古格王国的王室与佛教僧侣集团的关系比较微妙，既对佛教界予以大力支持并与之保持密切关系，又始终坚持政教分离、固守王权至高无上的统治地位，这在西藏中世纪以后各地方政权中显得十分与众不同。藏传佛教后弘期发展到12世纪以后，教派层出，各宗派以寺院为据点，依恃僧众和信徒的拥护各竖一帜，其中一些教派直接与政治势力合流，构成政教合一的特殊体制，并且纷纷与中央政府取得联系，先后受元、明两代历任皇帝赏赐封号，煊赫一时。历史上影响最大的是萨迦政权和帕木竹巴政权。

13世纪上半叶，八思巴被元世祖忽必烈封为国师，兼管总制院事，统领西藏十三万户，自此萨迦派政教合一的地方政权就基本确立了。萨迦法王的继承是采用父子或叔侄相传的方法，14世纪前半叶，法王后裔分裂为4支，后有3支绝嗣，仅剩下都却拉章（“拉章”，藏语意为“喇嘛官邸”）一支。这一支又分为彭措颇章（“颇章”，藏语意为“宫殿”）和卓玛颇章两房，萨迦法王分别由这两房中的长子轮流担任，统领管辖地区的政教两界事务，下设僧俗官吏系统。

帕木竹巴噶举政权更为典型，教派的主寺——丹萨替寺的寺主职位曾被山南地区望族郎氏家族所占据。14世纪初，丹萨替寺寺主扎巴仁钦兼任帕木竹巴万户长，集政权、族权、神权于一身，形成教派和地方政权二位一体的体制。此外，噶玛噶举派、直贡噶举派也都曾建立过短时间的政教合一的政权。(www.daowen.com)

在这样一个大的历史背景下，古格政权仍然能够自始至终顽强保持着王权的独立性和至尊地位，不能不说是一个奇迹。这不但在史籍中有所记载，古格故城壁画中的一些画面也反映了这一真实的历史现象。红殿的礼佛图中，国王、王子、王妃和其他王室成员居无量寿佛左侧，依尊卑长幼次序排列，僧侣们居佛的右侧，僧俗分明，不相混杂。所有供佛的物品和外邦使节送来的礼品全都摆放在王室成员面前，而僧侣们则处于接受布施的地位。坛城殿的朝礼宝杖怙主图中，虽然僧人与王室成员并排而坐，但明显屈居其后。从古格故城的总体设计和建筑布局也可以看出，王宫、议事厅等建筑全部位于山顶，形成一个居高临下的王宫区。而佛教殿堂和寺院主要分布在山坡或山脚下，明显以王宫为中心。古格王国作为王权独立的最后一个堡垒，一直到1630年才被攻破。