在教皇的积极推动之下，西班牙国王菲利普二世答应参战。不过，他提出两个条件：一是由威尼斯担任主力，二是由吉安德烈亚·多里亚出任联合舰队总司令。这位吉安德烈亚·多里亚是指挥普雷韦扎海战的舰队司令安德烈亚·多里亚的侄子。和其伯父一样，吉安德烈亚也是以海军雇佣兵为业，担任西班牙舰队的总司令。

对于菲利普二世的提案，威尼斯无法接受，尤其是舰队总司令的人选，如果是吉安德烈亚·多里亚，势必会遭到整个共和国议会的反对。谈判因此触礁。

可是就在1570年6月，土耳其向塞浦路斯发起了猛烈的攻击。160艘加莱战船，再加上满载着陆军的大帆船密密麻麻地聚集在塞浦路斯岛的海面，登陆的士兵高达10万人，总指挥是苏丹的大臣穆斯塔法·帕夏（Mustapha Pasha）。

被迫迎战的塞浦路斯守军，包括500名希腊兵在内总共才4000人，剩下就是当地的居民。威尼斯派出先遣舰队携带补给物资，成功在法马古斯塔（Famagusta）登陆。与此同时，政府下令130艘加莱战船在副帅塞巴斯蒂亚诺·韦尼耶（Sebastiano Venier）的率领下，从威尼斯出港。驻扎克里特岛的舰队指挥官马可·奎里尼（Marco Querini）也接令，率军火速前往科孚与韦尼耶的舰队会合，共同商议作战计划。

8月4日，两支舰队在科孚岛汇合。然而在南下亚得里亚海的途中，罹患传染病的船员们不断死去，根本不可能前往塞浦路斯岛和土耳其大军作战。

这时候，同盟结成的谈判一拖再拖，迟迟未有结果。教皇频频催促西班牙赶紧出兵，教廷舰队总司令马坎多尼奥·柯隆纳（Marcantonio Colonna）亲自前往威尼斯做说服工作。但菲利普二世的态度始终模棱两可，威尼斯一方也坚决不答应吉安德烈亚·多里亚出任联合舰队总司令。

塞浦路斯岛首都尼科西亚

面对意志坚定的教皇，不能再敷衍的菲利普终于下令让吉安德烈亚·多里亚率舰队往东。可是当他们抵达克里特岛斯达港，与威尼斯舰队会合之后，吉安德烈亚对教皇任命马坎多尼奥·柯隆纳为联合舰队总司令大为不满，并且以威尼斯舰队目前无法在月底前行动为由，不肯继续东行。

包括西班牙舰队在内，当时的斯达港聚集了180艘加莱战船、12艘加莱赛战船，足以对付正在包围塞浦路斯岛的土耳其海军。或许是接到了菲利普二世的密令，吉安德烈亚按兵不动，而另一方的威尼斯舰队也的确因为传染病的蔓延大大削弱了战斗力。

千方百计找到克里特岛居民充当划桨手，总算凑齐了人数的联合舰队，在出发前往塞浦路斯岛不久，便闻讯塞浦路斯岛的首都尼科西亚沦陷。从9月8日土耳其大军登陆算起，尼科西亚苦苦支撑了三个月，参加护城战的所有威尼斯贵族都壮烈战死。威尼斯统治塞浦路斯岛近百年，如今除了最大港法马古斯塔之外，全部落入了土耳其人的手中。

尼科西亚沦陷的消息，使得原本就互不信任的联合舰队成员间的矛盾变得公开化。威尼斯的指挥官们主张哪怕塞浦路斯不保也必须狠狠教训土耳其，而另一方的吉安德烈亚却表示不会为了所谓的荣誉而战。至10月，相持不下的双方终于决定，由马可·奎里尼率领21艘加莱战船，再加上2500名士兵，前往法马古斯塔救援，其余舰队向西返航。马可·奎里尼的援军，途中受到海盗乌鲁齐·阿里（Uluj Ali）指挥下的土耳其机动舰队的阻击，终究没能接近法马古斯塔。

