在充分了解《审查指南》在专利诉讼中适用的重要性和必要性的基础上，更重要的是对症下药，确立在专利诉讼中正确适用《审查指南》应遵循的基本原则以及具体操作方法。

1.严格遵循“法不溯及既往，从旧兼有利”的原则

自古以来，我国在司法层面大多秉持着溯及既往的原则，直至1979年制定刑法时才规定了“从旧兼从轻”的不溯及使用原则。在2000年的《立法法》这一宪法性法律文件中才确立了“法不溯及既往，从旧兼有利”的原则。[40]在司法实践中难免出现法律法规的错误适用。作为部门规章的《审查指南》，其司法适用是否应坚持该原则、如何坚持该原则，学界和司法界的认识则更为含糊，甚至不当，致使该原则难以严格贯彻执行。

（1）不宜采用“新的规定优于旧的规定”原则。有观点认为，基于《立法法》第92条[41]的规定，作为部门规章的《审查指南》在专利诉讼中适用时，应当遵循“新的规定优于旧的规定”的原则。

笔者则认为，该观点混淆了《立法法》第92条与第93条的本意。第93条涉及法的溯及力，回答新法生效以前的行为究竟适用新法还是旧法的问题，第93条规定通常情况下应适用旧法。相比之下，第92条是关于同一机关制定的规范性文件不一致时的适用规则，面对同时有效的两个规范性文件，第92条明确表示，新的规定优于旧的规定。[42]

《审查指南》在专利诉讼中的适用仅涉及不同版本《审查指南》相关规定的解读，属于法的溯及力问题，并不涉及《审查指南》与国务院专利行政部门制定的其他规范性文件中相关规定之间的竞合。因此，在专利诉讼中适用《审查指南》时，不宜采用第92条确定的“新的规定优于旧的规定”的原则，而应遵循第93条确定的“法不溯及既往，从旧兼有利”原则。

（2）对“实体从旧，程序、解释从新”原则的质疑。另有观点认为，《审查指南》的法律属性应为“立法性行政解释”，并不改变或影响专利法相关规定的立法本意，而只是对执法标准和执法方式的解释说明；在时间上，应当回溯至被解释法律施行之日发生作用。[43]

作为佐证，该观点援引2006版《审查指南》中的《施行修订后审查指南的过渡办法》[44]（以下简称《过渡办法》），并认为1993版、2001版、2006版《审查指南》应遵循《过渡办法》的相关规定，事实上是以溯及既往为原则。对于缺少《过渡办法》的2010版《审查指南》，该观点认为应遵循“实体从旧，程序、解释从新”原则[45]。

对此，笔者有不同意见。

首先，《过渡办法》仅在2006版指南中出现，而在2001版和2010版《审查指南》中均无相应的《过渡办法》，司法实践中也鲜有引用该《过渡办法》作出的裁判。

其次，持有上述观点的专利复审委员会将《审查指南》中的法律规范分为实体性规范、程序性规范和解释性规范，[46]继而确定了上述“实体从旧，程序、解释从新”的原则。

这种原则看似符合我国法学界的通常认知，即程序法并不遵循溯及既往的原则。这种认知的一个潜在前提是，新法中关于程序的规定必然优于旧法，针对程序性问题适用新法，能够从程序优化的角度促进诉讼程序更好更快地进行。[47]

然而，这种自我创设从法理上造成了对《立法法》及其确立的基本法治原则的僭越，存在以表面的合理化损及合法化的根本要求之虞。事实上，“实体从旧，程序、解释从新”与“从旧兼有利”未必一致。

例如，国家知识产权局在对外举办的2017年《审查指南》修改宣讲会上指出，新的《审查指南》于2017年4月1日起施行，不设立过渡期，未结案件适用新规；遵循有利于当事人的原则。

此次修改主要涉及以下几个方面：涉及商业模式的技术方案、涉及计算机程序的发明、关于补交的实验数据、无效宣告程序中权利要求的修改方式等。北京市高级人民法院认为，相关规定均较旧版《审查指南》趋于宽松，因此该做法符合“从旧兼有利”的原则。[48]

