元封三年（公元前108年），司马迁接替父亲被任命为太史令，开始了宫廷史官的生活。此前，通过遍读古籍与漫游考察、民间采访，司马迁已经积累了大量的历史材料，如今当了史官，又能接触到许多皇家藏书与官方档案，这些都为编写一部贯通古今的历史著作准备了很好的条件。太初元年（公元前104年），司马迁主持了“太初历”的改制工作，很快也开始了《史记》的写作。正当司马迁全力以赴地写作这部前无古人的历史巨著之际，不料李陵之祸却降临到他的头上。

事情要从汉武帝发动对匈奴的战争说起。太初元年，汉武帝为了让他宠爱的李夫人的哥哥李广利立功封侯，便命他为贰师将军，率兵进攻大宛，到贰师城掠取汗血马。李广利率领数万人马，经过近四年的鏖战，耗费了巨大的人力物力，总算取回了几匹汗血马。此时，汉武帝下诏为报高祖的平城之仇（刘邦曾被匈奴困于平城），决定出兵伐匈奴。

天汉二年（公元前99年），汉武帝派他的小舅子贰师将军李广利，率三万骑兵，由酒泉出兵，击匈奴左贤王于天山，而派名将李广之孙李陵负责后方辎重。李陵乃名将之后，不愿如此屈居人下，而且还是管后勤之类的活，便提出要当先锋官，吸引匈奴的主力，以保证贰师将军出击取胜。汉武帝听了道：“现在我手上分不出骑兵给你。”李陵一听也急了，就说：“不用骑兵，只要带手下五千步兵，就能直捣匈奴单于的老巢。”汉武帝见他如此英勇要强，也就答应了，并派强弩校尉路博德带一支人马作为侧应。

李陵率五千步兵，从居延向北进军，走了一个多月，在浚稽山安营扎寨。由于李陵军长驱直入，很快被匈奴的三万骑兵团团包围。李陵军奋起杀敌，开始士气很盛，追杀了匈奴数千人。单于大惊，没想到这么点汉人步兵有如此强的战斗力，便又调来八万骑兵夹攻。李陵只能一路战，一路向南退却，第二天又杀了匈奴三千多。由于接连数天的作战，李陵的士兵已大半负伤，重伤的放上车，轻伤的扶着车依然战斗。经过十余天的苦战，又不见救兵，终因寡不敌众，只剩十来个人，李陵受伤被俘，向匈奴投降了。此后，李广利所率三万骑兵也被匈奴打得丢盔卸甲、溃不成军，这次出师进攻匈奴以惨败告终。

好大喜功的汉武帝，由于这次惨败食不甘味，情绪极坏。一些阿谀奉承之徒讳言武帝的小舅子贰师将军之败，就把失败的责任诿过给李陵。当武帝召问司马迁的时候，司马迁直言陈述了自己对李陵的看法，认为李陵品德高尚，深得士兵爱戴，有“国士之风”，此次赴国家之难，率步卒才五千，却与匈奴鏖战半月余，转战数千里，杀匈奴兵也达数千之巨，最后由于救兵不至，弹尽粮绝、伤亡惨重而被俘投降，是不得已之举。司马迁还认为，李陵虽已投降，但在适当的时候，他还是会报效国家的。况且他在此战中杀了那么多匈奴，怎么也可以功过相抵了。(www.daowen.com)

司马迁直言谈出自己的看法，原想以此安慰汉武帝。不料，武帝却认为司马迁在为李陵开脱，而将罪名加给自己的小舅子李广利，便将司马迁下狱判罪。其实，此战失败的原因很清楚，主要是汉武帝指挥部署的轻敌所致。汉武帝令李广利率三万兵马就要与匈奴决雌雄，尤其是同意李陵率五千步兵深入敌后，这哪里是十几万匈奴骑兵的对手？加上李广利本非将才，指挥不力，手下兵马没有很好地配合，才被匈奴各个击破。所以，明明是汉武帝应负主要责任，此时却强加给说了几句实话的司马迁。

次年，又传来李陵在匈奴教单于练兵以对付汉军的消息，后证实为讹传。然武帝信以为真，未经核实就下令把李陵的母亲、妻儿全家处死。司马迁以诬罔主上的罪名，也被判死刑。按照当时的法律，司马迁若想不死，只有两条路：一是交纳五十万钱赎金，二是受腐刑（即宫刑）。司马迁出身清贫的史官之家，拿不出那么多钱。为了完成自己早已定下的志愿，也为了继承父亲的遗志，司马迁决定下“蚕室”接受宫刑。太始元年（公元前96年），司马迁出狱，由于他的家传才能，朝廷仍任命其为中书令。司马迁除了作为皇帝秘书处理日常工作外，便将全部精力都放在《史记》的撰写上，大约四年后完成了这部五十二万余字的巨著。

司马迁因李陵事件遭受宫刑，虽然身体被强权残酷阉割，但却依然坚守独立之人格，保持思想之自由，最终完成了被称为“千古绝唱”的《史记》。司马迁作为御用史官，却能在受到极端凌辱之后写出个性鲜明的作品，可称千古一人。他那豪放生动而能通古今之变的文笔，那独立不羁而成一家之言的史诗，是中国历史文化中光彩夺目的亮点。司马迁以他毕生的精力写成的《史记》，在我国古代史学史、文学史、思想史上竖起一座巍峨的丰碑。