分析学者所主张的几种主要模式，环境民事公益诉讼为主的模式将被告主要限于环境污染和生态破坏之企业或个人，诉讼请求之核心更多倾向于民事责任之承担，环境公益诉讼对于政府之监督功能受到限制，从而沦为行政执法之辅助。环境行政公益诉讼为主的模式则恰恰相反，将被告主要限于环保行政机关和政府，环境公共利益之保护主要通过监督政府来间接实现。统一的环境公益诉讼模式在我国现有的民事诉讼与行政诉讼区分的司法体制背景下，只会造成制度改革成本之提高，而无益于整个环境公益诉讼制度之实践和发展。

考虑到我国司法制度及传统，我国已经承续了大陆法系国家民事诉讼和行政诉讼区分的诉讼体制，并且两种诉讼分别适用不同的诉讼程序规则。尽管针对环境公益诉讼制度两种诉讼程序可能并未设置专门程序，似乎在此基础上设置或改进，从成本与收益的视角进行考虑，似乎更容易接受。况且根据《民事诉讼法》《环境保护法》以及《行政诉讼法》等相关法律的规定，我国已经初步形成环境民事公益诉讼和环境行政公益诉讼并存的环境公益诉讼模式。除此之外，基于我国环境公益诉讼之实践背景，环保组织针对污染者提起公益诉讼自始存在，并且环境行政机关基于某种因素的考虑也希望通过环境公益诉讼来弥补环境行政执法之缺陷。由于环境公益诉讼不仅要承担起监督普通污染者之功能，所以，更不可忽视对于环境行政机关之监督功能。因此，产生环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼二元并存之诉讼模式也存在一定的必然性。

在环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼二元并存模式下，二者各自承担相应的角色，存在区别却又相互协作，共同保护环境公共利益和维护环境法律秩序。而基于环境公益诉讼“非常规武器”之制度定位，无论是环境民事公益诉讼还是环境行政公益诉讼，都要贯彻行政优先解决之原则，如此才符合司法权与行政权之关系定位。而进一步由此延伸出来的问题便是环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼的顺位之争，即前文所讲的两种诉讼之内部平衡问题——环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼的顺位安排问题。针对当前环境公益诉讼制度的运行困境，实务界和学界在从案件选择标准、原告资格认定、程序规则完善和责任规则创新等方面探索完善环境民事公益诉讼制度的同时，也开始从更宏观的层面反思环境公益诉讼制度建设的结构与顺序。有学者从环境民事公益诉讼制度设计内生困境、逻辑错位，行政机关的环境公益代表性优位于环保组织，以及行政权的行使会对环境公益造成更大影响等角度，论证了环境行政公益诉讼制度应当在立法顺序与运行环节上先于环境民事公益诉讼制度。^[44]

这一问题是环境公益诉讼制度设置之一大困境，因为其既是一个实体设计难题，又是一个程序安排难题。环境公益诉讼制度自从我国出现之始，便存在类型化之争与顺位之争两种争论。前者是指对于环境公益诉讼是否可分为环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼这一问题的争论，^[45]后者则是在此基础上对于环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼在制度设计和实践适用中究竟应该是一种同时适用还是存在优先顺序这一问题的争论。

对于顺位安排的实体设计这一问题，环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼两种诉讼功能不同，前者通过纠正民事主体的违法环境污染或者生态破坏行为来达到最终目的，而后者则是通过纠正行政机关或政府的引起环境污染或者生态破坏的不当行政行为来实现最终目的。^[46]伴随着《民事诉讼法》与《环境保护法》的修订，环境民事公益诉讼制度得以确立并为环境公益的救济提供了民事性的司法救济方式。然而，环境问题往往并不独立存在或者不可单纯化归为某种单一问题，表面上是普通的民事方面的环境污染问题，但通常又与政府及相关国家机关未依法履职相关联，而此类环境问题引发诉讼的情形又往往是最多的。即必须注意的一个事实是，基于环境损害者的损害行为所提起的环境民事公益诉讼，往往伴随着环境行政机关的“失职”行为，如此也必然引起环境行政公益诉讼。而对于此类问题的解决，无法依靠单一的诉讼方式实现完全救济，必然涉及两种诉讼方式的统筹协调。因为单纯通过构建民事公益诉讼与行政公益诉讼制度，固然能够解决单一的民事公益侵权与行政主体违法行政或不作为的问题，但由此也将形成针对环境污染破坏中存在的民事公益侵权与行政违法作为或不作为分别提起民事公益诉讼与行政公益诉讼的分离诉讼模式。这将导致司法实践始终处于一种高成本的运转状态，或在某种程度上面临操作难题。显然，这是与检察机关提起环境公益诉讼的“谦抑”与“成本”两个核心因素相违背的。(www.daowen.com)

对于顺位程序安排问题，学界主要存在两种主张：一种是主张将民事公益诉讼与行政公益诉讼统为一体，建立独立的特别程序。针对环境司法而言，为实现环境公益保护的根本目标，就要打破传统的诉讼法理论构建复合式诉讼，即只要环境公益受到侵害，无论是针对一般主体的民事侵权还是行政机关的违法行政或不作为，均可作为一种独立的诉讼形式存在，在两种行为相互具有关联性时，还可以一并起诉、合并处理。^[47]另一种是主张对环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼在发起时间顺序上予以安排，应将环境行政公益诉讼前置于环境民事公益诉讼。上述两种主张都存在一些与“谦抑和成本”两因素难以契合之弊端。

将环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼统为一体并建立独立特别程序，其暗含了一种意思，即无论涉及何种诉讼直接由特别程序予以调控，而这显然是一种“不经济低效率”^[48]的选择，并且其面临的第一个问题便是“既然要统，为何要分”的疑问；第二个问题便是“统”的现实对环境司法中各方主体都提出了极高的要求，要有足够的能力辨明在何种情况下应该“统”，在何种情况下应该“分”？而“统”与“分”又该如何适用法律？这些都将是必须要面对的问题。

而对于将两种诉讼在发起时间上进行顺序设置的安排，并将环境行政公益诉讼前置于环境民事公益诉讼之前，同样将面临诸多问题。检察机关通过前置程序督促行政机关履行职能与职责，如果行政机关依法履行职责（即制止污染者继续侵害行为等），那行政公益诉讼自然无需提起，但紧接着必须针对已造成的损害提起环境民事公益诉讼以实现环境公益之救济，如果行政机关怠于行使职责，那么行政公益诉讼自然无法避免，而在行政公益诉讼之后针对已造成的损害仍然需要提起环境民事公益诉讼以实现环境公益之救济。即无论是否需要提起行政公益诉讼，对于已经造成的公益之损害均需要提起环境民事公益诉讼加以救济。此种制度安排，只是避免了在行政机关履职情况下提起行政公益诉讼之必要，在某种程度上确实可以减少诉讼，降低成本，实现效率，符合“成本”因素之要求。但无论对于何种情形，环境民事公益诉讼均无法避免。那么对于行政机关依然怠于履职的情况，“环境行政公益诉讼＋环境民事公益诉讼”的安排是否是最优选择？这显然值得商榷。因为时间上先后顺序之安排，必然导致只有在行政公益诉讼结束之后才能提起民事公益诉讼，这虽然是阻碍了通过民事公益诉讼方式同时实现对已经造成损害救济的可能性，这显然是与“成本”因素之要求相悖的。因此，环境民事公益诉讼与环境行政公益诉讼的顺位之争是检察机关提起环境公益诉讼所面临的另一困境。