理论教育 生物信息学:生物学和计算科学的完美结合

生物信息学:生物学和计算科学的完美结合

时间:2023-06-28 理论教育 版权反馈
【摘要】:信息爆炸已经将生物学转化为量化科学。他推断说,原因在于生物学已成为一门信息科学,计算机科学家对如何分析信息的了解要远远超过生物学家,而生物学家已被现代技术,例如基因测序,所产生的大量数据所淹没。今天,系统生物学吸引了许多计算机科学家和物理学家共同分析和理解DNA 测序产生的信息,以及由RNA 和蛋白质控制的细胞信号。

生物信息学:生物学和计算科学的完美结合

信息爆炸已经将生物学转化为量化科学。对于传统生物学家,除了统计学入门课程之外,通常只需要一点额外的数学培训就能够分析他们的数据,这些数据很少,也很难获得。在2002 年由长岛冷泉港实验室举办的分子遗传学研讨会上,我感觉自己就像一条离了水的鱼,因为我是唯一一个做计算主题演讲的人。在我前面演讲的是分子遗传学家勒罗伊·胡德(Leroy Hood),他在加州理工学院工作了多年。1987 年我在加州理工学院休学术年假时,惊讶地发现胡德的实验室多得几乎占据了整栋大楼。后来,他搬到了西雅图,并在2000 年联合创立了系统生物学研究所。这一新的领域旨在试图了解细胞内所有分子相互作用的复杂性。

15.1

电子计算机的操作系统

操作系统对在计算机的硬件上运行的程序进行控制。如果你使用的是个人电脑(PC),那么操作系统通常是Windows;如果你使用的是iPhone,用的则是iOS 系统;大多数服务器运行的都是某种版本的UNIX。操作系统在程序需要时分配内存;它也可以在幕后跟踪程序,使用称为“守护程序”(da emons)的进程在后台运行,并跟踪打印机和显示器等设备。操作系统可以在任何硬件上工作,使得你的应用程序可以移植到不同的计算机上。(www.daowen.com)

胡德在演讲中提到,有一天他心血来潮,想知道为什么他实验室工资系统里的计算机科学家比生物学家要多。他推断说,原因在于生物学已成为一门信息科学,计算机科学家对如何分析信息的了解要远远超过生物学家,而生物学家已被现代技术,例如基因测序,所产生的大量数据所淹没。胡德的演讲简直是为我做了最好的铺垫,我当时的演讲题目是关于信息如何在大脑中神经元之间的突触上储存的。

今天,系统生物学吸引了许多计算机科学家和物理学家共同分析和理解DNA 测序产生的信息,以及由RNA 和蛋白质控制的细胞信号。一个人类细胞的DNA 中有30 亿个碱基对,含有细胞生存、复制和分化所需的所有信息。一些碱基对是制造蛋白质的模板,基因组的其他部分包含一个抽象代码,对发育过程中使用的基因进行调节,以指导身体和大脑的构建。大脑的构建有可能是宇宙中难度最高的构建项目,它是由DNA 中嵌入的算法引导的,这些算法协调了大脑数百个不同部位的数千种不同类型神经元之间的连接。

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