2000年后，相继修改《反垄断法》，在进行对应规制缓和的法律修改的同时，也力求强化事后规制与扩大公正交易委员会权限。

1.2002年的修改

2002年《反垄断法》修改的重点是，（1）、（2）是对应规制缓和的内容，但（4）具有强化事后制裁的性质。

（1）重审公司的股份保有限制。

（2）缩减由金融公司决议权保有限制的对象范围。

（3）送达规定的完善。

排除措施命令等的文书的送达被扩大到驻在外国的业者、业者团体以及所在不明的业者等。其中，旨在对国际性企业联盟进行有效的处理。

（4）罚金额的提高。通过这项修改，对有关违反私有垄断、不正当交易限制等的法人等科处的罚金的上限由1亿日元提高到5亿日元。(www.daowen.com)

2.2005年的修改

2005年《反垄断法》修改的要点包括：

（1）刑罚的强化与犯规调查权限的引进。通过改革，公正交易委员会被重新赋予对刑事告发进行调查的权限，根据法院令状，使得对案件相关人的营业所等进行临检、搜索、扣押成为可能。另外，针对妨碍调查等的罚则规定为1年以下惩役或者300万日元以下的罚金，引进针对法人等的罚金刑。违反确定排除措施命令的犯罪有关的法人等罚金的上限额提高到3亿日元（第95条第1款2项、第2款2项）。修改前存在审级省略制度，东京高等法院被赋予刑事案件的专属管辖权，改革后该制度被废止，一审管辖权扩大到全国各地的地方法院（第84条之3）。

（2）排除措施命令的强化。原本排除措施命令对于抑止1年多以前的违反行为，无法进行排除措施命令，通过修改，即使要抑止3年前的违反行为，也可以发出排除措施命令。并且，修改前不能立刻发出排除措施命令，首先要发出劝告，被劝告的业者与业者团体接受劝告时，就用劝告审议命令排除措施。修改后，可以不经过劝告，直接发出排除命令。

（3）交纳课征金命令的强化。课征金对于进行不正当交易限制等业者，可以命令交纳课征金，课征金按照销售额乘以一定的估算率得出，该估算率原则上从3%提高到10%。

（4）课征金减免制度的引进。这是对信息提供人实行的课征金减免的制度，属于宽恕（Leniency）制度的一种（第7条之2第7款）。修改法中，对于最初向公正交易委员会报告企业联盟、招标串通等违反事实的业者，承认减免课征金。这种制度在使得违法行为容易揭发的同时，还期待抑止违法行为的实行，从而强化企业内部合规。并且，要求公正交易委员会在进入检查前，对于最初报告违反事实的业者及其职员不进行刑事告发。

（5）课征金与罚金刑并罚时的措施。对同一业者做出并罚课征金与罚金刑的，从课征金金额扣除相当于罚金额的1/2的金额（第7条之2第14款）。