核运营人的赔偿责任受到了数额、时效和司法管辖的限制。在《1986年批复》中，运营人的赔偿数额最高为1800万元人民币（在1986年相当于521万美元），^[200]但没有区分运营人的类型。《2007年批复》则根据运营人的作业类型设定赔偿上限：核电站的运营人与核燃料贮存、运输、后处理的运营人最多承担3亿元人民币（在2011年相当于4713万美元）的赔偿额；其他类型的运营人最多只赔偿1亿元人民币（在2011年相当于1571万美元）。^[201]虽然《2007年批复》提高了赔偿限额，但相对于美国和第二代核损害国际公约的标准还是过低。^[202]

2009年《侵权责任法中》中的一般章节（第一章到第四章）和规定环境责任的特别章节（第八章）都没有涉及最高赔偿额的条文。关于高度危险责任的第九章设定了赔偿额上限，^[203]其第77条规定，承担高度危险责任，法律规定赔偿限额的，依照其规定。^[204]不幸的是，它没有明确国务院批复究竟是按照法律对待还是仅仅视作规范性文件。^[205]

除了经济赔偿的上限，《1986年批复》还限制了运营人责任的追诉时效和司法管辖权。因为《2007年批复》中没有相关条文，所以《1986年批复》仍然适用。它规定核事故的受害人有权在受害人已知或者应知核事故所造成的核损害之日起的三年内，要求有关营运人予以赔偿。但这种要求必须在核事故发生之日起的十年内提出，逾期赔偿要求权即告丧失。^[206]对核损害而言，这一期间未免过短，因为有些类型的损害尤其是人身损害需要数十年才能显现。

最后，核运营人的赔偿责任还受到司法管辖权的限制。在中国境内发生的核事故，只有事故发生地的法院对其诉讼具有管辖权。^[207]《2007年批复》规定如下：(www.daowen.com)

“对核事故造成的跨越中华人民共和国边境的核事故损害，依照中华人民共和国与相关国家签订的条约或者协定办理，没有签订条约或者协定的，按照对等原则处理。”^[208]

这一条款为跨境损害提供了一种解决途径，但其没有明确当外国采用了和中国不一样的法律机制时互惠原则（principle of reciprocity）应当如何适用。