基于自然哲学的研究方法，自然物质分为宏大物质体与细微物质体。如宇宙就是宏大的自然物质组合体。宇宙表现为极庞大的星系体。银河系就有超过1000亿个星系、2000亿个恒星。我们可以把宇宙称为极大星分子体（包括星际空域）加上隐形的庞大暗物质。天文学家发现暗物质分布远远大于银河系体积（其比重为80%）。图式为：宇宙=∑（星分子体+暗物质+射线）。

物体的大与小，普通几何学使用“体积”概念和精确的数学公式来加以测度。如立方体的体积=长度×宽度×高度，圆球体积=4/3πR3（R：半径）。科学家根据现有数据推测了宇宙的大致体积。现代天文学家提出了多维宇宙的设想，一些科学家提出宇宙具有四维度空间。霍金提出了七维宇宙论。基于这些假设，宇宙的大小的内涵，超越了欧几里得的体积概念。作为哲学范畴的宇宙，其大无边，是极宏大物质体。深切理解“宏大宇宙”之“宏大”，要求人们拥有更加广阔的视野，革新传统的体积观念，而不能把宇宙体量限制在传统的体积范畴所规定的量度内。应用自然哲学的理论思维，人们有理由设想第二宇宙或多元宇宙的存在。在这一观念下，人们对中国古代哲学家庄子、墨子、老子等提出的有关“天大无边”“天无涯际”“四方上下曰宇，古往今来曰宙”等东方理论概括，就会有更新的体会。(www.daowen.com)

现代自然科学还揭示了物质拥有多层次的结构，即各种物质体由分子组成，分子由原子组成，原子又分为中子、质子及电子等基本粒子，还可以进一步分为介子、夸克以及弦等。一切自然物质，均以细微粒子为其组成单位。现代分子生物学则揭示了一切生命物体均以基因和细胞为其分子。夸克与弦是否还有更小的组成单位？是否存在终极粒子？理论物理学家正在进行讨论，这些问题更是属于自然哲学的论题。庄子2000多年前提出“一尺之棰，日取其半，万世不竭”，这就是物质有否“终极分子”之问和讨论的开端。