上文虽然将公司机构的设置和产生办法解释为合同，非经全体股东一致同意不得修改，但是也存在这类条款转化为自治规则的可能，即无须全体股东一致同意，只需满足修订章程的特别决议即可。当这类条款所设置的机制不够合理，导致出现公司僵局时，即应如此。实践当中经常出现组织机构的设置和产生办法安排不合理的情况，例如，章程中直接写明由某自然人担任董事长、执行董事、总经理、法定代表人，一旦该自然人因个人原因无法履职，公司便陷入困境。又如，某公司章程中规定，公司总经理为法定代表人，由小股东提名。通常情况下，该条款应作为合同对待，不应修订章程删除小股东提名的条款，但若面临经理被董事会解聘，经过董事会催促并提供合理期限的情况下，小股东仍然不向董事会提名经理候选人的困境，应允许召开股东会修订公司章程，否则将使公司经营管理陷入严重困难，损害各股东利益。厦门市中级人民法院在一则案例中即表达了如此立场：在公司章程的机构和制度设计不尽合理时，投资者有权依照《公司法》第4条规定行使“选择管理者”的权利，出资最多的投资者有权召集全体投资人讨论决定董事会人选。虽然公司章程没有股东会或者投资人会议这个机关，但被告公司仍然必须执行投资人会议所作出的决议，履行申办董事会成员变更登记手续的义务。控股股东有权通过改变董事会结构达到修改章程的目的。^[50]

当然，如果此时大股东的持股比例不足以修订公司章程，将使公司彻底陷入僵局，只能进入司法解散程序。因为如果董事会不顾小股东的提名而直接聘任经理，该决议一定违反了公司章程，小股东可以依据《公司法》第22条撤销该董事会决议。但这是与章程性质无关的其他问题了，在此不赘。(www.daowen.com)