洪武三十一年（1398年），朱元璋病死，皇太孙朱允炆即帝位，年号“建文”，史称建文帝。

当时藩王强盛，且重兵在握。尤其是燕王朱棣，兵精粮足，雄心勃勃。建文帝听取了兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄的计谋，就迫不及待地开始“削藩”。在不到一年的时间里，他先后削除了周、湘、齐、代、岷五个藩王爵位，废他们为庶人。朱棣当然不甘束手就擒，于是打起“清君侧”的旗号，起兵“靖难”。

经过四年战争，在一片熊熊大火中，建文帝不知所终。朱棣率军攻入南京，杀进皇宫，用武力推翻了侄子的统治，于是自己黄袍加身，登上皇帝宝座，史称明成祖。随即朱棣把那些曾为建文帝出谋划策、领兵作战的亲近之臣，共五十多人颁榜于朝堂，指为奸臣，分别悬赏捉拿，开始了惨绝人寰的大屠杀。

株连最广的是方孝孺案。方孝孺，浙江宁海人。父方克勤，明初科举及第，历任济宁知府，主事三年，一郡饶足，很有政绩，却受空印案牵连，被朝廷冤杀。

孝孺从大儒宋濂学，颇有文名，太祖时曾任汉中教授。建成文帝即位，召为翰林侍讲。朝廷召讨燕王的檄文，皆出其手。建文三年（1401年），朝廷军队屡遭败绩，只好按朱棣的要求，把齐泰、黄子澄诸臣贬谪出朝。这样，方孝孺的地位日益重要，成为建文帝的国事顾问。

起初，燕王领兵南下时，谋士姚广孝很看重方孝孺，请燕王勿杀，朱棣点头答应。燕王攻入南京那天，方孝孺披麻戴孝，闯入燕王官署，伏地大哭，因此被押入监狱。朱棣即位之日，特地把他从狱中放出，要他起草即位诏书。而方孝孺照旧披挂孝服，号啕大哭，悲恸欲绝。

朱棣从御榻上下来安慰道：“先生不要自找苦吃了，我是效法古代周公辅助成王啊！”方马上问道：“成王在哪里？”朱说：“他自焚了。”方又反问：“为何不立成王的儿子？”朱答：“国家仰赖长君。”方则说：“那可立成王之弟。”朱不耐烦地答道：“这是我们朱家的家事。”便示意左右递上纸笔，接着说：“今天颁发即位诏书，有劳先生起草。”然而方孝孺拿起笔愤然写下“燕贼篡位”四个大字，就掷笔于地，边哭边道：“要杀就杀，诏书绝不起草。”朱棣气极，大声吼道：“即使你不怕死，难道株连九族也不顾了吗？”方孝孺针锋相对：“即使十族，我也不怕。”朱棣怒不可遏，喝令左右用刀割裂方孝孺的嘴，同时下诏：诛灭方的十族，即九族加上朋友、门人也算一族，共八百七十三人被无辜屠杀。其妻与两子上吊自杀，两女投秦淮河而死，同时还有数千亲属因方孝孺案而被流放谪戍。直到仁宗即位，释免方案谪戍者，犹有一千三百余人。

接着，很快将在外地的“削藩”主谋齐泰、黄子澄捕回京城。朱棣亲自审问，二人都抗辩不屈，被处磔刑（碎剔分尸）。族人不管老幼全部诛杀，姻亲被流放戍边。

御史大夫练子宁，也是建文帝的心腹谋臣。朱棣即位后，将练子宁下狱审问。子宁出言不逊，即被处磔刑而死。家族被诛戮，弃市者一百五十余人，姻亲戍边。其弟嘉定知县练大亨，闻变，与妻沉河而死。

副都御史茅大芳，泰兴人。燕王起兵，大芳写诗鼓励淮南守将抵抗，辞意激昂，闻者壮志。燕王得胜见诗，便将大芳及其儿子全部诛杀，两孙死于狱中。

户部侍郎卓敬，字惟恭。建文初，他密疏上奏，要求徙封燕王至南昌，这样便于控制，以防万一。朱棣即位，责以徙燕建议。卓敬厉声叹道：“可惜先帝不用敬言。”谋士姚广孝挑拨道：“如敬言得用，皇上哪有今日。”成祖发怒，遂杀卓敬，并灭其三族。

礼部尚书陈迪，字景道，办事干练，政绩频频。燕王起兵，曾向建文帝面陈大计，并督运军储。燕王即位，召迪责问，迪抗声不屈。朱棣下令将陈迪与其子等六人磔于市，亲属被杖刑而流放者一百八十余人。(www.daowen.com)

