在对行政权与司法权之间关系影响方面，支持者认为如果站在对行政资源与司法资源进行优化配置的角度，让行政权在环境司法中承担更大的责任非但不是司法权与行政权的“错位”，反而是某种意义上的“归位”。^[37]并且，在中国当前环境行政权力强势背景之下却存在普遍的执法不力之现状，由检察机关和社会组织提起的环境公益诉讼无疑是对这种现状的“纠正”。当然，支持者也承认“联合执法”情形的出现是对“错位”进行纠正之后的“过火行为”，而授权由行政机关作为生态环境损害诉讼之原告则是对行政权与司法权关系的平衡。并且，为了平衡行政权与司法权，与之相对应的是2015年《试点方案》规定经国务院授权的地方省级政府作为生态环境损害的赔偿权利人，并且确定将“主动磋商，司法保障”作为试点原则，而这些正是基于优化行政资源与司法资源配置考虑所进行的重要体制机制创新。“赔偿权利人”主体地位的明确规定，意味着只有省级人民政府才享有生态环境损害赔偿各种程序与实体权利最终的决策权和处分权，而受其指定的相关部门或者机构其身份只是诉讼中的受托人或命令的执行者，如此之规定保证了行政权力行使的谨慎性与行政机关内部的自我约束，并且能较大限度地避免“政企合谋”或“联合打压”之风险的出现。^[38]

反对者认为，由行政机关作为原告进而提起生态环境损害赔偿诉讼，“使得针对环境公共利益事务方面实际上衍生出了两套并行的机制类似、功能重叠的法律程序”^[39]，必然会造成行政权与司法权的错位。因为根据宪法之基本原理，在各种国家公共权力之间的关系方面，国家的立法部门、行政部门和司法部门基于其功能性之间的差异而承担着不同的公共任务，行使着不同的公共权力，而且彼此之间不得越俎代庖。^[40]依据各个部门的职权划分，环境行政机关对环境公共事务负有管理职责而非由司法机关负责，更何况环境行政机关在人员编制、技术支持、执法手段等方面拥有其他部门所不具有的独特优势，依靠其行政权力之运用理应能够应对生态环境损害的赔偿工作。但是如果允许环境行政机关作为原告提起诉讼，则往往会出现一种状态，即在行政资源无法充分利用的情况下还要额外占用大量司法资源，造成国家职能部门资源的浪费，同时还会造成环境行政机关与法院两种机关在整个环境法治进程中出现角色混乱的状态。(www.daowen.com)

对于这一争论点的研究引发了对于另一个问题的思考，即在环境保护领域，究竟是应该主要通过以对公民权利的救济为核心而间接对执法权进行监督，还是以对执法权的监督为核心而间接对公民权利进行救济？对于这个问题的回答，何者是第一位的，何者是第二位的，是分析司法与执法边界不可回避的问题，也是判断是否会真正造成行政权与司法权混乱的基础。而通过对司法执法之现实权力运作的理论分析，我们可以发现检察、审判机关与执法权力的边界模型呈现出不同的样态：检察机关应以对执法权力的监督为核心间接实现对公民权利的救济展开司法叙事，审判机关应以对公民权利的救济为核心间接对执法权力的监督展开司法叙事。^[41]但是针对环境公益诉讼则必须把握好司法权与行政权之间的平衡。