理部门的意见，如：有的科研人员将争取到的科研经费打入其他相关账户，或将已进入学校财务的科研资金以各种办法转移到校外，使大量科研资金游离账外，逃避监管。

2.高校科研经费管理中激励机制、约束机制、财务管理机制缺陷

虽然每个科研单位和高校都会制定严格的科研资金管理制度，但大多只存在于规范的层面。高校及科研单位的内部审计近几年才启动，审计人员数量不足，水平参差不齐，知识结构单一，专业知识不够广泛，无法发现项目运行中存在的问题，致使项目组对经费支配的随意性，无法真正做到合理公平的监督。(www.daowen.com)

3.国家回收课题费用不利于激励课题负责人积极性

课题结项时有剩余经费，原因多样，但目前纵向科研经费一般做法是结项剩余经费由国家回收，对学校和课题执行人的积极作用不予考虑，缺少激励措施，容易导致课题结项前想方设法使用经费，用假发票冲账的现象较为普遍，由此导致涉高校科研经费的职务犯罪易发。科研人员申请项目时，对支出概念还只是粗略大概，此时就要列出一份详细的计划书，有些科研人员不得不编数字。但科研的特殊性在于它的不可预知，经费支出和预算不一致十分常见，结项时，项目还有后续工作，经费又要收回。此时，为了继续项目，迫使科研人员想方设法将经费留住。例如，上海某高校教授穆某，与参加课题研究的9名学生签订虚假聘用协议，约定每月支付每名学生800—1 000元的助研津贴，同时要求学生领取津贴后予以返还，先后侵吞8万余元。