对于行政机关作为环境民事公益诉讼原告这一问题，面对支持者与反对者所给出的众多论据，所有的争论都涉及实务和理论两个层面。但实务层面离不开理论层面的指导和支持，理论层面又离不开实务层面的支撑与检验。因此，对于该问题的理解便需要从以上两个层面进行把握。

理论层面而言，无论是根据《海洋环境保护法》之规定赋予海洋环保行政机关以原告资格，还是按照《试点方案》由试点地方省级政府经国务院授权后作为本行政区域内生态环境损害赔偿权利人。从表面上来看，都是将生态环境损害赔偿诉讼的起诉权赋予了行政机关。但如果一直在权利语境中探究此问题，便面临着两个诘问：第一，行政机关所主张的利益究竟为何？第二，行政机关提起诉讼的权利性质又是什么？显然，此种赔偿诉讼所主张的利益是生态环境之服务功能利益，但是此种利益又是行政机关这一主体难以“肩负”的，其提起此种诉讼绝非是为了自身利益，也绝非是某个个人、群体、组织之利益，而是整个人类的生态环境之功能利益。耶林曾言：“如果以维护社会秩序为目的，个人主张权利就是权利人对社会所负的义务。”^[49]而行政机关在此种诉讼中所扮演的角色恰如耶林所言，行政机关提起此种诉讼是在维护全人类之环境功能利益，其实质是在承担运用国家权力来维护和改善生态环境的责任，这明显是一种义务（职责）的履行。一旦将问题拿到义务语境下予以探讨，则上述两种诘问也便不复存在了。^[50](www.daowen.com)

实务层面而言，由于《环境保护法》《行政处罚法》《行政强制法》等法律法规已经赋权行政机关通过行政许可、行政处罚、强制履行等方式维护和救济生态环境，所以，严格执法足以实现停止侵权、治理污染、恢复原状等环境公益诉讼的目的。换言之，只要公权力没有失职、失灵，行政机关提起公益诉讼的必要性其实是很低的。但也不能仅仅据此便对行政机关的公益诉讼主体资格武断地予以否定。毕竟行政机关因为法律的规定，负有保护环境生态服务功能之职责，如果确实存在行政手段难以满足履行职责之需要的情况，那么采取必要的司法措施亦未尝不可。基于此，行政机关只有在严格履行自身职责的基础上，确因法律利害关系而有必要通过诉讼维护公共利益这种具有例外性质的情形下，才能够作为原告提起环境公益诉讼。因此，即使允许行政机关提起环境公益诉讼，也应该以行政机关切实履行了监督管理职责、采取了行政强制措施或者行政处罚措施作为前提。只有行政性救济措施不足以救济公共利益时，行政机关才满足提起环境公益诉讼的条件。如果另有行政机关负有相关职责，则无此职责的行政机关便会因没有法律上的利害关系而无权提起公益诉讼。^[51]以上种种都需要必要的制度做保障。