针对生态环境损害赔偿问题的解决，实践中存在着两种比较典型的处理模式：其一，由环境保护行政主管机关与污染企业之间通过协商进而达成生态修复协议，并且由环境保护行政主管机关来主导后续的修复工作；其二，由环保公益组织提起环境公益诉讼，由审理法院来主导整个案件的审理过程，并且注重相关判决履行的方式与后果，其整个审判过程带有浓厚的职权主义色彩。^[42]

而由环保行政机关或者司法机关单独主导生态环境损害赔偿可以说是各有利弊。以“康菲溢油案”和“泰州案”两个案件的处理结果为例。首先，“康菲溢油案”的赔偿问题之所以能在较短的时间内得到解决，是因为海洋行政管理机关不仅处于一种强势地位并且积极推动谈判的进行，而赔偿义务人则是迫于各方面的压力而难有进行讨价还价的余地。而在“泰州案”中，有关生态环境损害赔偿的磋商活动主要是由司法机关予以推动，由于司法之谨慎性再加上法院欠缺在环境科学方面的专业知识，使整个案件的处理周期被大大延长。其次，“康菲溢油案”在涉事企业与相关行政主管机关达成赔偿协议之后又被环保公益组织再次起诉，原告中国生物多样性保护与绿色发展基金请求法院判令被告对损害的渤海生态环境进行修复，使之恢复到溢油事故发生以前的状态。之所以会发生先行政赔偿协议后司法诉讼的情形，主要是因为之前由涉事企业与行政主管机关所达成的赔偿方案与协议缺乏具有司法终局效力的确认，并且海洋行政主管机关同涉事企业所达成的赔偿协议又远不能弥补整个海洋生态环境所遭受的损害。最后，“康菲溢油案”所赔付的资金到位情况要远好于“泰州案”，其中并没有出现相当部分的赔偿金被“延迟支付”或者被大量抵扣的情形。而针对这一点也不难理解，在当前司法执行效率低下、执行不力的背景下，行政权力对于企业的威慑力较之于司法执行更容易也更快捷。而纵观两案中两种处理模式的利弊及其原因，若将行政机关主导下谈判磋商效率高、赔偿资金到位快的优势，与司法机关主导下判决内容更全面且具有终局效力的优势结合起来，必将极大地改善环境公益诉讼的司法现状。^[43]

在通过司法机关主导生态环境损害赔偿这个问题上，支持者认为以行政机关为主导推动环境公益诉讼进程，行政机关作为环境公益诉讼的提起者和主要推动者，能够避免或减少法院在生态环境损害赔偿案件中所耗费的大量时间和工作量。基于对当前司法实践的考察，法院作为裁判者为处理好环境案件要周旋于污染者和地方政府之间，既需要考虑地方环境污染状态之现实，又要考虑社会稳定、地方经济利益等众多因素，使得办案法官不仅面临来自各个方面的巨大压力，同时徒增大量的工作量。而就生态环境损害赔偿这一问题本身而言，这些本来就不应该是法官办案所要涉及的范围，法院实际上只是被动地参与到“法院-污染者-地方政府”的三方博弈之中，如此一来就难免会影响其居中裁判之法律地位和权威。因此，针对生态环境损害赔偿制度进行设计之时，应当把法官从社会维稳、地方经济发展等应当由地方政府和污染者考虑和解决的问题中解放出来，只负责对案件本身之事实和涉及之法律进行裁判，对政府与污染者谈判所得出的赔偿方案进行审查以及裁决该方案是否通过、是否需要进一步修改。司法机关在公益诉讼中应该扮演的是行政权力的限制者和诉讼弱势一方合法利益的保护者，^[44]而绝非三者之间的“和事佬”。

当然，针对上述情况之考察，这其中最大的担忧应该是地方政府和污染者之“合谋”情形的发生，但这一问题存在的一个前提预设就是地方政府站在了环境保护的对立面。而基于当前的政策背景和政治实际之认识，这一预设的可信度本身就值得商榷。因为生态文明理念提出之后，地方政府官员考核机制发生重大变化，致使地方政府不会仅仅为了发展经济而轻易忽视环境保护。而且除此之外，法院在应对这一问题时也并非无计可施：在整个诉讼过程中，法院在对证据、鉴定意见等信息的处理方面处于优势，进而使法官可以据此做出独立判断。比如，法院根据现有信息或者通过组织专家听证会的方式，并结合生态受破坏之实际情况以及修复所需的技术要求，可以合理推断出对损害赔偿数额、范围、方法的心理预期，而这一“心理预期”即是对行政机关同涉事企业所达成方案的合理限制，法院可以通过审查涉事企业与行政机关所达成的协议，以避免行政机关因包庇污染者而导致赔偿金额过低，或避免行政机关利用强势地位“压榨”污染者，使污染者合法利益受损情形的发生。^[45]

