将石墨烯从合成其的基底上转移至目标基底的过程中，石墨烯将经过化学变化（刻蚀剂）、力学变化（通过迫使石墨烯与一个基底分离转移至其他基底来进行去除）以及热力变化。这些变化打乱了石墨烯的形貌结构，由此造成了裂纹，进而诱发了缺陷。目标基底要有极其良好的黏着力，这一点十分重要。疏水性控制着石墨烯薄膜的黏着力；因此，表面粗糙度值高于聚合物支承膜的目标基底则是有利的。制作石墨烯通常使用的目标基底包含聚对苯二甲酸乙二醇酯、玻璃、二氧化硅/硅（厚300nm）以及裂纹云母（六级）。

为了将石墨烯黏着至目标基底，保持基底表面的洁净度至关重要。所以，当二氧化硅用作目标基底时，要于50～55℃条件下将其放置于RCASC1（标准清洗剂）溶液中，然后进行超声波处理，或者用氧等离子予以清洗。用氧等离子清洗目标基底不仅增大了石墨烯的黏着力，而且减小了形成裂纹的可能性。

在对聚甲基丙烯酸甲酯进行刻蚀的过程中，为了限制裂纹的形成，从而增大石墨烯的黏着力，需要利用疏水性自组装单层膜、五氟丙酸酐以及氨丙基三乙氧基硅烷对目标基底提前进行处理。虽然在进行转移前，为了连续制造石墨烯，使用聚甲基丙烯酸甲酯对石墨烯进行涂层是最适合的方法之一，但在转移过程中使用聚甲基丙烯酸甲酯却需要具备先进的知识（包括湿化学法等）以及小心谨慎的操作。(www.daowen.com)

另一个替代方法则是减小合成石墨烯的基底的表面粗糙度值。