在现有记载古格历史的藏族史书中，第九代古格王那德（或称那噶德）之后直至古格中后期这段历史时期，史料缺乏，史实模糊，这让许多研究西藏中世纪史的学者大伤脑筋。但藏文史籍中几乎均记载了那德的继承者赞秋德去了亚泽并统治那里，意大利藏学家伯戴克认为“那德之后，亚泽的国王们显然维持了对古格和布让某种程度上的宗主权”，“在一些年代里，亚泽似乎是喜马拉雅地区最高权力的拥有者”。之后，古格王系在西藏史学家的书中往往以“继某王之后是某王”来表示，没有时间和地点。自从藏文产生以后，文化教育一直是少数贵族和僧侣的特权，撰写历史典籍的工作的往往由僧侣担任，因而使得大部分史书内容都成为宗教史，而不是王国的编年史。他们认为一个国王在位期间发生的重要事件无非是对寺院、圣山的布施，对寺院修建、佛像塑造、经典翻译以及佛事活动的支持，而对于政治制度、战争、贸易往来、民俗物产等方面或是置若罔闻，或是简简单单地一笔带过。

被后人奉为西藏经典史书的《西藏王统记》在记述到第九代古格王那德之后，便中断了古格王世系，只有在《直贡世系》《圣山志》《拉达克王统记》中才能找到一些零星的记载。根据《拉达克王统记》，大约在1150年之前的一段短暂时期里，拉达克王喇钦乌德巴拉曾经占领了古格、普兰，但仍然保留了古格的王系。12—13世纪，古格王室在王位继承权上产生矛盾，分裂为两个相互敌视的政权，皮央·东嘎曾一度成为与古格都城札布让分庭抗礼的政治势力中心。1268年至1368年期间，元朝中央政府在西藏设立十三万户，萨迦政权曾向阿里派遣都元帅，管理阿里三围事务，但没有证据表明元朝廷曾对古格王国实施有效管理。只知道他们在玛旁雍错设立了驿站。13世纪至16世纪，直贡派作为圣山冈仁波齐的法主，曾数次接受古格王的布施，其中提到6个不同时段古格王的名字。16世纪上半叶古格王吉丹旺久采取和亲政策，将女儿嫁给拉达克第21代王甲央朗杰。16世纪下半叶，拉达克王才旺南杰曾发动对古格的战争，古格王国一度成为向拉达克进贡的属国。我们能够知道的这一段古格历史仅仅有这些不相连贯的国王名字和事件。(www.daowen.com)

但较多的宗教事件在一些藏文佛教文献中得以保存。1339年布顿大师给当时的古格王写信，请求他依照拉喇嘛益西沃和仁钦桑布的榜样保护佛教。15世纪20年代，宗喀巴弟子之一的阿旺扎巴回到故乡古格，在古格王室的支持下传播格鲁派（黄教）教义，不但使古格王国最主要的寺院——托林寺改宗格鲁派，还建立了一些新的寺院，并在东嘎寺担任堪布（住持），举行大规模的宗教仪式。16世纪后半叶，当时古格国王的弟弟协饶沃色担任古格最重要的几座寺院的堪布，如洛当寺、芒囊寺、多香寺、香孜寺等。17世纪初，古格国王赤·南杰扎巴桑波和他的伯父拉尊邀请一世班禅访问古格，此事成为日渐没落的王国最后的辉煌。