反对者认为，就环境民事公益诉讼而言，它属于民事诉讼的具体类型，应当遵循民事诉讼的基本原则。由于民事诉讼解决的是平等主体之间的人身关系、财产关系和相关法律关系，诉讼原被告双方当事人应当具有平等的法律地位，这种诉讼当事人平等原则也是当事人平等的民事实体法律地位在诉讼中的体现。“民法调整的社会关系的性质决定了民事诉讼的特性，即平等主体之间的争议解决过程。实体法领域中的‘理性原则’也必然要在民事纠纷解决领域中得到具体体现和延伸。”^[46]显然，正是这种民事诉讼当事人地位平等原则根源于民事法律关系的性质，要求民事诉讼当事人一方不应在民事法律关系中凌驾于另一方之上。正是在这个意义上，赋予行政机关环境公益民事诉讼主体资格扭曲了诉讼制度的基本原理，因为在进入环境民事公益诉讼之前，行政机关与被告之间并不存在民事法律关系，而是一种行政执法上行政主体与行政相对人的命令与服从的行政法律关系。赋予行政机关环境民事公益诉讼主体资格，在本质上是将原先存在的行政法律关系扭曲为民事法律关系，由此会带来一系列自相矛盾的后果。(www.daowen.com)

第一，违背民事诉讼的“当事人处分原则”。根据民事诉讼这一基本原则，是否提起诉讼、是否撤诉，原告均有权决定；是否和解，双方当事人可以协商解决。但是如果行政机关成为环境公益民事诉讼的原告，是否可以决定起诉与否，撤诉与否？如果不起诉，那么这种不起诉在性质上是一种什么行为——民事行为还是行政行为？是否会因构成“行政不作为”而成为另一类环境公益诉讼（环境公益行政诉讼）的被告？如果行政机关作为环境民事公益诉讼的原告，能够不遵循民事诉讼的这一基本原则，那么这样的诉讼还能被称为“民事诉讼”吗？

第二，违背民事诉讼证据平等独立获得的规则。一方面，由于民事诉讼遵循“谁主张谁举证”的原则，如果行政机关作为环境民事公益诉讼的原告，应当负责举证证明被告有环境公益侵权的事实，那么，它应当对被告是否存在违法侵权的事实进行调查取证。但是，由于在进入诉讼之前，双方之间是不平等的行政法律关系，行政机关能够对行政相对人行使行政调查权，行政相对人有义务予以配合、服从行政调查。而这种行政调查结果却可以成为行政机关以“原告”身份起诉行政相对人的“民事诉讼”的证据，这显然违背了民事诉讼当事人双方平等独立获得证据的规则——民事诉讼当事人双方不应存在一方配合另一方调查取证的荒谬状况。另一方面，行政机关在进入环境公益民事诉讼之前的调查取证行为在本质上属于行政调查的行政行为，作为环境民事公益诉讼的被告，显然也可凭借行政相对人的身份对行政机关提起行政诉讼。如此一来，民事案件与行政案件、原告与被告必然会纠缠在一起。

第三，违背了民事诉讼原告自己承担诉讼费用的要求。根据民事诉讼的一般规则，民事诉讼原告应当预交诉讼费用，如果败诉将承担相应的法律后果（包括可能承担诉讼费用）——这也是法律对当事人应当为自己的行为承担责任的道义要求。如果行政机关作为环境民事公益诉讼原告败诉了——既然进入诉讼程序，由司法机关客观公正进行裁判，便存在败诉的可能，除非司法不公，司法机关早已与行政机关达成一致，务必致被告于败诉境地——当然也可能因此承担诉讼费用，那么这种费用显然并非行政机关“私”的费用，而行政机关的所有经费均来自于财政、来自于纳税人——而纳税人所缴纳的税费通过国家财政拨款方式拨付给行政机关的目的，是为了行政决策与行政执法，并不是用以支持行政机关以“民事主体”的身份提起“民事诉讼”，哪怕这种民事诉讼被理解为追求公共利益。

第四，由行政机关作为生态环境损害赔偿诉讼的原告可能会造成特定风险，^[47]进而有损法治精神。由行政机关作为生态环境损害赔偿诉讼的原告，则行政机关对于诉讼的发起具有主动性和选择性，一旦涉及能够影响当地财政、就业以及官员升迁的污染企业，便容易出现“政企合谋”的情形，行政机关可能会故意使污染者逃避或减轻责任。与此相反，环境行政机关还可能基于国家环保政策大背景之要求、创造政绩之需要、借力打力等方面之考虑，将一些原本可以通过行政手段予以救济之情形选择通过诉讼的方式解决，在此基础上与“能动司法”背景下的法院对污染企业形成一种“联合打击”。此种情形下，环境行政机关相对于污染者本身就具有优势地位，如此再与法院实现联合，则会使整个生态环境损害赔偿诉讼转变成一场没有任何悬念的“过场式审判”。无论是上述哪种情形的出现，都会对法治精神造成损害。^[48]