御史大夫景清，在燕王即位后，假装归顺，被任原官职。一日早朝，景清身藏尖刀，准备行刺，不料被朱棣觉察。朱棣令士卫搜身，得所藏利刃。景清见计划败露，只得奋起大喊：“要为故主报仇。”被敲去牙齿。最后磔死，陈尸街市。此案不但宗族诛灭，祖坟被掘，且籍其乡，就是将家乡邻居父老家产全部抄没。乡人被迫流落外地，整个村子成为一片废墟，时称“瓜蔓抄”。

大理寺少卿胡闰，字松友，鄱阳人，被朱棣召见，不肯归顺，且大骂不止。朱棣令凿去他的牙齿，连同其子一同缢杀，尸体剥皮，缝为人形悬挂在武功坊。幼子流放戍边，幼女没官为奴，家族有两百一十七人被杀。同时，亲戚被籍没家产者有数百家，冤号声响彻云霄。

监察御史高翔，穿丧服见朱棣，口出不逊，也遭族诛。亲戚戍边，并被刨毁祖坟。

御史董镛，常与诸同僚一起商议战事，誓死报国。前方将领如有观望不力战者，他便上章弹劾。然终回天乏力，战败城破，董镛即被燕王所杀。家属亲戚被流放戍边，而死于边塞者就达两百三十余人。

死得最惨的是兵部尚书铁铉。战争中，铁铉率军曾用计打败燕兵，燕王中计愤恨不已。最后铁铉虽战败被俘，但一直抵抗得十分顽强。燕王即位后，铁铉被执之殿上，依然背向朱棣，直立不跪，漫骂不已。朱棣恨得咬牙切齿，下令将铁铉磔尸而死，然后投进油锅中烹熬，手段异常残忍。铁铉父母已八十有余，也被流放海南。

许多愚忠之臣，在朱棣攻克南京之际，相继自杀以殉建文帝，如御史魏冕、大理丞邹瑾、太常少卿廖昇、右侍中黄观、浙江按察使王良、礼部侍郎陈性善……而奸臣陈瑛向朱棣上奏，说诸臣不顺天命，与叛逆无异。这样，这些自杀者仍不免破家灭族之祸。其中单邹瑾一案，牵连家族亲属被杀者就达四百四十余人。

朱棣就连太祖的驸马、自己的妹夫也不放过。驸马都尉梅殷也曾辅佐建文帝，抗击过燕王。所以朱棣即位后，对驸马也怀恨在心，指派太监去驸马府中探视。太监回报说：“梅殷的脸色言辞都经常表示出愤慨不满之意。”个别大臣提出弹劾，朱棣阴险地说道：“我自会有办法处治他。”

一天，乘梅殷上朝过桥之际，前军都督佥事谭深和锦衣卫指挥赵曦把梅殷猛然推下桥淹死了，然后向朝廷谎报说：“梅殷跳水自杀。”正好都督同知许成亲眼看见此事经过，向朝廷揭发。谭深、赵曦被逮捕问罪，而谭、赵却说：“此事是皇上命令干的。”成祖知道后大怒，立即命令用金瓜击顶打死二人，然后又假惺惺地为梅殷办理丧事。

在大清洗中，建文帝宫中的宫人、女官、太监被杀戮几尽，还有许多御史、侍郎、给事中等大臣被诛杀，被灭族者也不少。总之，这场大屠杀遇害的总人数已无法统计，至少在数万人之上，而大量被发配流放、充军戍边而折磨至死者则不计其数，并将罪家女眷悉数发配教坊做官妓和军妓。朱棣还特别指示，要众多军人轮奸这些女眷，弄死了拉出去喂狗。

朱棣篡位后，毕竟做贼心虚，害怕臣民议论，于是又接连发起一场场查禁“诽谤”的运动。他把洪武末年一度废置的锦衣卫又重新装备起来，并增设东厂，与锦衣卫配合，到处派特务查办“诽谤”案，有人胆敢议论朝政是非，必严惩不贷。终成祖一朝，因告讦言论出格而被惩治之案不断。

明成祖朱棣继承父亲朱元璋残忍、雄悍之性格，任情屠戮，暴如桀纣，简直就是一个杀人不眨眼的魔王。不过从另一个角度来看，建文诸臣也迂腐得可以，他们叔侄间争夺帝位，哪里犯得着去为其殉葬，而且还要搭上亲属好友数百条性命？问题就在于中国儒家的传统思维方式，把对皇帝的愚忠放在万事之首位，以当效忠主子的奴才为人生之鹄的，而根本不懂得“人”的真正价值。