这一时期电子证据在生活中的应用已成大势，在法律关系中所起的作用也日益重要，各规制主体纷纷总结实践经验，通过立法与司法解释的方式对电子证据的使用加以规范。然而各为主张的造法活动也产生了一系列争议与矛盾，如电子证据的法律属性问题。

1999年《合同法》第11条规定中认可了依托包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件在内的数据电文而设定的合同，并将其归纳为一种书面形式，以书证的形式来对电子证据进行法律定性与保护，直接把电子证据囊括在书证的范围。^[6]这显然是与1996年最高人民检察院所颁布意见相矛盾。(www.daowen.com)

2001年颁布的《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》通过扩大解释已有“视听资料”范围的方式将日益涌现的电子数据纳入其中。^[7]但2002年颁布的《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第64条却将电子数据交换与电子邮件有形化，该类证据真实性确认也效仿书证的证明形式，无疑是对电子证据进行书证定性。^[8]此次电子证据与视听资料、书证等传统证据形式混同定义，且电子证据在民事部门法与程序法之间的定性不具有一致性，不同司法机关所颁布的条文互不相同，甚至同一时期最高人民法院所作出司法解释之间也矛盾重重。由于这一时期仍然没有法律明确定义电子证据，也没有形成专门化的证据立法，为解决生活需要与实际办案的适用要求，不断细化电子证据的表现形式，也就不可避免地出现混淆电子证据与其他形式证据的边界与出现杂乱矛盾的局面。但在这一时期，也出现了一系列具有规范意义的部门法，对电子证据的表现形式、保存储存、审查核查、真实性认定的规则等作了详细规定，加深了立法层面对电子证据的认识，^[9]同时，在电子证据的外在环境安全上也作出了相应规范。