在司法实践层面上，因为缺乏明确法律规范的指导导致电子证据的运用存在以下困境。

1.法官在审查认定过程中自由裁量权过大，认定较为随意

在民间借贷纠纷中，借款双方大多在微信、短信、电子邮件等社交通信工具上进行磋商，之后再通过微信、支付宝转账或金融机构转账等形式借款、还款。当出现纠纷诉至法院之后，除了存在借条、转账单等这种司空见惯的传统证据，还可能出现或者只有通话记录、微信聊天记录、转账记录等电子证据，举证当事人想将后者作为证据被采信有一定的技术壁垒，常常出现在质证环节对方当事人对“证据三性”不予认同的争议。因而，在法院审查认定过程中，电子证据是否被采信，往往依靠法官的自由裁量，电子证据多处于传统证据的辅助地位。

在司法实践中，有一种显而易见的现象是法院对微信转账（聊天）记录的认定大多呈现出两种不同的结果。在当事人提供了借据、借款合同等重要传统证据的情形下，有的不予认定，如在王某某与吴某某民间借贷纠纷案中，法院并未采信当事人提供的微信转账记录，理由是无法确认微信转账的款项究竟是不是借款性质，也无法通过未实名的微信账号确认收款方即为被告。^[4]而有的予以认定，如在肖某某诉简某某民间借贷纠纷一案中，原告提供了传统证据，也呈交了微信聊天记录，法官采信了未进行实名认证的微信聊天记录，并将其作为定案依据之一。^[5]

除此之外，在不存在直接能够证明案件事实证据的前提下，法官对于电子证据相互印证的程度判断并不统一，要达到何种程度，法官才予以采信和认定案件事实存在着较大差异。有时候即使没有提供借条，但是其他证据之间能够达到相互印证的程度，也认可借款事实的存在，如在谈某某和严某民间借贷纠纷上诉案中，法院根据自由裁量权把电子证据作为定案依据，作出这一决定主要是因为当事人提供的通话记录和微信聊天记录之间能够相互印证，有一定的客观真实性和较强的证明力。^[6]

从上述案例可以看出，法院在审查认定证据中有无传统证据还是很重要的。因此，电子证据的地位仍然远远低于传统证据，即使它是法定证据种类之一，法院也不愿花费更多成本、时间去进行实质审查，鉴定其是否真实。在这一过程中，电子证据采信与否常常与案件标的额、审判法官自身产生了莫大的联系。在各地法院实践中，有一个倾向性的现象，即案件标的数额越高，法官越为保守，比较倾向于排除电子证据的采信度；而案件标的数额越低，则法官可能会大胆运用自由心证，根据其他线索和证据，结合日常生活经验，适用高度盖然性原则采纳电子证数据。这种区分认定的现象可能给法院工作带来便利和效率，但恰恰暴露了我国电子证据在司法实践中的认定缺乏统一标准、具有较大随意性的弊端。(www.daowen.com)

2.取（举）证方面不规范，没有统一标准

在取证方面，电子证据的提取固定按理来说有三种途径：申请法院调查取证、通过第三方机构证据保全和当事人的自行存证。就第一种途径来说，在案例检索中还未见有法院进行调取的案例，法院在收到当事人申请之后的处理在实践中是大相径庭的。多数法院不予支持，判决书所呈现的理由既有“不属于调查取证范围”，也有“没有提供证据证明申请调取的证据属于因客观原因不能自行收集的情况”。^[7]第二种途径在司法实践中也时有出现，有公证机构也有社会机构，这些机构除了传统的方式之外也会利用同步录像、区块链存证技术等，但其技术标准、操作形式、内容因为没有统一的标准而不尽相同，其规范性有待提高。第三种途径是最为常见的但也是采信程度最低的，多数当事人在发生纠纷诉至法院之前并不懂得取证和妥善保存证据，导致当事人自行存证效力低下。

在举证方式上，目前实践中多倾向于书面化，鉴于电子证据的数字化特征，将其书面化才能更好地展现内容，因此电子证据在提交之前会先由当事人自己或第三方机构将其转化为纸质打印件或光盘形式，这也就导致了在质证环节中双方通常会对这种转化的过程是否合法、内容是否真实而产生争议。对此，法院并没有标准化处理模式，有的法院会要求当事人当庭展示，核验是否与原始载体内容一致，^[8]如果有经过公证的电子证据，则更容易被法院所采信。^[9]而也有不少法院以未经过公证不符合形式要件或是无法与原件核对不能确认真实性为由不予认可。^[10]实际上，电子证据的形式要件在现有的法律框架内并没有明确规定，在检索民间借贷纠纷案件时也发现公证并不是一个常用的举证途径，不仅需要高昂的费用且公证并不能解决“证明对方真实身份”的举证难题，甚至会因为没有相关电子证据公证法律规范而遭到质疑。

3.审查认定规则不明确，存在较大的争议

作为电子证据是否被采纳的三大标准来说，关联性、合法性和真实性的地位是不一样的。与传统证据相比较，关联性并没有什么特别之处，其在很大程度上是一个事实问题，这也就需要依靠法官的自由裁量来解决，同时现有法律以及司法解释鲜有对电子证据关联性审查的规定，可以说是证据法的一大短板。合法性包括主体和取证两个方面，与传统相比，其特别之处体现在生成、传递、存储和显示等方面，但法院一般不会因为合法性的问题来排除证据的效力。^[11]而对于真实性来说，则是电子证据解决可采性的关键，但是由于网络数据、计算机系统容易被攻击篡改等一系列特征，使得审查电子证据真实性变得复杂和疑难，并非是传统的最佳证据规则中“原件”标准能够解决的。光在形式内容上，一般人是很难去确认数据内容是否真实的，而电子数据从何而来，是否完整，有没有公证书都有可能影响对电子数据内容真实性的判断。^[12]另外，与内容的真实性相比，来源的真实性认定更为特殊也更具难度，当事人提供的微信转账凭证、聊天记录、手机短信、电子邮件等电子数据内容不能确定实际发送人或真实使用者，在诉讼中难以达到证明要求，甚至如果只有单独的电子证据的情况下，证明力是比较低的，很难被采信，在实践中大部分法院也是不予认定的。^[13]