为有效解决黑河下游生态环境恶化问题，合理利用黑河水资源，从1960年起，国务院有关部门会同甘、蒙两省区开始研究解决黑河分水问题。1982年原水电部组织开展黑河水利规划，1992年提出规划报告。同年12月19日，国家计委在向水利部“关于《黑河干流（含梨园河）水利规划报告》的复函”中，批准了多年平均情况下的黑河干流水量分配方案。1995年4月和11月，国务院先后两次召开会议，研究黑河流域生态环境治理问题，特别是1995年8月11日，国家计委以计国地［1995］1139号文向国务院上报了《国家计委关于阿拉善地区生态环境状况的调查报告》，这个报告核心问题是水资源的分配。要求水利部及有关部门尽快提出具有可操作性的分水方案。据此，水利部立即组织黄河水利委员会深入现场调查研究，广泛征求意见，提出了不同来水情况下的《黑河干流水量分配方案》，经国务院审批后，由水利部以水政资［1997］496号文“关于实施《黑河干流水量分配方案》有关问题的函”转发甘肃省和内蒙古自治区人民政府执行。此文件是在1992年水量分配方案的基础上进一步细化形成的，确立了不同情况下“丰枯水年”的水量分配方案。此方案提出的分水目标任务，中央认为经过努力是可以办到的；该文件提出了年内不同时段水量分配方案，具体分配划分为3个时段：春灌至夏灌期（3月11日～6月30日）。这一时段的水基本供中游使用；夏灌至冬灌期（7月1日～11月10日）。这一时段的水重点保证下游用水；非灌溉期（11月11日～次年3月10日）。这一时段为河床自然下泄期。以上3个时段水量分配关系仅作为参考指标，全年总水量分配关系才是当年的控制指标。也就是说，在冬灌期必须保证任务的完成，无选择余地。与此同时，水利部于1996年4月在黄河水利委员会内设置了黑河流域管理局筹备组。1999年1月，中编办正式批复成立黑河流域管理局，2000年1月黑河流域管理局在兰州挂牌运转。

针对日益严峻的黑河流域生态系统的恶化和突出的水事矛盾，2000年6月，水利部汪恕诚部长给时任国务院总理的朱镕基同志作了汇报，朱镕基就黑河治理问题做了具体指示。要求“加紧起草文件，报国务院讨论通过后转发”。随后水利部立即进行部署，在积极实施黑河水量统一调度的同时，组织力量开展了黑河水资源问题及其对策措施研究。组织专门班子开展了大规模的外业查勘和调查研究，充分吸收了已有的科研成果，先后邀请了中国科学院、中国工程院部分院士，有关高等院校和科研院所、黑河流域各省（自治区）、有关部委的专家代表，召开了专家咨询会和专家座谈会，广泛听取意见。并征求了国务院有关15个部委、解放军总装备部和流域内3省（自治区）政府的意见。在此基础上又做了多次修改，于2000年12月将有关文件上报国务院。之后，又按照国办秘书二局的协调意见进行了修改。

2001年2月21日，国务院召开第94次总理办公会议，听取了水利部关于《黑河水资源问题及其对策》的汇报，按照加强生态环境建设，加快治理步伐，用3年时间实现国务院批准的分水方案，尽快遏止生态系统恶化的趋势。对《黑河水资源问题及其对策》进行了修改和补充，编制了《黑河流域近期治理规划》。2001年8月3日，国务院以“国函［2001］86号文：《国务院关于黑河流域近期治理规划的批复》向水利部批复了这个报告。从此拉开了黑河流域治理的序幕。(www.daowen.com)

近期治理规划要求，到2003年完成“15.8～9.5”亿m3的分水指标；确定黑河治理工程由5年提前为3年完成指标，将投入23.5225亿元（其中青海为1.045亿元；甘肃为16.385亿元，内含张掖14.748亿元，金塔鼎新片为1.632亿元；内蒙为4.997亿元；水量决策系统1.1亿元）。要求2003年后节约水量2.55亿m3，满足“15.8～9.5”亿m3的要求分水方案。主要工程措施包括干、支渠及田间节水工程、机井建设、高新节水工程、肃南生态工程、退耕还林还草和渠口合并，废除部分平原水库及水资源统一管理调度等基础设施建设。