按照上述水资源持续利用的指导思想和原则的总体思路，考虑到规划对象的时空范围和规模不同、遇到的和需要解决的问题性质的差异以及采用的方法也不尽相同等特点，将水资源持续利用规划的问题分为宏观、中观和微观三个层次。

（1）宏观层次的水资源持续利用规划。它的研究对象是指一个国家或区域、大江大河的流域及相对大的地区等范围。规划应以该范围内经济、社会发展对水资源的需求为前提，以资源、环境的可能承载能力为限度，通过对社会经济发展方向、规模、产业结构和资源环境数量、质量、分配、使用过程的分析，识别制约社会经济发展的环境、资源要素，搞清经济、社会与资源、环境协调发展的主要矛盾和解决途径，从而制定具有指导意义的宏观水资源、环境利用和保护的基本战略措施和政策。这一层次的规划内容主要有：水资源数量、质量、时空分布特征和开发利用，保护整治条件的分析与评价；水资源长期供求计划的分析制定；水资源、水环境承载能力分析，揭示区域人口、环境与经济发展潜力，为制定全社会持续发展战略决策提供科学依据。

（2）中观层次的水资源持续利用规划。它的研究空间相对宏观而言要小些，一般指中等河流流域、行政区域或经济地区、其他自成单元的地区。这一层次的规划重点在于探讨社会经济发展与资源环境的利用与保护的协调关系和关键措施，从资源环境的自然分布和该区域生产力布局入手，应用生态经济规律进行资源配置，切实促进生态环境的良性循环。这一层次的规划内容主要有：制定流域或区域开发治理和环境保护的战略方案和关键措施；拟定水的开发治理方案，制定污染区域总量控制方案和治理规划；方案优选评价，综合考虑选出最佳方案。(www.daowen.com)

（3）微观层次的水资源持续利用规划。它是指流域或地区水资源综合利用规划中某项专业任务或某行业部门的水资源规划，例如防洪除涝、农业供水、城市工业居民供水、发电、航运、环境保护和治理以及综合利用枢纽或单项工程规划等。微观层次的水资源持续利用规划一般是在上述两个层次规划的基础上进行的，并构成相应规划的组成部分。这一层次的规划内容主要有：具体工程措施和运行管理策略制定，并对其进行综合评价，反馈给宏、中观层次进行协调，寻求全部规划的可行最佳方案，供决策者参考。