1570到1571年的冬天，联合舰队的三方轮流在威尼斯、罗马、马德里，进行艰难的谈判。主要争论的问题有以下4点：

一、总司令的人选

二、副帅的人选(www.daowen.com)

三、同盟军的战略目标

四、经费中各国的负担比例

威尼斯坚决反对西班牙推荐的吉安德烈亚·多里亚，西班牙也不接受威尼斯提出的威尼斯海军司令塞巴斯蒂亚诺·韦尼耶。而对于教皇提出的折中人选马坎多尼奥·柯隆纳，威尼斯和西班牙又异口同声地表示不行。

让马坎多尼奥·柯隆纳出任副手，威尼斯和西班牙倒是没有特别的异议。不过，考虑到万一总司令有个三长两短，副总司令会立即补缺，两国对这位誉满天下但没有海战经验的陆军将领还是不放心。于是增加了一条补充条件，如果柯隆纳代任总司令一职，所有作战计划都必须和另外两国的指挥官协商后才能决定。

在选定战略目标上，情形又回到普雷韦扎海战的当初，西班牙依然主张进攻北非，威尼斯还是不肯让步地坚持应该将重心放在东地中海。威尼斯政府的代表表示，如果无法在东地中海狠狠打击土耳其，威尼斯舰队绝不前往北非。西班牙国王的代表也不示弱，回应说那年内就不可能组成联合舰队。

威尼斯国内一致认为，既然国家已经承担了同盟军的主力，就没有理由帮助菲利普二世去和法国国王争夺领土。因为那个时期，法国也很露骨地表现出他们对阿尔及尔的野心。

同盟迟迟无法达成共识。对手土耳其反倒通过法国驻君士坦丁堡的大使打探威尼斯和谈的可能性。威尼斯政府中也有不少人主张放弃没有信誉的西班牙，与土耳其缔结和约才是上策。“十人委员会”为此专门派遣密使去君士坦丁堡，探究土耳其宫廷的真意。担心威尼斯政府态度摇摆不定的马坎多尼奥·柯隆纳，急速赶往威尼斯，在元老院发表演说，极力宣扬威尼斯与土耳其谈和的种种不利。其实，没有柯隆纳的劝说，威尼斯政府的核心领导层也很清楚，解决国家危机，最终只能依靠基督教世界。进入5月之后，同盟谈判的各项条款终于出炉。

总司令人选最终由西班牙推荐的奥地利的唐·胡安（Don Juan de Austria）出任。时年26岁的唐·胡安是卡洛斯皇帝的庶子，即菲利普二世同父异母的弟弟。他的战场经验仅限于镇压西班牙境内摩尔人的反叛，对海战更是白纸一张。威尼斯之所以做出让步，是因为再坚持下去，他们就不得不接受吉安德烈亚·多里亚。无论如何，唐·胡安好过吉安德烈亚·多里亚。

在前述的附加条件之下，马坎多尼奥·柯隆纳担任副司令。他还兼任教廷舰队的总司令。

威尼斯舰队的统帅是塞巴斯蒂亚诺·韦尼耶，参谋长由生性冷静的海将阿戈斯蒂诺·巴尔巴里戈（Agostino Barbarigo）担任。另一方的西班牙舰队，司令官是吉安德烈亚·多里亚，参谋本部也全是菲利普二世的心腹。

战略目标最终没有确定。不管是东地中海还是西地中海，土耳其主力海军出现在哪，就在哪交战，后续行动待海战后商议。联军集结地决定在西西里岛的墨西拿港（Messina），那里位于地中海的中心。

西班牙负担经费的11/18，威尼斯负担7/18。1571年5月25日，盟约签订。

此时的法马古斯塔，依然在苦苦支撑。但威尼斯的补给船因为遭到土耳其舰队的封锁，始终无法靠近。乌鲁齐·阿里指挥的土耳其舰队甚至还袭击了克里特岛的各个港口，不仅塞浦路斯，克里特岛也危在旦夕。另一边，土耳其陆军向达尔马提亚、阿尔巴尼亚等威尼斯的基地不断地发起攻击。联合舰队的出征，成了威尼斯眼前唯一的希望。