从墨西拿港出发的联合舰队绕过位于长靴型意大利靴尖处的卡普利亚地区，进入伊奥尼亚海。之后，沿着意大利海岸航行，穿过亚得里亚海的出口，经科孚岛，到达希腊的西海岸。在那里，他们听说法马古斯塔于8月18日陷落。

塞浦路斯岛最大的港口，在拼死苦战4个多月后，终究还是落入了土耳其人的手中。守城军指挥官马可·安东尼奥·布拉加丁（Marco Antonio Bragadin）被活生生剥皮，再浸泡到海水中，惨绝人寰，其余的威尼斯贵族也全部死于酷刑。噩耗不仅让威尼斯人义愤填膺，整个舰队都燃烧着向土耳其复仇的怒火。

没过多久，侦查船便送来报告称，土耳其舰队停泊在勒班陀。闻讯后，联合舰队随即向南航行，经普雷韦扎海湾，穿过凯法罗尼亚岛与奥德赛岛（Odysseus）之间的狭窄海域，来到通往勒班陀的帕特雷斯湾入口处。

联合舰队在此举行了最后一次作战会议。由于报告称敌军的船舰数量多于他们，多里亚以及其他西班牙的参谋们再次提议撤退返航，但柯隆纳和威尼斯的将官们主张开战。延期派与主战派各持三票，最终，总唐·胡安投下了决定性的一票。

1571年10月7日黎明之前，联合舰队的战舰堵在帕特雷斯湾入口，开始排兵布阵。前锋在右翼，主力在中央，后卫在左翼。呈半月形的阵型左右侧分别由两位最富经验的战将把守，左翼是巴尔巴里戈，右翼是吉安德烈亚·多里亚。6艘加莱赛战船，平均两艘分给三组编队，位于加莱战船的前方。一旦加莱赛战船上的大炮喷出火焰，便是战争开始之时。

另一方的土耳其舰队，此刻正离开勒班陀，转向帕特雷斯湾的出口。统帅阿里·帕夏决战到底的决心一点儿不输给联合舰队的唐·胡安总司令。土耳其舰队的右翼，是由绰号为“热风”的海盗夏拉克指挥的53艘战船，对阵联合舰队的左翼；中央是统帅阿里·帕夏率领的94艘主力舰，意大利出身的海盗乌鲁齐·阿里指挥65艘战舰位于左翼，对阵多里亚指挥的联合舰队的右翼。

相较于联合舰队的208艘战舰，总共有212艘战舰的土耳其舰队在数量上处于优势。这正是阿里·帕夏敢从安全的勒班陀离开的原因。当然，战无不胜的土耳其舰队也没把基督徒放在眼里。

就在联合舰队布完阵型，土耳其舰队出现在水平线上之际，唐·胡安走下旗舰，换乘快速船，从一排排列队的舰船经过，大声鼓舞着将士们的斗志。贵公子一身华丽的铠甲，在秋日的阳光下光彩夺目，军心为之振奋。

临近正午，当两军接近炮弹射击范围时，所有的战船都降下旗帜，唐·胡安的旗舰上高高地升起了带着耶稣画像的旗帜。不用说，那是教皇赐予的祝福。紧接着，各艘船都升起了十字架，全体士兵跪在甲板上祈祷，在胸前画着十字，向上帝忏悔曾经犯下的罪行。

这也算是一支十字军。教皇许诺将给全体讨伐异教徒的战士特别的赦免。也许这个瞬间，正是反抗宗教改革运动所追求的理想状态，所有人都放下了心中的杂念，唯有满腔的斗志。

当两军接近到只有一海里的距离时，6艘加莱赛战船上的大炮同时开火，历史上加莱战船最大也是最后一次战役——勒班陀海战正式打响。(www.daowen.com)

400艘加莱战船激烈冲撞的海战，最终由基督教联合舰队取得了压倒性的胜利。

巴尔巴里戈率领的左翼舰队，一直将海盗夏拉克指挥的右翼逼到浅海，经过几轮激战，成功地全歼敌军。

总司令唐·胡安指挥的主力舰队，虽然是借了预备军之力，才打乱了敌人的阵型，但最终还是成功抢占下对方的旗舰，统帅阿里·帕夏战死。惨烈的战斗持续了4个小时之后，从左翼到中军纷纷升起了胜利的基督教旗帜。

然而，吉安德里亚·多里亚的表现，给原本完全的胜利添上了一道败笔。他的舰队应该从右侧封杀敌军左翼，不知为何却绕到对方的背后。土耳其舰队的左翼在指挥官乌鲁齐·阿里巧妙的指挥之下，成功地撤离了战场。不过，乌鲁齐旗下的65艘战船也没能完好无损地全身而退。多里亚舰队中的24艘威尼斯战舰和另外几艘意大利船，无视指挥官的命令，冲进了撤退中的敌舰群，打算和他们同归于尽。不管怎么说，多里亚的错误，使得联合舰队最终未能获得全面胜利。一些历史学家将此解释为菲利普二世一直在暗中策反乌鲁齐·阿里倒戈，接收国王密令的多里亚，存心放了他一条生路。

当然，基督教联合舰队无疑是取得了压倒性的胜利，总共捕获敌舰117艘，70艘损失严重的战船被烧毁，俘虏超过万名。土耳其舰队阵亡者高达8000人。

在战死的土耳其人中包括统帅阿里·帕夏、身负重伤两天后死亡的右翼指挥官“热风”、苏丹近卫军耶尼切里军团的团长，以及希俄斯岛、内格罗蓬特、罗德岛、纳夫普里翁、莱斯博斯岛的诸位总督。海盗同样死伤惨重，“红胡子”巴巴罗萨的儿子也难逃一死。除此之外，统帅阿里·帕夏的两个儿子和多名土耳其宫廷的高官被捕。大量在土耳其船上带着锁链划桨的基督徒奴隶也因为勒班陀海战的胜利而重获自由。

话说回来，基督教一方也付出了巨大的牺牲。阵亡者超过了7500人，仅威尼斯人就有2500人。包括因重伤不治在翌日身亡的左翼舰队指挥将官阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈在内，有26位威尼斯贵族战死，他们几乎都是战船上的船长。在这次战争中，威尼斯人可谓是全力以赴、鞠躬尽瘁。当带着捷报的船只拖着土耳其海军的战旗进入威尼斯港口时，掀起一片欢呼的声浪，这是威尼斯市民久违的欢呼。

虽然威尼斯人既不是狂热的教徒，也没有种族歧视，但政府仍然担心人们控制不住情绪而去袭击土耳其人，于是特地把土耳其人收容在一个宫殿内，外加警卫防守，结果这成了日后建立土耳其商馆的契机。

勒班陀海战的胜利带给欧洲的巨大影响，是毋庸置疑的。尽管有史学家认为，这场战役没有彻底消灭土耳其海军，他们反而在乌鲁齐·阿里的指挥下大干快上，在翌年又重新组建起一支超过160艘战船的大舰队。但勒班陀海战的胜利，用事实证明无敌的土耳其海军，并非战无不胜，基督教世界一扫长期以来面对土耳其的自卑感。这种心理上的正面影响，绝对不能小觑。

如果是土耳其赢得勒班陀海战，或者联合舰队像普雷韦扎战役时那样未战先散，欧洲人势必会输掉整个地中海。总司令唐·胡安的不辱使命和成千上万壮士们的热血，阻挡了土耳其的步伐。