威尼斯舰队最早抵达墨西拿。教廷旗下的战船也在6月初完成了准备，等总司令柯隆纳到达后，即可出发前往集合地。

根据协议，教廷旗下的战船应该由威尼斯提供。了解威尼斯窘境的教皇庇护五世改向托斯卡纳大公提出要求，希望他提供12艘加莱战船。在美第奇家族统治下，作为君主国再生的佛罗伦萨认为这是一个向教皇卖人情的绝好时机，于是答应提供舰队所需的船只和士兵。这支满载着身穿华丽骑士服的罗马和佛罗伦萨名门子弟的船队，从里窝那（Livorno）出发，经奇维塔韦基亚、那不勒斯港之后，于7月初到达墨西拿。

一直令威尼斯人忐忑不安，不知会不会出现的舰队总司令唐·胡安并没有爽约。他跟随多里亚指挥的舰队从西班牙出发，先在热那亚稍作停留，然后前往那不勒斯，从那里走海路到达了墨西拿，时间是8月23日。

各国舰队全体到齐。地中海夏末阳光照耀下的墨西拿港湾，布满了威风凛凛的战舰。除去非纯粹用于战斗的帆船，各国的加莱战船数量如下：

西班牙舰队：西班牙、马耳他——17艘

那不勒斯、西西里——36艘

热那亚——22艘

共计75艘

罗马教廷舰队（包括非属西班牙的意大利诸国）：23艘

威尼斯舰队（包括6艘加莱赛战船）：110艘

共计：208艘(www.daowen.com)

即使扣除了托斯卡纳大公援助教廷的那一部分，数量还是与当初西班牙负担11/18，威尼斯负担7/18的约定相差甚远。这一次，照章办事的依然是威尼斯，违反协定的依然是西班牙。

话说回来，威尼斯也没资格指责西班牙。威尼斯船虽多，兵力却不够。除了大批人死于传染病之外，也没办法动用留在本国待命的5000人，因为土耳其舰队已经进入亚得里亚海，正不断地攻击达尔马提亚沿岸的港口，靠少量的船舰去接人，恐怕不敌土耳其海军，但倘若抽出大量的战船，又会耽误联合舰队从墨西拿出港的时间，反倒成全了菲利普二世的心意。

左右为难的威尼斯舰队司令塞巴斯蒂亚诺·韦尼耶，不得不接受唐·胡安的建议，允许西班牙的战士登上他的舰船。其实，威尼斯很担心士气不协调，不要说是西班牙人，就是那些西班牙旗下的意大利士兵，威尼斯都不愿意接受。然而，要武装起110艘加莱战船和体积更庞大的加莱赛战船，光靠不足1万的自己人无论如何是不够的，他们只能和4000多名外国兵同舟共济。

包括划桨手在内，据称有5万兵力的联合舰队中，西班牙人占了两万，威尼斯人一万，其余都是外国军团，其中包括880名德国人，以及多名法国出身的马耳他岛的圣约翰骑士团员。

出发前必须决定阵型，为此联合舰队在墨西拿岛上连日举行作战会议。如果舰队不按照既定的阵型航行，等遇上敌情再布阵，会浪费很多宝贵的时间。

总司令唐·胡安一反传统按国籍划分阵型的做法，将各国的战船混编在一起。这是为了防止相互猜疑和憎恨的威尼斯与西班牙士兵之间爆发纷争，让各国并肩作战有助于加强凝聚力。

按惯例帆船队先行，6艘载有大炮的威尼斯加莱赛战船紧跟其后。全军分为三个编队，右翼前锋是西班牙舰队总司令多里亚旗下的53艘加莱船，另外再加上24艘威尼斯加莱船、两艘萨伏依公国（Ducato di Savoia）的船以及数艘教廷的战船。位于阵型中央的当然是联合舰队总司令唐·胡安的旗舰，右边是教廷舰队司令马坎多尼奥·柯隆纳的舰队，左边是威尼斯舰队司令塞巴斯蒂亚诺·韦尼耶的舰队。主力舰队的后面，是由那不勒斯圣·克罗齐侯爵（Santa Croce）指挥的35艘战舰。这支由威尼斯、教廷、西班牙混合组成的机动舰队的主要任务是当某一个侧战线出现问题时，可以随即赶去增援。

最后出港的是位于阵型左翼的后卫舰队，由威尼斯舰队参谋长阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈指挥。除了两艘那不勒斯船之外，其余的51艘均为威尼斯的战船。

所有战船于9月28日离开了墨西拿港。

从8月23日唐·胡安抵达墨西拿直到出发的这1个多月里，其实也是风波不断。西班牙舰队的指挥官们一直主张出征应该延长至翌年的春天，因为冬季即将来临，不适合航行。威尼斯人对此当然是坚决反对，教廷舰队也不答应。最后，还是唐·胡安在9月12日一锤定音，下令出发。得知此事的菲利普二世急忙写信给兄弟要他谨慎行事，但国王的信抵达墨西拿时，舰队已经出海。威尼斯就是从那时候才发现，唐·胡安这位对大海一无所知的年轻贵公子，其实是一个意外之宝。