在笔者看来，此处全部适用新规，遵循的自然不是“从旧”原则，实质上遵循的是“从旧”原则的例外，即“有利”原则。除了无效宣告程序中专利文件的修改方式的规定属于程序性规范外，其余规定均属于实体性规范，国家知识产权局依然决定对其适用新规，其遵循的显然并非专利复审委员会创设的“实体从旧，程序、解释从新”原则。(www.daowen.com)

另外，“程序从新”未必“有利”。当然首先需要澄清的一个问题是究竟“有利”于谁。

《立法法》确立的“从旧兼有利”原则规定：“为了更好地保护公民、法人和其他组织的权利和利益，法律规范可以有溯及力。这里的‘公民、法人和其他组织’是指法律、法规、规章等在具体事件中所直接指向的个别公民、法人和其他组织，是法律、法规、规章等特定的调整对象，不是泛指，不是为了保护多数人的利益而使法律、法规、规章等具有溯及力。”[49]从这个角度讲，社会公平和公众合法权益并非《审查指南》基于“有利”原则的适用目的，这与专利法的私法属性却也更为匹配。

然而，这与“利益平衡论”中认定的知识产权法律制度的基石，即对知识产权人的私权利益与公共利益之间的利益平衡，[50]似乎并不一致。国家知识产权局在《审查指南》修订过程中也注意到了这一点。[51]更有学者认为，“有利溯及的裁量属于公益衡量”。[52]

以专利无效宣告程序为例，无效宣告请求人的介入令情况更复杂，该行政确权程序由此有别于行政授权程序中专利局对专利申请人/专利权人单方的行政审批性质，而更具无效程序双方当事人之间的对立性。不论对社会公众权益造成何种影响，对一方当事人“有利”，也不可避免地会对另一方当事人“不利”。

因具有对立性的多方当事人利益分配不均给“有利”原则造成的窘境，或许可以通过在该场景下避免适用作为例外的“有利”原则，回归最基本的“从旧”原则来化解，而这并不是对“有利”原则本身的否定。这是一个未决问题，篇幅所限，本文恕不展开。

复次，“解释从新”中的解释性规范，“在某种特定的意义就是再创造，通过这种再创造，或者使原来含混不清的地方得以澄清，或者使原来没有包含的内容包含进去”，[53]甚至可能造成对法律的误读与变更。因此，在《审查指南》的法律适用问题上若遵循“解释从新”原则，可能影响到法的安定性和信赖利益保护，本文对此持保留态度。

对此，专利复审委员会也较为谨慎，认为只有满足以下两点，在《审查指南》的法律适用问题上才能遵循“解释从新”原则：第一，《审查指南》的相关规定与专利法及其实施细则并无冲突；第二，新的《审查指南》的适用不会损害当事人的信赖利益。[54]这也从侧面反映了“解释从新”原则的严苛性和不确定性。

最后，“实体从旧，程序、解释从新”貌似具有较明确的操作指引，实则需要执法人员、申请人/专利权人对《审查指南》中的相关规定的属性进行主观预判，由此产生法律适用的极大不确定性，损害各方的信赖利益。

综上所述，最简单、直接、合法、合理的方式就是追本溯源，严格遵守“法不溯及既往，从旧兼有利”的基本原则，省略中间环节，准确确定并适用正确的《审查指南》版本。

2.准确理解并适用不同版本《审查指南》的相关规定

“从旧”只需严格把控时效，不难执行。“有利”则需要对不同版本《审查指南》的相关规定进行极为准确的理解与把握，甚至需要区分“有利”的对象，而这实属不易。

如上所述，《审查指南》历经多次修订，涉及多项规定的实质性或非实质性调整。为了在专利诉讼中正确适用《审查指南》，尤其是确定不同版本《审查指南》中的哪一版本的规定更为“有利”，需要准确把握其应有之意。唯有如此，才能切实履行“从旧兼有利”原则，更好地兼顾程序公正和实体公正。

3.回归立法本意，基于法理定分止争

人民法院在专利诉讼中可以参照适用《审查指南》，但当不同版本《审查指南》的规定存在分歧，或者各方对《审查指南》具体规定的解读存在争议，甚至《审查指南》具体规定与上位法存在冲突时，回归到专利法及其实施细则的立法本意，基于法理定分止争，不失为一种明智之举。